T2T ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲ၊ GAP အခမဲ့ဂျီနိုမ်
1stRice Genomes နှစ်ခု1
ခေါင်းစဉ်- Xian/indica Rice အတွက် ကွာဟမှုကင်းသော အကိုးအကား မျိုးဗီဇနှစ်ခု၏ စည်းဝေးပွဲနှင့် သက်သေပြချက်သည် Plant Centromere ဗိသုကာဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ထုတ်ပြသည်
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
တင်ချိန်- ဇန်နဝါရီ ၀၁၊ ၂၀၂၁။
တက္ကသိုလ်- Huazhong စိုက်ပျိုးရေးတက္ကသိုလ်၊ တရုတ်
သင်ထောက်ကူပစ္စည်းများ
O. sativa xian/indica'Zhenshan 97 (ZS97)' နှင့် 'Minghui 63 (MH63) စပါးမျိုးများ၊
Sequence ဗျူဟာ
NGS ဖတ်သည် + HiFi ဖတ်သည် + CLR ဖတ်သည် + BioNano + Hi-C
ဒေတာ-
ZS97- 8.34 Gb (~23x)HiFi ဖတ်သည် + 48.39 Gb (~131x) CLR ဖတ်သည် + 25 Gb(~69x) NGS + BioNano Irys ဆဲလ် 2 ခု
MH63- 37.88 Gb (~103x) HiFi ဖတ်သည် + 48.97 Gb (~132x) CLR ဖတ်သည် + 28 Gb(~76x) NGS + BioNano Irys ဆဲလ် 2 ခု
ပုံ 1 ကွာဟမှုမရှိသော ဂျီနိုမ်နှစ်မျိုး (MH63 နှင့် ZS97)
2ndBanana Genome2
ခေါင်းစဉ်- ငှက်ပျောသီး၏ Telomere-to-telomere ကွာဟမှုမရှိသော ခရိုမိုဆုန်းများ
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
တင်ချိန်- ဧပြီလ 17 ရက်၊ 2021 ခုနှစ်။
တက္ကသိုလ်- Paris-Saclay၊ ပြင်သစ်တက္ကသိုလ်
သင်ထောက်ကူပစ္စည်းများ
နှစ်ထပ်ကွမ်းရယ်မောMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
မဟာဗျူဟာနှင့် ဒေတာကို စီစစ်ခြင်း-
HiSeq2500 PE250 မုဒ် + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ အလင်းပြမြေပုံ (DLE-1+BspQ1)
ဇယား 1 Musa acuminata (DH-Pahang) ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲများကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်း။
ပုံ 2 Musa genomes ဗိသုကာလက်ရာ နှိုင်းယှဉ်
3rdPhaeodactylum tricornutum ဂျီနိုမ်3
ခေါင်းစဉ်- Telomere-to-telomere ဂျီနိုမ် စုဝေးမှုP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
တင်ချိန်- မေလ 04 ရက် 2021 ခုနှစ်
တက္ကသိုလ်- အနောက်တိုင်းတက္ကသိုလ်၊ ကနေဒါ
သင်ထောက်ကူပစ္စည်းများ
Phaeodactylum tricornutum(ရေညှိနှင့် ပရိုတိုဇွာ CCAP 1055/1 ယဉ်ကျေးမှု စုစည်းမှု)
မဟာဗျူဟာနှင့် ဒေတာကို စီစစ်ခြင်း-
Oxford Nanopore minION စီးဆင်းမှုဆဲလ် 1 ခု + 2×75 တွဲစပ်-အဆုံး အလယ်အလတ်-အထွက် NextSeq 550 လည်ပတ်မှု
ပုံ 3 telomere-to-telomere ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲအတွက် အလုပ်အသွားအလာ
4thလူ့ CHM13 ဂျီနိုမ်4
ခေါင်းစဉ်- လူသားဂျီနိုမ်၏ ပြီးပြည့်စုံသော အစီအစဥ်
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
တင်ချိန်- မေ ၂၇၊ ၂၀၂၁
အင်စတီကျု- National Institutes of Health (NIH)၊ USA
ပစ္စည်းများ- ဆဲလ်လိုင်း CHM13
မဟာဗျူဟာနှင့် ဒေတာကို စီစစ်ခြင်း-
30× PacBio မြို့ပတ်ရထား အများဆန္ဒ ပေါင်းစပ်ခြင်း (HiFi) , 120× Oxford Nanopore အလွန်ရှည်လျားသော ဖတ်ရှုမှု စီစစ်ခြင်း , 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano နှင့် Strand-seq
ဇယား 2 GRCh38 နှင့် T2T-CHM13 လူသားဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲများ၏ နှိုင်းယှဉ်ချက်
အကိုးအကား
1.Sergey Nurk et al ။လူသား ဂျီနိုမ် ၏ ပြီးပြည့်စုံသော အစီအစဥ်။bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al။ငှက်ပျောသီး၏ Telomere-to-telomere ကွာဟမှုမရှိသော ခရိုမိုဇုန်းများသည် နာနိုပရီစီခြင်းကို အသုံးပြုသည်။bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum ၏ Telomere-to-telomere ဂျီနိုမ် စည်းဝေးပွဲ။bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al ။Xian/indica Rice အတွက် ကွာဟမှုမရှိသော အကိုးအကားမျိုးဗီဇနှစ်ခု၏ စည်းဝေးပွဲနှင့် သက်သေပြချက်သည် Plant Centromere ဗိသုကာဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ထုတ်ပြသည်။bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
စာတိုက်အချိန်- Jan-06-2022