Secuenciación larga no codificante - Illumina
Ventajas del servicio
●Análisis conjunto de ARNm y ARNlncAl combinar la cuantificación de las transcripciones de ARNm con el estudio de lncRNA y sus objetivos, es posible obtener una visión detallada del mecanismo regulador subyacente a la respuesta celular.
●Amplia experienciaHemos procesado más de 230.000 muestras, abarcando diversos objetivos de muestras y proyectos. Aportamos nuestra vasta experiencia a cada proyecto.
●Análisis conjunto de ARNm y ARNlncCombinamos la cuantificación de transcripciones de ARNm con el estudio de lncRNA y sus dianas, lo que permite obtener una visión en profundidad del mecanismo regulador subyacente a la respuesta celular.
●Control de calidad rigurosoImplementamos controles fundamentales en todas las etapas, desde la preparación de muestras hasta la preparación de bibliotecas, la secuenciación y la bioinformática. Nuestro meticuloso seguimiento garantiza la entrega de resultados consistentemente de alta calidad.
●Anotación completaUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los Genes de Expresión Diferencial (GED) y realizar los análisis de enriquecimiento correspondientes. Este enfoque integral proporciona información sobre los procesos celulares y moleculares que subyacen a la respuesta del transcriptoma, garantizando así que obtenga toda la información posible sobre los datos de su experimento.
●Soporte posventaEntendemos la importancia de estar presentes, por eso nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para resolver cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Plataforma | Datos recomendados | Control de calidad de datos |
| Biblioteca direccional agotada de ARNr | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nucleótidos:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN en el gel. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
● Plantas:
Raíz, tallo o pétalo: 450 mg
Hoja o semilla: 300 mg
Fruta: 1,2 g
●Animal:
Corazón o Intestino: 450 mg
Vísceras o cerebro: 240 mg
Músculo: 600 mg
Huesos, cabello o piel: 1,5 g
● Artrópodos:
Insectos: 9g
Crustáceos: 450 mg
● Sangre entera:2 tubos
● Células: 106 células
● Suero y Plasma:6 ml
Entrega de muestra recomendada
Envase: Tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio)
Etiquetado de muestra: Grupo+réplica p.ej. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empacarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos de estabilización de ARN: las muestras de ARN pueden secarse en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Extracción de ARN
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Bioinformática
- Datos sin procesar
- Control de calidad de datos
- Alineación del genoma
- Estructura genética (empalme alternativo, optimización de la estructura genética y predicción de nuevos genes)
- cuantificación de la expresión génica
- Análisis de expresión diferencial
- Anotación y enriquecimiento de DEG + Genes diana de lncRNA expresados diferencialmente
- Identificación de la transcripción
- Identificación de lncRNA (conservación de lncRNA y lncRNA conocido)
- Predicción de genes diana del lncRNA
- cuantificación de la expresión de lncRNA
- Análisis conjunto con datos de ARNm
Análisis de expresión génica diferencial (GED)
Cuantificación de la expresión de lncRNA – agrupamiento
Enriquecimiento de genes diana de lncRNA
Análisis de la posición conjunta del ARNm y el ARNlnc: gráfico de Circos (el círculo central es el ARNm y el círculo interior es el ARNlnc)
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de lncRNA de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Ji, H. et al. (2020) 'Identificación, predicción funcional y verificación clave de lncRNA relacionados con el estrés por frío en el hígado de ratas',Informes científicos2020 10:1, 10(1), págs. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'El análisis transcriptómico integrativo revela el mecanismo inmunológico de una cepa de carpa común resistente a CyHV-3',Fronteras en inmunología, 12, pág. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Priorización basada en la integración multiómica de redes de regulación de ARN endógeno en competencia en el cáncer de pulmón de células pequeñas: características moleculares y candidatos a fármacos',Fronteras en Oncología, 12, pág. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Disección genética de la red de coexpresión genética subyacente a la fotosíntesis en Populus',Revista de Biotecnología Vegetal, 18(4), págs. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Una red reguladora global para la expresión genética desregulada y la señalización metabólica anormal en células inmunes en el microambiente de la enfermedad de Graves y la tiroiditis de Hashimoto',Fronteras en inmunología, 13, pág. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
