Сглобяване на T2T геном, геном без пропуски
1stДва генома на ориз1
Заглавие: Сглобяване и валидиране на два референтни генома без пропуски за ориз Xian/Indica разкрива прозрения за архитектурата на центромерите на растенията
Дои:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Публикувано време: 01 януари 2021 г.
Институт: Селскостопански университет Huazhong, Китай
Материали
O. sativa xian/индикасортове ориз „Zhenshan 97 (ZS97)“ и „Minghui 63 (MH63)“
Стратегия за последователност
NGS чете + HiFi чете + CLR чете + BioNano + Hi-C
Данни:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi четения + 48,39 Gb (~131x ) CLR четения + 25 Gb(~69x) NGS + 2 клетки BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi четения + 48,97 Gb (~132x) CLR четения + 28 Gb (~76x) NGS + 2 клетки BioNano Irys
Фигура 1 Два генома без пропуски на ориз (MH63 и ZS97)
2ndГеном на банан2
Заглавие: Теломер-към-теломер безпроблемни хромозоми на банан с помощта на секвениране на нанопори
Дои:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Публикувано време: 17 април 2021 г.
Институт: Université Paris-Saclay, Франция
Материали
Двоен хаплоидMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Паханг)
Стратегия за последователност и данни:
HiSeq2500 PE250 режим + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Оптична карта (DLE-1+BspQ1)
Таблица 1 Сравнение на геномните групи на Musa acuminata (DH-Pahang).
Фигура 2 Сравнение на архитектурата на геномите на Musa
3rdГеном на Phaeodactylum tricornutum3
Заглавие: Сглобяване на геном от теломер към теломерP
haeodactylum tricornutum
Дои:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Публикувано време: 04 май 2021 г
Институт: Западен университет, Канада
Материали
Phaeodactylum tricornutum(Културна колекция от водорасли и протозои CCAP 1055/1)
Стратегия за последователност и данни:
1 проточна клетка Oxford Nanopore minION + 2×75 сдвоен край със среден изход NextSeq 550 цикъл
Фигура 3 Работен процес за сглобяване на геном от теломер към теломер
4thЧовешки CHM13 геном4
Заглавие: Пълната последователност на човешкия геном
Дои:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Публикувано време: 27 май 2021 г
Институт: Национални институти по здравеопазване (NIH), САЩ
Материали: клетъчна линия CHM13
Стратегия за последователност и данни:
30× PacBio circular consensus sequencing (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read секвениране, 100× Illumina PCR-Free секвениране (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano оптични карти, и Strand-seq
Таблица 2 Сравнение на GRCh38 и T2T-CHM13 човешки геномни групи
справка
1. Сергей Нурк и др.Пълната последователност на човешкия геном.bioRxiv 2021.05.26.445798;направи:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Каролин Белсер и др.Хромозоми без празнини от теломер до теломер на банан с помощта на нанопорно секвениране.bioRxiv 2021.04.16.440017;направи:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Сглобяване на геном от теломер до теломер на Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;направи:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song и др.Сглобяването и валидирането на два референтни генома без пропуски за ориз Сиан/индика разкрива прозрения за архитектурата на центромерите на растенията.bioRxiv 2020.12.24.424073;направи:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Време на публикуване: 6 януари 2022 г