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Secuenciación metagenómica-Nanopore

La metagenómica es una herramienta molecular utilizada para analizar los materiales genómicos mixtos extraídos de muestras ambientales, que proporciona información detallada sobre la diversidad y abundancia de especies, estructura poblacional, relación filogenética, genes funcionales y red de correlación con factores ambientales, etc. Recientemente se han introducido plataformas de secuenciación de nanoporos. a los estudios metagenómicos.Su excelente rendimiento en longitud de lectura mejoró en gran medida el análisis metagenómico posterior, especialmente el ensamblaje del metagenoma.Aprovechando las ventajas de la longitud de lectura, el estudio metagenómico basado en nanoporos puede lograr un ensamblaje más continuo en comparación con la metagenómica de escopeta.Se ha publicado que la metagenómica basada en nanoporos generó con éxito genomas bacterianos completos y cerrados a partir de microbiomas (Moss, EL, et. al,Biotecnología de la naturaleza, 2020)

Plataforma:Nanoporo PromethION P48


Detalles del servicio

Resultados de la demostración

Caso BMK

Ventajas del servicio

● Ensamblaje de alta calidad: mejora la precisión de la identificación de especies y la predicción de genes funcionales.

● Aislamiento cerrado del genoma bacteriano.

● Aplicación más potente y fiable en diversas áreas, por ejemplo, detección de microorganismos patógenos o genes relacionados con la resistencia a antibióticos.

● Análisis comparativo del metagenoma.

Especificaciones de servicio

 Plataforma

Secuenciación

Datos recomendados

Tiempo de respuesta

nanoporo

ONT

6G/10G

65 días laborables

Análisis bioinformáticos.

● Control de calidad de los datos sin procesar

● Ensamblaje del metagenoma

● Conjunto de genes y anotaciones no redundantes

● Análisis de diversidad de especies.

● Análisis de diversidad de funciones genéticas.

● Análisis intergrupal

● Análisis de asociación frente a factores experimentales.

nanoporo

Requisitos de muestra y entrega

Requisitos de muestra y entrega.

Requisitos de muestra:   

Paraextractos de ADN:

Tipo de ejemplo

Cantidad

Concentración

Pureza

extractos de ADN

1-1,5 µg

> 20 ng/μl

DO260/280= 1,6-2,5

Para muestras ambientales:

Tipo de ejemplo

Procedimiento de muestreo recomendado

Suelo

Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Es necesario eliminar de la superficie los restos de sustancia marchita;Moler trozos grandes y pasar por filtro de 2 mm;Muestras alícuotas en tubo EP o criotubo estéril para reserva.

Heces

Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Recoja y haga alícuotas de muestras en un tubo EP o criotubo estéril para reservarlas.

Contenido intestinal

Las muestras deben procesarse en condiciones asépticas.Lavar el tejido recogido con PBS;Centrifugar el PBS y recoger el precipitante en tubos EP.

Lodo

Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Recoger y tomar alícuotas de la muestra de lodo en un tubo EP o criotubo estéril para reservar

Agua corporal

Para muestras con una cantidad limitada de microbios, como agua del grifo, agua de pozo, etc., recolecte al menos 1 litro de agua y páselo a través de un filtro de 0,22 μm para enriquecer los microbios en la membrana.Guarde la membrana en un tubo estéril.

Piel

Raspe con cuidado la superficie de la piel con un hisopo de algodón esterilizado o un bisturí quirúrgico y colóquelo en un tubo esterilizado.

Entrega de muestra recomendada

Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3 a 4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o a -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere envío de muestras con hielo seco.

Flujo de trabajo del servicio

entrega de muestra

Entrega de muestra

Preparación de la biblioteca

construcción de biblioteca

Secuenciación

Secuenciación

Análisis de los datos

Análisis de los datos

Servicios postventa

Servicios postventa


  • Anterior:
  • Próximo:

  • 1.Mapa de calor: agrupación de riqueza de especies32.Genes funcionales anotados en las vías metabólicas de KEGG.43.Red de correlación de especies54.Circos de genes de resistencia a antibióticos CARD
    6

    Caso BMK

    La metagenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido de infecciones bacterianas de las vías respiratorias inferiores

    Publicado:Biotecnología de la naturaleza, 2019

    Aspectos técnicos destacados
    Secuenciación: Nanopore MinION
    Bioinformática de metagenómica clínica: agotamiento del ADN del huésped, análisis WIMP y ARMA
    Detección rápida: 6 horas
    Alta sensibilidad: 96,6%

    Resultados clave

    En 2006, las infecciones de las vías respiratorias inferiores (LR) causaron 3 millones de muertes humanas en todo el mundo.El método típico para la detección del patógeno LR1 es el cultivo, que tiene poca sensibilidad, tiempo de respuesta prolongado y falta de orientación en la terapia antibiótica temprana.Un diagnóstico microbiano rápido y preciso ha sido durante mucho tiempo una necesidad urgente.El Dr. Justin de la Universidad de East Anglia y sus socios desarrollaron con éxito un método metagenómico basado en nanoporos para la detección de patógenos.Según su flujo de trabajo, se puede agotar el 99,99% del ADN del huésped.La detección de patógenos y genes resistentes a los antibióticos se puede finalizar en 6 horas.

    Referencia
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. y O'Grady, J.(2019).La metagenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido de infecciones bacterianas de las vías respiratorias inferiores.Biotecnología de la naturaleza, 37(7), 1.

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