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Un metagenoma es una colección de material genético de una comunidad mixta de organismos, como los metagenomas ambientales y humanos. Contiene genomas de microorganismos cultivables y no cultivables. La secuenciación metagenómica permite el estudio de estos intrincados paisajes genómicos incrustados en muestras ecológicas, proporcionando más que un perfil taxonómico. También ofrece una perspectiva de genómica funcional al explorar los genes codificados y sus posibles roles en los procesos ambientales. Si bien los enfoques tradicionales de secuenciación shotgun con Illumina se han utilizado ampliamente en estudios metagenómicos, la llegada de la secuenciación de lectura larga de Nanopore y PacBio ha revolucionado el campo. La tecnología de Nanopore y PacBio mejora los análisis bioinformáticos posteriores, en particular el ensamblaje de metagenomas, asegurando ensamblajes más continuos. Los informes indican que la metagenómica basada en Nanopore y PacBio ha generado con éxito genomas bacterianos completos y cerrados a partir de microbiomas complejos (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). La integración de las lecturas de Nanopore con las de Illumina proporciona un enfoque estratégico para la corrección de errores, mitigando la baja precisión inherente de Nanopore. Esta combinación sinérgica aprovecha las fortalezas de cada plataforma de secuenciación, ofreciendo una solución robusta para superar posibles limitaciones y mejorar la precisión y fiabilidad de los análisis metagenómicos.

Plataforma: Nanopore PromethION 48, Illumia y PacBio Revio