مونتاژ ژنوم T2T، ژنوم بدون شکاف
1stدو ژنوم برنج1
عنوان: مونتاژ و اعتبارسنجی دو ژنوم مرجع بدون شکاف برای برنج Xian/indica بینش هایی را در مورد معماری گیاهی Centromere نشان می دهد
دوی:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
زمان ارسال: 01 ژانویه 2021.
موسسه: دانشگاه کشاورزی Huazhong، چین
مواد
O. sativa xian/indicaانواع برنج 'Zhenshan 97 (ZS97)' و 'Minghui 63 (MH63)
استراتژی توالی
خواندن NGS + خواندن HiFi + خواندن CLR + BioNano + Hi-C
داده ها:
ZS97: 8.34 گیگابیت (~ 23 x) خواندن HiFi + 48.39 گیگابایت (~ 131x) خواندن CLR + 25 گیگابایت (~69x) NGS + 2 سلول BioNano Irys
MH63: 37.88 گیگابیت (~103x) خواندن HiFi + 48.97 گیگابایت (~132x) خواندن CLR + 28 گیگابایت (~76x) NGS + 2 سلول BioNano Irys
شکل 1 دو ژنوم بدون شکاف برنج (MH63 و ZS97)
2ndژنوم موز2
عنوان: کروموزوم های بدون شکاف تلومر به تلومر موز با استفاده از توالی یابی نانو منافذ
دوی:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
زمان ارسال: 17 آوریل 2021.
موسسه: Université Paris-Saclay، فرانسه
مواد
هاپلوئید دوگانهموسی آکومیناتاsppمالاسنسیس(DH-Pahang)
استراتژی توالی و داده ها:
حالت HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ نقشه نوری (DLE-1+BspQ1)
جدول 1 مقایسه مجموعه های ژنوم Musa acuminata (DH-Pahang).
شکل 2 مقایسه معماری ژنوم موسی
3rdژنوم Phaeodactylum tricornutum3
عنوان: مجموعه ژنوم تلومر به تلومر ازP
haeodactylum tricornutum
دوی:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
زمان ارسال: 04 مه 2021
موسسه: دانشگاه وسترن، کانادا
مواد
Phaeodactylum tricornutum(مجموعه فرهنگ جلبک و تک یاخته CCAP 1055/1)
استراتژی توالی و داده ها:
1 سلول جریان MinION نانوپور آکسفورد + یک خروجی میانی 2×75 جفتی NextSeq 550
شکل 3 گردش کار برای مونتاژ ژنوم تلومر به تلومر
4thژنوم CHM13 انسان4
عنوان: توالی کامل ژنوم انسان
دوی:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
زمان ارسال: 27 می 2021
مؤسسه: مؤسسه ملی بهداشت (NIH)، ایالات متحده آمریکا
مواد: رده سلولی CHM13
استراتژی توالی و داده ها:
توالی یابی اجماع دایره ای 30× PacBio (HiFi)، 120× توالی خواندن فوق طولانی نانوپور آکسفورد، توالی یابی 100× Illumina بدون PCR (ILMN)، 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-Ctical)، و Strand-seq
جدول 2 مقایسه مجموعه های ژنوم انسانی GRCh38 و T2T-CHM13
ارجاع
1.Sergey Nurk و همکاران.توالی کامل ژنوم انسانbioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. کارولین بلسر و همکاران.کروموزوم‌های بدون شکاف تلومر به تلومر موز با استفاده از توالی‌یابی نانوحفره.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.دانیل جی گیگر و همکاران.مجموعه ژنوم تلومر به تلومر Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. جیا مینگ سونگ و همکاران.مونتاژ و اعتبارسنجی دو ژنوم مرجع بدون شکاف برای برنج Xian/indica بینش هایی را در مورد معماری گیاهی Centromere نشان می دهد.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
زمان ارسال: ژانویه-06-2022