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Análisis de asociación de todo el genoma
El estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) tiene como objetivo identificar variantes genéticas (genotipo) asociadas con rasgos específicos (fenotipo).El estudio GWAS investiga marcadores genéticos que cruzan el genoma completo de un gran número de individuos y predice asociaciones genotipo-fenotipo mediante análisis estadístico a nivel de población.Se ha aplicado ampliamente en la investigación de enfermedades humanas y en la extracción de genes funcionales de rasgos complejos de animales o plantas.
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Secuenciación de ARN de un solo núcleo
El avance en la captura de células individuales y la técnica de construcción de bibliotecas individuales combinadas con la secuenciación de alto rendimiento permite estudios de expresión génica célula por célula.Permite un análisis de sistemas más profundo y completo en poblaciones de células complejas, en el que evita en gran medida el enmascaramiento de su heterogeneidad al tomar el promedio de todas las células.
Sin embargo, algunas células no son adecuadas para convertirse en suspensiones unicelulares, por lo que se necesitan otros métodos de preparación de muestras (extracción del núcleo de los tejidos, es decir, el núcleo se extrae directamente de los tejidos o células y se prepara en una suspensión de un solo núcleo para una sola suspensión). secuenciación celular.
BMK proporciona un servicio de secuenciación de ARN unicelular basado en 10× Genomics ChromiumTM.Este servicio ha sido ampliamente utilizado en estudios relacionados con enfermedades, como diferenciación de células inmunes, heterogeneidad tumoral, desarrollo de tejidos, etc.
Chip transcriptoma espacial: 10× Genómica
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Secuenciación del genoma completo de plantas/animales
La resecuenciación del genoma completo, también conocida como WGS, permite revelar mutaciones comunes y raras en todo el genoma, incluido el polimorfismo de nucleótido único (SNP), la eliminación de inserción (InDel), la variación de estructura (SV) y la variación del número de copias (CNV). ).Los SV constituyen una porción mayor de la base de variación que los SNP y tienen un mayor impacto en el genoma, lo que tiene un efecto significativo en los organismos vivos.La resecuenciación de lectura larga permite una identificación más precisa de fragmentos grandes y variaciones complicadas porque las lecturas largas facilitan el cruce cromosómico de regiones complicadas como repeticiones en tándem, regiones ricas en GC/AT y regiones hipervariables.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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Transcriptoma espacial BMKMANU S1000
La organización espacial de las células desempeña un papel vital en diversos procesos biológicos, como la infiltración inmune, el desarrollo embrionario, etc. La secuenciación espacial del transcriptoma, que indica el perfil de expresión genética al tiempo que retiene información de la posición espacial, ha proporcionado grandes conocimientos sobre la arquitectura tisular a nivel del transcriptoma.Con el desarrollo de la tecnología, es necesario estudiar con mayor resolución la morfología del tejido ultraclara y la diferencia estructural real de la expresión molecular espacial.BMKGENE proporciona un servicio integral e integral de secuenciación de transcriptomas espaciales, desde muestras hasta conocimientos biológicos.
Las tecnologías de transcriptómica espacial potenciaron perspectivas novedosas en diversos ámbitos de investigación al resolver el perfil de expresión genética con contenido espacial en muestras heterogéneas.
Chip transcriptoma espacial: BMKMANU S1000
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Transcriptoma espacial 10x Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression es una tecnología convencional de secuenciación de transcriptomas espaciales para clasificar tejido en función del ARNm total.Mapee todo el transcriptoma con contexto morfológico para descubrir conocimientos novedosos sobre el desarrollo normal, la patología de la enfermedad y la investigación traslacional clínica.BMKGENE proporciona un servicio integral e integral de secuenciación de transcriptomas espaciales, desde muestras hasta conocimientos biológicos.
Las tecnologías de transcriptómica espacial potenciaron perspectivas novedosas en diversos campos de investigación al resolver el perfil de expresión genética con contenido espacial en muestras heterogéneas.
Chip de transcriptoma espacial: 10x Genomics Visium
Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq
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Secuenciación de ARNm de longitud completa: nanoporos
La secuenciación de ARN ha sido una herramienta invaluable para el análisis integral del transcriptoma.Sin duda, la secuenciación tradicional de lectura corta logró numerosos avances importantes aquí.Sin embargo, a menudo encuentra limitaciones en la identificación de isoformas completas, la cuantificación y el sesgo de la PCR.
La secuenciación por nanoporos se distingue de otras plataformas de secuenciación en que los nucleótidos se leen directamente sin síntesis de ADN y genera lecturas largas a decenas de kilobases.Esto permite la lectura directa, cruzando transcripciones completas y abordando los desafíos en los estudios a nivel de isoformas.
Plataforma:PromethION de nanoporos
Biblioteca:ADNc-PCR
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Secuenciación de ARNm de longitud completa -PacBio
De novosecuenciación del transcriptoma de longitud completa, también conocida comoDe novoIso-Seq aprovecha las ventajas del secuenciador PacBio en cuanto a longitud de lectura, lo que permite la secuenciación de moléculas de ADNc de longitud completa sin interrupciones.Esto evita por completo cualquier error generado en los pasos de ensamblaje de la transcripción y construye conjuntos unigenes con resolución a nivel de isoforma.Este conjunto unigene proporciona información genética poderosa como "genoma de referencia" a nivel de transcriptoma.Además, al combinarse con datos de secuenciación de próxima generación, este servicio permite una cuantificación precisa de la expresión a nivel de isoformas.
Plataforma: PacBio Secuela IIBiblioteca: biblioteca de campana SMRT -
Secuenciación de ARNm de eucariotas-Illumina
La secuenciación de ARNm permite perfilar todos los ARNm transcritos de células en condiciones específicas.Es una tecnología poderosa para revelar el perfil de expresión genética, las estructuras genéticas y los mecanismos moleculares de ciertos procesos biológicos.Hasta la fecha, la secuenciación de ARNm se ha utilizado ampliamente en investigación fundamental, diagnóstico clínico, desarrollo de fármacos, etc.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Secuenciación de ARNm sin referencia: Illumina
La secuenciación de ARNm adopta una técnica de secuenciación de próxima generación (NGS) para capturar el ARN mensajero (ARNm) de eucariotas en un período específico en el que se activan algunas funciones especiales.La transcripción empalmada más larga se denominó 'Unigene' y se utilizó como secuencia de referencia para análisis posteriores, lo que constituye un medio eficaz para estudiar el mecanismo molecular y la red reguladora de la especie sin referencia.
Después del ensamblaje de datos del transcriptoma y la anotación funcional unigene
(1) Se realizarán análisis SSR, predicción CDS y estructura genética.
(2) Se realizará la cuantificación de la expresión unigene en cada muestra.
(3) Los unigenes expresados diferencialmente entre muestras (o grupos) se descubrirán en función de la expresión unigene
(4) Se realizarán análisis de agrupamiento, anotación funcional y enriquecimiento de unigenes expresados diferencialmente.
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Secuenciación larga sin codificación-Illumina
Los ARN largos no codificantes (lncRNA) son un tipo de moléculas de ARN con una longitud superior a 200 nt, que se caracterizan por un potencial de codificación extremadamente bajo.El lncRNA, como miembro clave de los ARN no codificantes, se encuentra principalmente en el núcleo y el plasma.El desarrollo de la tecnología de secuenciación y la bioinformática permite la identificación de numerosos lncRNA novedosos y asociarlos con funciones biológicas.Las evidencias acumuladas sugieren que el lncRNA está ampliamente involucrado en la regulación epigenética, la regulación de la transcripción y la regulación postranscripción.
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Secuenciación de ARN pequeño-Illumina
El ARN pequeño se refiere a una clase de moléculas de ARN no codificantes que generalmente tienen menos de 200 nt de longitud, incluido el microARN (miARN), el ARN de interferencia pequeño (ARNip) y el ARN que interactúa con piwi (ARNpi).
El microARN (miARN) es una clase de ARN pequeño endógeno con una longitud de aproximadamente 20 a 24 nt, que desempeña una variedad de funciones reguladoras importantes en las células.miARN involucrado en muchos procesos de la vida que revelan una expresión específica de tejido y de etapa y altamente conservada en diferentes especies.
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Secuenciación de circRNA-Illumina
Los CircRNA (ARN circulares) son una clase de moléculas de ARN no codificantes a las que les falta la tapa del extremo 5 'y la cola poli (A) del extremo 3'.Los CircRNA realizan una estructura circular mediante el enlace covalente que es un estado contra la digestión de la exonucleasa de ARN.El circRNA juega un papel importante en el crecimiento y desarrollo de los organismos y su resistencia al entorno externo.
CircRNA tiene muchas funciones, que pueden unirse competitivamente a miRNA, ejercer la función reguladora de ceRNA y regular la expresión génica.En los últimos años, también se ha descubierto que está estrechamente relacionado con la aparición y el desarrollo de enfermedades, y tiene grandes perspectivas de aplicación en la dirección de marcadores de diagnóstico de enfermedades, etc.
