Secuenciación metagenómica-Nanopore
Ventajas del servicio
ØEnsamblaje de alta calidad: mejora la precisión de la identificación de especies y la predicción de genes funcionales
ØAislamiento del genoma bacteriano cerrado
ØAplicación más poderosa y confiable en diversas áreas, por ejemplo, detección de microorganismos patógenos o genes relacionados con la resistencia a los antibióticos.
ØAnálisis comparativo del metagenoma
Especificaciones del servicio
| SecuenciaciónPlataforma | Biblioteca | Rendimiento de datos recomendado | Tiempo de entrega estimado |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Etiquetas 50K/100K/300K | 30 dias |
Análisis bioinformáticos
üControl de calidad de datos sin procesar
üEnsamblaje del metagenoma
üAnotación y conjunto de genes no redundantes
üAnálisis de diversidad de especies
üAnálisis de diversidad de funciones genéticas
üAnálisis intergrupal
üAnálisis de asociación frente a factores experimentales
Requisitos de muestra y entrega
Requisitos de muestra y entrega
Requisitos de la muestra:
Paraextractos de ADN:
| Tipo de ejemplo | Monto | Concentración | Pureza |
| extractos de ADN | > 30ng | ＞ 1 ng/ml | DO260/280= 1.6-2.5 |
Para muestras ambientales:
| Tipo de ejemplo | Procedimiento de muestreo recomendado |
| Suelo | Cantidad de muestreo: aprox.5 g;La sustancia marchita restante debe eliminarse de la superficie;Moler piezas grandes y pasar por filtro de 2 mm;Muestras alícuotas en tubo EP estéril o cyrotube para reserva. |
| Heces | Cantidad de muestreo: aprox.5 g;Recolectar y alícuotas de muestras en tubos EP estériles o criotubos para reserva. |
| contenido intestinal | Las muestras deben procesarse en condiciones asépticas.Lave el tejido recolectado con PBS;Centrifugar el PBS y recoger el precipitante en tubos EP. |
| Lodo | Cantidad de muestreo: aprox.5 g;Recolectar y alícuota de muestra de lodo en tubo EP estéril o criotubo para reserva |
| Agua corporal | Para muestras con una cantidad limitada de microbios, como agua del grifo, agua de pozo, etc., recolecte al menos 1 L de agua y pásela por un filtro de 0,22 μm para enriquecer los microbios en la membrana.Guarde la membrana en un tubo estéril. |
| Piel | Raspe con cuidado la superficie de la piel con un hisopo estéril o una cuchilla quirúrgica y colóquelo en un tubo estéril. |
Entrega de muestra recomendada
Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3-4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere el envío de muestras con hielo seco.
Flujo de trabajo de servicio
Entrega de muestra
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de los datos
Servicios postventa
1.Mapa de calor: agrupación de riqueza de especies
2. Genes funcionales anotados en las vías metabólicas de KEGG
3. Red de correlación de especies
4.Circos de genes de resistencia a antibióticos CARD
Caso BMK
La metagenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido de infecciones bacterianas de las vías respiratorias bajas
Publicado:Naturaleza Biotecnología, 2019
Aspectos técnicos destacados
Secuenciación: Nanopore MinION
Bioinformática metagenómica clínica: agotamiento del ADN del huésped, análisis WIMP y ARMA
Detección rápida: 6 horas
Alta sensibilidad: 96,6%
Resultados clave
En 2006, la infección de las vías respiratorias inferiores (LR) causó 3 millones de muertes humanas en todo el mundo.El método típico para la detección de patógenos LR1 es el cultivo, que tiene poca sensibilidad, tiempo de respuesta prolongado y falta de orientación en la terapia antibiótica temprana.Un diagnóstico microbiano rápido y preciso ha sido durante mucho tiempo una necesidad urgente.El Dr. Justin de la Universidad de East Anglia y sus socios desarrollaron con éxito un método metagenómico basado en nanoporos para la detección de patógenos.Según su flujo de trabajo, se puede agotar el 99,99 % del ADN del huésped.La detección de patógenos y genes resistentes a los antibióticos puede finalizar en 6 horas.
Referencia
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. y O'Grady, J. .(2019).La metagenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido de infecciones bacterianas de las vías respiratorias inferiores.Biotecnología de la naturaleza, 37(7), 1.
