T2T जीनोम असेंबली, गॅप फ्री जीनोम
1stदोन तांदूळ जीनोम1
शीर्षक: जियान/इंडिका राइससाठी दोन गॅप-फ्री संदर्भ जीनोमचे असेंब्ली आणि प्रमाणीकरण प्लांट सेंट्रोमेअर आर्किटेक्चरमधील अंतर्दृष्टी प्रकट करते
डोई:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
पोस्ट केलेली वेळ: जानेवारी ०१, २०२१.
संस्था: हुआझोंग कृषी विद्यापीठ, चीन
साहित्य
ओ. सॅटिवा जियान/इंडिका'झेनशान 97 (ZS97)' आणि 'Minghui 63 (MH63) तांदळाच्या जाती
अनुक्रम धोरण
NGS वाचतो + HiFi + CLR वाचतो + BioNano + Hi-C
डेटा:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi रीड्स + 48.39 Gb (~131x) CLR रीड्स + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys पेशी
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi रीड्स + 48.97 Gb (~132x) CLR रीड्स + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys पेशी
आकृती 1 तांदळाचे दोन अंतर-मुक्त जीनोम (MH63 आणि ZS97)
2ndकेळी जीनोम2
शीर्षक: नॅनोपोर सिक्वेन्सिंग वापरून केळीचे टेलोमेरे-टू-टेलोमेर गॅपलेस गुणसूत्र
डोई:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
पोस्ट केलेली वेळ: एप्रिल 17, 2021.
संस्था: युनिव्हर्सिटी पॅरिस-सॅकले, फ्रान्स
साहित्य
दुहेरी हॅप्लॉइडमुसा एकुमिनाटाsppmalaccensis(DH-पहांग)
क्रमवार धोरण आणि डेटा:
HiSeq2500 PE250 मोड + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ ऑप्टिकल नकाशा (DLE-1+BspQ1)
सारणी 1 मुसा एक्युमिनाटा (डीएच-पहांग) जीनोम असेंब्लीची तुलना
आकृती 2 मुसा जीनोम आर्किटेक्चर तुलना
3rdफेओडॅक्टिलम ट्रायकोर्नटम जीनोम3
शीर्षक: Telomere-to-telomere genome असेंबली ऑफP
haeodactylum tricornutum
डोई:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
पोस्ट केलेली वेळ: मे 04, 2021
संस्था: वेस्टर्न युनिव्हर्सिटी, कॅनडा
साहित्य
फेओडॅक्टिलम ट्रायकोर्नटम(शैवाल आणि प्रोटोझोआ सीसीएपी 1055/1 संस्कृती संग्रह)
क्रमवार धोरण आणि डेटा:
1 Oxford Nanopore minION फ्लो सेल + a 2×75 पेअर-एंड मिड-आउटपुट NextSeq 550 रन
आकृती 3 टेलोमेर-टू-टेलोमेर जीनोम असेंब्लीसाठी वर्कफ्लो
4thमानवी CHM13 जीनोम4
शीर्षक: मानवी जीनोमचा संपूर्ण क्रम
डोई:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
पोस्ट केलेली वेळ: मे 27, 2021
संस्था: नॅशनल इन्स्टिट्यूट ऑफ हेल्थ (NIH), यूएसए
साहित्य: सेल लाइन CHM13
क्रमवार धोरण आणि डेटा:
30× PacBio सर्कुलर कॉन्सेन्सस सिक्वेन्सिंग (HiFi), 120× ऑक्सफोर्ड नॅनोपोर अल्ट्रा-लाँग रीड सिक्वेन्सिंग, 100× इल्युमिना पीसीआर-फ्री सिक्वेन्सिंग (ILMN), 70× इल्युमिना / अरिमा जीनोमिक्स हाय-सी (हाय-एन, बायोनोमिक्स मॅप), आणि Strand-seq
तक्ता 2 GRCh38 आणि T2T-CHM13 मानवी जीनोम असेंब्लीची तुलना
संदर्भ
1.Sergey Nurk et al.मानवी जीनोमचा संपूर्ण क्रम.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.कॅरोलिन बेल्सर आणि इतर.नॅनोपोर सिक्वेन्सिंगचा वापर करून केळीचे टेलोमेर ते टेलोमेर गॅपलेस गुणसूत्र.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.फाओडॅक्टिलम ट्रायकोर्नटमचे टेलोमेरे-टू-टेलोमेर जीनोम असेंब्ली.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.जिया-मिंग सॉन्ग इ.जियान/इंडिका राईससाठी दोन गॅप-फ्री रेफरन्स जीनोमचे असेंब्ली आणि व्हॅलिडेशन प्लांट सेंट्रोमेअर आर्किटेक्चरमधील अंतर्दृष्टी प्रकट करते.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
पोस्ट वेळ: जानेवारी-06-2022