T2T GENOME ASSEMBLY, GAP FREE GENOME
1stئىككى گۈرۈچ گېنى1
ماۋزۇ: شيەن / ئىندىسسا گۈرۈچنىڭ ئىككى بوشلۇقسىز پايدىلىنىش گېن گۇرۇپپىسىنى قۇراشتۇرۇش ۋە دەلىللەش ئۆسۈملۈك مەركىزى مەركىزى بىناكارلىق سەنئىتىنى ئاشكارىلايدۇ
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
يوللانغان ۋاقتى: 2021-يىل 1-يانۋار.
ئىنستىتۇت: جۇڭگو خۇاجوڭ دېھقانچىلىق ئۇنىۋېرسىتېتى
ماتېرىياللار
O. sativa xian / indicaگۈرۈچ سورتى «جېنشەن 97 (ZS97)» ۋە «مىڭخۇي 63» (MH63)
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى
NGS ئوقۇيدۇ + HiFi ئوقۇيدۇ + CLR ئوقۇيدۇ + BioNano + Hi-C
سانلىق مەلۇمات:
ZS97: 8.34 Gb （~ 23x） HiFi + 48.39 Gb (~ 131x) CLR ئوقۇيدۇ + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys ھۈجەيرىسى
MH63: 37.88 Gb (~ 103x) HiFi + 48.97 Gb (~ 132x) CLR ئوقۇيدۇ + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys ھۈجەيرىسى
1-رەسىم گۈرۈچنىڭ ئىككى پەرقى يوق گېن (MH63 ۋە ZS97)
2ndBanana Genome2
ماۋزۇ: نانوپور تەرتىپىنى ئىشلىتىپ باناننىڭ تېلومېردىن تېلېومېرغىچە بوشلۇقتىكى خروموسومى
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
يوللانغان ۋاقىت: 2021-يىل 4-ئاينىڭ 17-كۈنى.
ئىنستىتۇت: فرانسىيە پارىژ-ساكلاي ئۇنۋېرسىتىتى
ماتېرىياللار
Double haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى ۋە سانلىق مەلۇماتلىرى:
HiSeq2500 PE250 ھالىتى + MinION / PromethION (93Gb ، ~ 200X) + ئوپتىكىلىق خەرىتە (DLE-1 + BspQ1)
1-جەدۋەل مۇسا ئاكۇمىناتا (DH-Pahang) گېن گۇرۇپپىسىنىڭ سېلىشتۇرمىسى
2-رەسىم مۇسانىڭ گېن قۇرۇلمىسىنى سېلىشتۇرۇش
3rdPhaeodactylum tricornutum گېنى3
ئىسمى: تېلومېردىن تېلومېر گېن گۇرۇپپىسىنىڭ يىغىلىشىP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
يوللانغان ۋاقىت: 2021-يىلى 4-ماي
ئىنستىتۇت: كانادا غەربىي ئۇنىۋېرسىتېتى
ماتېرىياللار
Phaeodactylum tricornutum(ئالگا ۋە پروتوزوئا مەدەنىيەت توپلىمى CCAP 1055/1)
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى ۋە سانلىق مەلۇماتلىرى:
1 ئوكسفورد نانوپور مىنېرال ئېقىمى ھۈجەيرىسى + 2 × 75 جۈپ ئاخىرىدىكى ئوتتۇرا چىقىرىش NextSeq 550 ئىجرا
3-رەسىم تېلېگرافتىن تېلومېر گېن گۇرۇپپىسىنى قۇراشتۇرۇشنىڭ خىزمەت ئېقىمى
4thئىنسانلارنىڭ CHM13 گېنى4
ئىسمى: ئىنسانلارنىڭ گېن گۇرۇپپىسىنىڭ تولۇق تەرتىپى
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
يوللانغان ۋاقىت: 2021-يىلى 5-ئاينىڭ 27-كۈنى
ئىنستىتۇت: دۆلەتلىك ساغلاملىق تەتقىقات ئورنى (NIH) ، ئامېرىكا
ماتېرىياللار: ھۈجەيرە لىنىيىسى CHM13
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى ۋە سانلىق مەلۇماتلىرى:
30 × PacBio ئايلانما ئورتاق تونۇش تەرتىپى (HiFi) ، 120 × ئوكسفورد نانوپورنىڭ دەرىجىدىن تاشقىرى ئۇزۇن ئوقۇش تەرتىپى ، 100 × Illumina PCR ھەقسىز تەرتىپ (ILMN) ، 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C) ، BioNano ئوپتىكىلىق خەرىتە ، and Strand-seq
2-جەدۋەل GRCh38 ۋە T2T-CHM13 ئىنسانلارنىڭ گېن گۇرۇپپىسىنى سېلىشتۇرۇش
پايدىلانما
1. سېرگىي نۇرك قاتارلىقلار.ئىنسانلارنىڭ گېن گۇرۇپپىسىنىڭ تولۇق تەرتىپى.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. كارولىن بېلسېر قاتارلىقلار.نانوپور تەرتىپىنى ئىشلىتىپ باناننىڭ تېلومېردىن تېلېومېرغىچە بوشلۇقتىكى خروموسومى.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere قاتارلىقلار.Phaeodactylum tricornutum نىڭ تېلومېردىن تېلومېر گېن گۇرۇپپىسىنى قۇراشتۇرۇش.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. جيا مىڭ سۇڭ قاتارلىقلار.شيەن / ئىندىكا گۈرۈچنىڭ ئىككى بوشلۇقسىز پايدىلىنىش گېن گۇرۇپپىسىنى قۇراشتۇرۇش ۋە دەلىللەش ئۆسۈملۈك مەركىزى قۇرۇلمىسىغا بولغان چۈشەنچىسىنى ئاشكارىلىدى.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
يوللانغان ۋاقتى: Jan-06-2022