-
Análisis de asociación de todo el genoma
El estudio de asociación del genoma completo (GWAS) tiene como objetivo identificar variantes genéticas (genotipo) que se asocian con rasgos específicos (fenotipo).El estudio GWAS investiga los marcadores genéticos en todo el genoma de un gran número de individuos y predice asociaciones genotipo-fenotipo mediante análisis estadístico a nivel de población.Se ha aplicado ampliamente en la investigación de enfermedades humanas y la extracción de genes funcionales en rasgos complejos de animales o plantas.
-
Secuenciación de ARN de un solo núcleo
El avance en la captura de células individuales y la técnica de construcción de bibliotecas individuales que se combina con la secuenciación de alto rendimiento permite realizar estudios de expresión génica célula por célula.Permite un análisis de sistema más profundo y completo en poblaciones de células complejas, en el que evita en gran medida enmascarar su heterogeneidad tomando el promedio de todas las células.
Sin embargo, algunas células no son adecuadas para convertirlas en suspensión de una sola célula, por lo que se necesitan otros métodos de preparación de muestras: se necesita la extracción del núcleo de los tejidos, es decir, el núcleo se extrae directamente de los tejidos o células y se prepara en una suspensión de un solo núcleo para la extracción de un solo núcleo. secuenciación celular.
BMK proporciona un servicio de secuenciación de ARN unicelular basado en 10× Genomics ChromiumTM.Este servicio se ha utilizado ampliamente en estudios relacionados con enfermedades, como la diferenciación de células inmunitarias, la heterogeneidad de tumores, el desarrollo de tejidos, etc.
Chip de transcriptoma espacial: 10 × Genomics
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Secuenciación del genoma completo de plantas/animales
La resecuenciación del genoma completo, también conocida como WGS, permite revelar mutaciones comunes y raras en todo el genoma, incluido el polimorfismo de nucleótido único (SNP), la eliminación por inserción (InDel), la variación de estructura (SV) y la variación del número de copias (CNV). ).Los SV constituyen una porción más grande de la base de variación que los SNP y tienen un mayor impacto en el genoma, lo que tiene un efecto significativo en los organismos vivos.La resecuenciación de lectura larga permite una identificación más precisa de fragmentos grandes y variaciones complicadas porque las lecturas largas facilitan mucho el cruce cromosómico en regiones complicadas como repeticiones en tándem, regiones ricas en GC/AT y regiones hipervariables.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transcriptomo espacial BMKMANU S1000
La organización espacial de las células desempeña un papel fundamental en diversos procesos biológicos, como la infiltración inmunitaria, el desarrollo embrionario, etc. La secuenciación del transcriptoma espacial, que indica el perfil de expresión génica al tiempo que conserva la información de la posición espacial, ha proporcionado una gran comprensión de la arquitectura tisular a nivel del transcriptoma.Con el desarrollo de la tecnología, la morfología del tejido ultraclaro y la diferencia estructural real de la expresión molecular espacial deben estudiarse con mayor resolución.BMKGENE proporciona un servicio integral de secuenciación de transcriptomas espaciales integrales desde muestras hasta conocimientos biológicos.
Las tecnologías de transcriptómica espacial potenciaron perspectivas novedosas en diversos campos de investigación al resolver el perfil de expresión génica con contenido espacial en muestras heterogéneas.
Chip de transcriptoma espacial: BMKMANU S1000
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Transcriptoma espacial Visium de genómica 10x
Visium Spatial Gene Expression es una tecnología de secuenciación de transcriptomas espaciales convencional para clasificar tejidos en función del ARNm total.Mapee todo el transcriptoma con el contexto morfológico para descubrir nuevos conocimientos sobre el desarrollo normal, la patología de la enfermedad y la investigación traslacional clínica.BMKGENE proporciona un servicio integral de secuenciación de transcriptomas espaciales integrales desde muestras hasta conocimientos biológicos.
Las tecnologías de transcriptómica espacial potenciaron perspectivas novedosas en diversos campos de investigación al resolver el perfil de expresión génica con contenido espacial en muestras heterogéneas.
Chip de transcriptoma espacial: 10x Genomics Visium
Plataforma:Illumina NovaSeq 6000
-
Secuenciación de ARNm de longitud completa-Nanopore
La secuenciación del ARN ha sido una herramienta invaluable para el análisis completo del transcriptoma.Sin duda, la secuenciación tradicional de lectura corta logró numerosos desarrollos importantes aquí.Sin embargo, a menudo encuentra limitaciones en las identificaciones de isoformas de longitud completa, cuantificación, sesgo de PCR.
La secuenciación de nanoporos se distingue de otras plataformas de secuenciación en que los nucleótidos se leen directamente sin síntesis de ADN y genera una lectura larga de decenas de kilobases.Esto permite la lectura directa cruzando transcripciones completas y abordando los desafíos en los estudios de nivel de isoforma.
Plataforma：PromethION de nanoporos
Biblioteca:ADNc-PCR
-
Secuenciación de ARNm de longitud completa -PacBio
de novosecuenciación del transcriptoma de longitud completa, también conocida comode novoIso-Seq aprovecha las ventajas del secuenciador PacBio en la longitud de lectura, lo que permite la secuenciación de moléculas de cDNA de longitud completa sin interrupciones.Esto evita por completo los errores generados en los pasos de ensamblaje de la transcripción y construye conjuntos unígenos con resolución de nivel de isoforma.Este conjunto de unigenes proporciona información genética poderosa como "genoma de referencia" a nivel de transcriptoma.Además, al combinarse con datos de secuenciación de próxima generación, este servicio permite una cuantificación precisa de la expresión a nivel de isoforma.
Plataforma: PacBio Sequel IIBiblioteca: biblioteca de campana SMRT -
Secuenciación de ARNm eucariótico-Illumina
La secuenciación de ARNm permite la elaboración de perfiles de todos los ARNm transcritos de células en condiciones específicas.Es una tecnología poderosa para revelar el perfil de expresión génica, las estructuras génicas y los mecanismos moleculares de ciertos procesos biológicos.Hasta la fecha, la secuenciación de ARNm se ha empleado ampliamente en investigación fundamental, diagnóstico clínico, desarrollo de fármacos, etc.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Secuenciación de ARNm no basada en referencia: Illumina
La secuenciación de ARNm adopta la técnica de secuenciación de próxima generación (NGS) para capturar el ARN mensajero (ARNm) de eucariotas en un período específico en el que se activan algunas funciones especiales.La transcripción empalmada más larga se denominó 'Unigene' y se usó como secuencia de referencia para el análisis posterior, que es un medio eficaz para estudiar el mecanismo molecular y la red reguladora de la especie sin referencia.
Después del ensamblaje de datos del transcriptoma y la anotación funcional unigene
(1) Se realizarán análisis SSR, predicción de CDS y estructura genética.
(2) Se realizará la cuantificación de la expresión unigénica en cada muestra.
(3) Los unigenes expresados diferencialmente entre muestras (o grupos) se descubrirán en función de la expresión unigene
(4) Se realizarán análisis de agrupamiento, anotación funcional y enriquecimiento de unigenes expresados diferencialmente.
-
Secuenciación larga sin codificación-Illumina
Los ARN largos no codificantes (lncRNA) son un tipo de moléculas de ARN con una longitud superior a 200 nt, que se caracterizan por un potencial de codificación extremadamente bajo.LncRNA, como miembro clave en los ARN no codificantes, se encuentra principalmente en el núcleo y el plasma.El desarrollo de la tecnología de secuenciación y la bioinformática permite identificar numerosos lncRNA nuevos y asociarlos con funciones biológicas.Las evidencias acumuladas sugieren que el lncRNA está ampliamente involucrado en la regulación epigenética, la regulación de la transcripción y la regulación posterior a la transcripción.
