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Un metagenoma es una colección del material genético de una comunidad mixta de organismos, como los metagenomas ambientales y humanos. Contiene genomas de microorganismos cultivables y no cultivables. La secuenciación metagenómica permite estudiar estos intrincados paisajes genómicos integrados en muestras ecológicas, proporcionando más que un simple perfil taxonómico. También ofrece una perspectiva de genómica funcional al explorar los genes codificados y sus posibles funciones en los procesos ambientales. Si bien los enfoques tradicionales de secuenciación masiva con Illumina se han utilizado ampliamente en estudios metagenómicos, la llegada de la secuenciación de lectura larga Nanopore y PacBio ha transformado el campo. La tecnología Nanopore y PacBio mejora los análisis bioinformáticos posteriores, especialmente el ensamblaje de metagenomas, asegurando ensamblajes más continuos. Los informes indican que la metagenómica basada en Nanopore y PacBio ha generado con éxito genomas bacterianos completos y cerrados a partir de microbiomas complejos (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). La integración de las lecturas de Nanopore con las de Illumina ofrece un enfoque estratégico para la corrección de errores, mitigando la baja precisión inherente de Nanopore. Esta combinación sinérgica aprovecha las ventajas de cada plataforma de secuenciación, ofreciendo una solución robusta para superar posibles limitaciones y mejorar la precisión y la fiabilidad de los análisis metagenómicos.

Plataforma: Nanopore PromethION 48, Illumia y PacBio Revio