ASSEMBLJA TAL-ĠENOME T2T, GENOME ĦIELSA GAP
1stŻewġ Ġenomi Ross1
Titolu: Assemblaġġ u Validazzjoni ta' Żewġ Ġenomi ta' Referenza mingħajr Gap għar-Ross Xian/indica Jikxef għarfien dwar l-Arkitettura taċ-Ċentromeri tal-Pjanti
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Ħin tal-Postjar: 01 ta' Jannar, 2021.
Istitut: Università Agrikola Huazhong, iċ-Ċina
Materjali
O. sativa xian/indicavarjetajiet tar-ross 'Zhenshan 97 (ZS97)' u 'Minghui 63 (MH63)
Strateġija ta' sekwenzar
NGS jaqra + HiFi jaqra + CLR jaqra + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi jaqra + 48.39 Gb (~131x) CLR jaqra + 25 Gb (~69x) NGS + 2 ċelluli BioNano Irys
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi jaqra + 48.97 Gb (~132x) CLR jaqra + 28 Gb (~76x) NGS + 2 ċelluli BioNano Irys
Figura 1 Żewġ ġenomi ta’ ross mingħajr vojt (MH63 u ZS97)
2ndĠenoma tal-banana2
Titolu: Kromożomi tal-banana mingħajr vojt minn telomeri għal telomeri bl-użu tas-sekwenzjar tan-nanopori
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Ħin tal-Postjar: 17 ta’ April, 2021.
Istitut: Université Paris-Saclay, Franza
Materjali
Aplojde doppjuMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strateġija ta' sekwenzar u data:
Modalità HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb, ~ 200X )+ Mappa ottika (DLE-1+BspQ1)
Tabella 1 Tqabbil ta 'assemblaġġi tal-ġenoma Musa acuminata (DH-Pahang).
Figura 2 Paragun tal-arkitettura tal-ġenomi ta' Musa
3rdGenoma Phaeodactylum tricornutum3
Titolu: Assemblaġġ tal-ġenoma tat-telomeri għal telomeriP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Ħin tal-Postjar: 04 ta' Mejju, 2021
Istitut: Western University, Kanada
Materjali
Phaeodactylum tricornutum(Kollezzjoni Kultura ta' Alka u Protożoa CCAP 1055/1)
Strateġija ta' sekwenzar u data:
1 ċellula tal-fluss Oxford Nanopore minION + 2 × 75 paired-end mid-output NextSeq 550 run
Figura 3 Fluss tax-xogħol għall-assemblaġġ tal-ġenoma tat-telomere-to-telomere
4thĠenoma CHM13 tal-bniedem4
Titolu: Is-sekwenza sħiħa ta' ġenoma uman
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Ħin tal-Postjar: 27 ta’ Mejju, 2021
Istitut: Istituti Nazzjonali tas-Saħħa (NIH), l-Istati Uniti
Materjali: linja taċ-ċelluli CHM13
Strateġija ta' sekwenzar u data:
30 × sekwenzar ta 'kunsens ċirkolari PacBio (HiFi), 120 × sekwenzar ta' qari ultra-long Oxford Nanopore, 100 × sekwenzar Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapep ottiċi BioNano, u Strand-seq
Tabella 2 Tqabbil tal-assemblaġġi tal-ġenoma uman GRCh38 u T2T-CHM13
Referenza
1.Sergey Nurk et al.Is-sekwenza sħiħa ta 'ġenoma uman.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Kromożomi mingħajr vojt minn telomeri għal telomeri tal-banana bl-użu tas-sekwenzjar tan-nanopori.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Assemblaġġ tal-ġenoma tat-telomeri għal telomeri ta 'Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Assemblaġġ u Validazzjoni ta 'Żewġ Ġenomi ta' Referenza mingħajr Gap għal Xian/indica Ross Tiżvela għarfien dwar l-Arkitettura taċ-Ċentromeri tal-Pjanti.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Ħin tal-post: Jan-06-2022