ASSEMBLAGGIO DEL GENOMA T2T, GENOMA SENZA GAP
1stDue genomi del riso1
Titolo: L'assemblaggio e la validazione di due genomi di riferimento privi di gap per il riso Xian/indica rivela approfondimenti sull'architettura centromerica delle piante
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Orario di pubblicazione: 01 gennaio 2021.
Istituto: Università Agraria di Huazhong, Cina
Materiali
O. sativa xian/indicavarietà di riso 'Zhenshan 97 (ZS97)' e 'Minghui 63 (MH63)
Strategia di sequenziamento
Letture NGS + letture HiFi + letture CLR + BioNano + Hi-C
Dati:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）Letture HiFi + 48,39 Gb (~131x) letture CLR + 25 Gb(~69x) NGS + 2 celle BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) letture HiFi + 48,97 Gb (~132x) letture CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 celle BioNano Irys
Figura 1 Due genomi di riso privi di gap (MH63 e ZS97)
2ndGenoma della banana2
Titolo: Cromosomi gapless da telomero a telomero di banana mediante sequenziamento di nanopori
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Orario di pubblicazione: 17 aprile 2021.
Istituto: Université Paris-Saclay, Francia
Materiali
Doppio aploideMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategia e dati di sequenziamento:
Modalità HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Mappa ottica (DLE-1+BspQ1)
Tabella 1 Confronto dei gruppi genomici di Musa acuminata (DH-Pahang).
Figura 2 Confronto dell'architettura dei genomi di Musa
3rdGenoma del Phaeodactylum tricornutum3
Titolo: Assemblaggio del genoma da telomero a telomero diP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Orario di pubblicazione: 04 maggio 2021
Istituto: Western University, Canada
Materiali
Phaeodactylum tricornutum(Raccolta di colture di alghe e protozoi CCAP 1055/1)
Strategia e dati di sequenziamento:
1 cella a flusso Oxford Nanopore minION + una corsa NextSeq 550 a uscita media 2×75 accoppiati
Figura 3 Flusso di lavoro per l'assemblaggio del genoma da telomero a telomero
4thGenoma umano CHM134
Titolo: La sequenza completa di un genoma umano
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Orario di pubblicazione: 27 maggio 2021
Istituto: National Institutes of Health (NIH), USA
Materiali: linea cellulare CHM13
Strategia e dati di sequenziamento:
Sequenziamento circolare consenso 30× PacBio (HiFi), 120× sequenziamento di lettura ultra-lunga Oxford Nanopore, 100× sequenziamento Illumina PCR-Free (ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mappe ottiche BioNano, e Strand-seq
Tabella 2 Confronto tra i gruppi di genoma umano GRCh38 e T2T-CHM13
Riferimento
1.Sergey Nurk et al.La sequenza completa di un genoma umano.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Cromosomi gapless da telomero a telomero di banana utilizzando il sequenziamento dei nanopori.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Assemblaggio del genoma da telomero a telomero di Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.L'assemblaggio e la validazione di due genomi di riferimento privi di gap per il riso Xian/indica rivela approfondimenti sull'architettura centromerica delle piante.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Orario di pubblicazione: 06-gennaio-2022