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Productos

Secuenciación metagenómica-Nanopore

La metagenómica es una herramienta molecular utilizada para analizar los materiales genómicos mixtos extraídos de muestras ambientales, que proporciona información detallada sobre la diversidad y abundancia de especies, la estructura de la población, la relación filogenética, los genes funcionales y la red de correlación con factores ambientales, etc. Las plataformas de secuenciación de nanoporos se han introducido recientemente. a los estudios metagenómicos.Su excelente desempeño en la longitud de lectura mejoró en gran medida el análisis metagenómico posterior, especialmente el ensamblaje del metagenoma.Aprovechando las ventajas de la longitud de lectura, el estudio metagenómico basado en Nanopore puede lograr un ensamblaje más continuo en comparación con la metagenómica de escopeta.Se ha publicado que la metagenómica basada en nanoporos generó con éxito genomas bacterianos completos y cerrados a partir de microbiomas (Moss, EL, et. al,Naturaleza Biotecnología, 2020)

Plataforma:Nanoporo PromethION P48


Detalles del servicio

Resultados de demostración

Caso BMK

Ventajas del servicio

ØEnsamblaje de alta calidad: mejora la precisión de la identificación de especies y la predicción de genes funcionales

ØAislamiento del genoma bacteriano cerrado

ØAplicación más poderosa y confiable en diversas áreas, por ejemplo, detección de microorganismos patógenos o genes relacionados con la resistencia a los antibióticos.

ØAnálisis comparativo del metagenoma

Especificaciones del servicio

SecuenciaciónPlataforma

Biblioteca

Rendimiento de datos recomendado

Tiempo de entrega estimado

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Etiquetas 50K/100K/300K

30 dias

Análisis bioinformáticos

üControl de calidad de datos sin procesar

üEnsamblaje del metagenoma

üAnotación y conjunto de genes no redundantes

üAnálisis de diversidad de especies

üAnálisis de diversidad de funciones genéticas

üAnálisis intergrupal

üAnálisis de asociación frente a factores experimentales

2

Requisitos de muestra y entrega

Requisitos de muestra y entrega

Requisitos de la muestra:   

Paraextractos de ADN:

Tipo de ejemplo

Monto

Concentración

Pureza

extractos de ADN

> 30ng

> 1 ng/ml

DO260/280= 1.6-2.5

Para muestras ambientales:

Tipo de ejemplo

Procedimiento de muestreo recomendado

Suelo

Cantidad de muestreo: aprox.5 g;La sustancia marchita restante debe eliminarse de la superficie;Moler piezas grandes y pasar por filtro de 2 mm;Muestras alícuotas en tubo EP estéril o cyrotube para reserva.

Heces

Cantidad de muestreo: aprox.5 g;Recolectar y alícuotas de muestras en tubos EP estériles o criotubos para reserva.

contenido intestinal

Las muestras deben procesarse en condiciones asépticas.Lave el tejido recolectado con PBS;Centrifugar el PBS y recoger el precipitante en tubos EP.

Lodo

Cantidad de muestreo: aprox.5 g;Recolectar y alícuota de muestra de lodo en tubo EP estéril o criotubo para reserva

Agua corporal

Para muestras con una cantidad limitada de microbios, como agua del grifo, agua de pozo, etc., recolecte al menos 1 L de agua y pásela por un filtro de 0,22 μm para enriquecer los microbios en la membrana.Guarde la membrana en un tubo estéril.

Piel

Raspe con cuidado la superficie de la piel con un hisopo estéril o una cuchilla quirúrgica y colóquelo en un tubo estéril.

Entrega de muestra recomendada

Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3-4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere el envío de muestras con hielo seco.

Flujo de trabajo de servicio

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Entrega de muestra

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Construcción de biblioteca

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Secuenciación

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Análisis de los datos

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Servicios postventa


  • Anterior:
  • Próximo:

  • 1.Mapa de calor: agrupación de riqueza de especies32. Genes funcionales anotados en las vías metabólicas de KEGG43. Red de correlación de especies54.Circos de genes de resistencia a antibióticos CARD
    6

    Caso BMK

    La metagenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido de infecciones bacterianas de las vías respiratorias bajas

    Publicado:Naturaleza Biotecnología, 2019

    Aspectos técnicos destacados
    Secuenciación: Nanopore MinION
    Bioinformática metagenómica clínica: agotamiento del ADN del huésped, análisis WIMP y ARMA
    Detección rápida: 6 horas
    Alta sensibilidad: 96,6%

    Resultados clave

    En 2006, la infección de las vías respiratorias inferiores (LR) causó 3 millones de muertes humanas en todo el mundo.El método típico para la detección de patógenos LR1 es el cultivo, que tiene poca sensibilidad, tiempo de respuesta prolongado y falta de orientación en la terapia antibiótica temprana.Un diagnóstico microbiano rápido y preciso ha sido durante mucho tiempo una necesidad urgente.El Dr. Justin de la Universidad de East Anglia y sus socios desarrollaron con éxito un método metagenómico basado en nanoporos para la detección de patógenos.Según su flujo de trabajo, se puede agotar el 99,99 % del ADN del huésped.La detección de patógenos y genes resistentes a los antibióticos puede finalizar en 6 horas.

    Referencia
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. y O'Grady, J. .(2019).La metagenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido de infecciones bacterianas de las vías respiratorias inferiores.Biotecnología de la naturaleza, 37(7), 1.

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