T2T जीनोम एसेम्बली, ग्याप फ्री जीनोम
1stदुई चामल जीनोम1
शीर्षक: जियान/इन्डिका चावलका लागि दुई ग्याप-फ्री सन्दर्भ जीनोमहरूको सम्मेलन र प्रमाणीकरणले प्लान्ट सेन्ट्रोमेयर वास्तुकलामा अन्तरदृष्टि प्रकट गर्दछ
डोई:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
पोस्ट गरिएको समय: जनवरी 01, 2021।
संस्थान: Huazhong कृषि विश्वविद्यालय, चीन
सामग्री
O. sativa xian/indicaधानका प्रजातिहरू 'जेन्सान ९७ (जेडएस ९७)' र 'मिङ्हुइ ६३ (एमएच ६३)
अनुक्रम रणनीति
NGS पढ्छ + HiFi पढ्छ + CLR पढ्छ + BioNano + Hi-C
डाटा:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi रिड्स + 48.39 Gb (~131x) CLR पढ्ने + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys सेलहरू
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi रिड्स + 48.97 Gb (~132x) CLR रिड्स + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys सेलहरू
चित्र 1 चामलका दुई ग्याप-फ्री जीनोमहरू (MH63 र ZS97)
2ndकेले जीनोम2
शीर्षक: केराको टेलोमेरे-टू-टेलोमेरे ग्यापलेस क्रोमोजोमहरू नैनोपोर अनुक्रम प्रयोग गरेर
डोई:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
पोस्ट गरिएको समय: अप्रिल 17, 2021।
संस्थान: युनिभर्सिटी पेरिस-साक्ले, फ्रान्स
सामग्री
डबल ह्याप्लोइडमुसा एक्युमिनाटाsppmalaccensis(DH-पहाङ)
अनुक्रम रणनीति र डेटा:
HiSeq2500 PE250 मोड + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X)+ अप्टिकल नक्सा (DLE-1+BspQ1)
तालिका १ मुसा एक्युमिनाटा (DH-पहाङ) जीनोम एसेम्ब्लीहरूको तुलना
चित्र 2 मुसा जीनोम वास्तुकला तुलना
3rdफेओडाक्टाइलम ट्राइकोर्नटम जीनोम3
शीर्षक: Telomere-to-telomere जीनोम असेंबली कोP
haeodactylum tricornutum
डोई:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
पोस्ट गरिएको समय: मे 04, 2021
संस्थान: पश्चिमी विश्वविद्यालय, क्यानाडा
सामग्री
फेओडाक्टाइलम ट्राइकोर्नटम(शैवाल र प्रोटोजोआ CCAP 1055/1 को संस्कृति संग्रह)
अनुक्रम रणनीति र डेटा:
1 Oxford Nanopore minION फ्लो सेल + a 2×75 paired-end मिड-आउटपुट NextSeq 550 रन
टेलोमेर-टू-टेलोमेर जीनोम असेंबलीको लागि चित्र 3 कार्यप्रवाह
4thमानव CHM13 जीनोम4
शीर्षक: मानव जीनोमको पूर्ण अनुक्रम
डोई:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
पोस्ट गरिएको समय: मे 27, 2021
संस्थान: स्वास्थ्य को राष्ट्रीय संस्थान (NIH), संयुक्त राज्य अमेरिका
सामाग्री: सेल लाइन CHM13
अनुक्रम रणनीति र डेटा:
30× PacBio सर्कुलर कन्सेन्सस सिक्वेन्सिङ (HiFi), 120× Oxford Nanopore अल्ट्रा-लांग रिड सिक्वेन्सिङ, 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-N, Bio-C), र Strand-seq
तालिका 2 GRCh38 र T2T-CHM13 मानव जीनोम असेंबलीहरूको तुलना
सन्दर्भ
1. सर्गेई नर्क र अन्य।मानव जीनोमको पूर्ण अनुक्रम।bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. क्यारोलिन बेल्सर एट अल।केराको टेलोमेरे-टू-टेलोमेरे ग्यापलेस क्रोमोजोमहरू नैनोपोर अनुक्रम प्रयोग गरेर।bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. डेनियल जे गिगुरे र अन्य।टेलोमेरे-टू-टेलोमेर जीनोम एसेम्बली फिओडाक्टाइलम ट्राइकोर्नटम।bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al।जियान/इन्डिका चावलका लागि दुई ग्याप-फ्री सन्दर्भ जीनोमहरूको एसेम्बली र प्रमाणीकरणले प्लान्ट सेन्ट्रोमेयर वास्तुकलामा अन्तरदृष्टि प्रकट गर्दछ।bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
पोस्ट समय: जनवरी-06-2022