Secuenciación de secuencias largas no codificantes - Illumina
Ventajas del servicio
●Análisis conjunto de ARNm y ARNnc largoAl combinar la cuantificación de los transcritos de ARNm con el estudio de los ARN largos no codificantes (lncRNA) y sus dianas, es posible obtener una visión general en profundidad del mecanismo regulador subyacente a la respuesta celular.
●Amplia experienciaHemos procesado más de 230.000 muestras, que abarcan diversos tipos de muestras y objetivos de proyectos. Aportamos nuestra amplia experiencia a cada proyecto.
●Análisis conjunto de ARNm y ARNnc largoCombinamos la cuantificación de los transcritos de ARNm con el estudio de los ARN largos no codificantes (lncRNA) y sus dianas, lo que permite obtener una visión general en profundidad del mecanismo regulador subyacente a la respuesta celular.
●Control de calidad rigurosoImplementamos puntos de control esenciales en todas las etapas, desde la preparación de muestras hasta la preparación de bibliotecas, la secuenciación y la bioinformática. Nuestro monitoreo meticuloso garantiza la obtención de resultados de alta calidad de forma constante.
●Anotación completaUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes diferencialmente expresados (GDE) y realizar los análisis de enriquecimiento correspondientes. Este enfoque integral proporciona información sobre los procesos celulares y moleculares que subyacen a la respuesta del transcriptoma, lo que garantiza que obtenga toda la información posible sobre los datos de su experimento.
●Soporte postventaEntendemos la importancia de estar presentes, por eso nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto con un servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
Requisitos y entrega de muestras
| Biblioteca | Plataforma | Datos recomendados | Control de calidad de datos |
| Biblioteca direccional con ARN ribosómico agotado | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nucleótidos:
| Concentración (ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 En el gel se observa una contaminación limitada o nula de proteínas o ADN. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
● Plantas:
Raíz, tallo o pétalo: 450 mg
Hoja o semilla: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animal:
Corazón o intestino: 450 mg
Vísceras o cerebro: 240 mg
Músculo: 600 mg
Huesos, cabello o piel: 1,5 g
● Artrópodos:
Insectos: 9 g
Crustáceos: 450 mg
● Sangre entera:2 tubos
● Células: 106 células
● Suero y plasma: 6 ml
Entrega de muestras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda usar papel de aluminio).
Etiquetado de muestras: Grupo+réplica, por ejemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: Las muestras deben empaquetarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos RNAstable: Las muestras de ARN se pueden secar en tubos de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño del experimento
Entrega de muestras
Extracción de ARN
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Bioinformática
- Datos sin procesar
- Control de calidad de datos
- Alineación del genoma
- Estructura genética (empalme alternativo, optimización de la estructura genética y predicción de nuevos genes)
- cuantificación de la expresión génica
- Análisis de expresión diferencial
- Anotación y enriquecimiento de DEG + Genes diana de lncRNA con expresión diferencial
- identificación de transcripciones
- Identificación de lncRNA (conservación de lncRNA y lncRNA conocidos)
- Predicción de genes diana de lncRNA
- cuantificación de la expresión de lncRNA
- Análisis conjunto con datos de ARNm
Análisis de la expresión génica diferencial (DEGs)
Cuantificación de la expresión de lncRNA: agrupamiento
Enriquecimiento de genes diana de lncRNA
Análisis conjunto de la posición del ARNm y el ARNnc: diagrama de Circos (el círculo central representa el ARNm y el círculo interior, el ARNnc).
Descubra los avances facilitados por los servicios de secuenciación de lncRNA de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Ji, H. et al. (2020) 'Identificación, predicción funcional y verificación de lncRNA clave relacionados con el estrés por frío en el hígado de ratas',Informes científicos2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Análisis transcriptómico integrador revela el mecanismo inmunitario de una cepa de carpa común resistente al CyHV-3',Fronteras en Inmunología, 12, pág. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Priorización basada en la integración multiómica de redes de regulación de ARN endógenas competitivas en el cáncer de pulmón de células pequeñas: características moleculares y candidatos a fármacos',Fronteras en Oncología, 12, pág. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Análisis genético de la red de coexpresión génica subyacente a la fotosíntesis en Populus',Revista de Biotecnología Vegetal, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Una red reguladora global para la expresión génica desregulada y la señalización metabólica anormal en células inmunes en el microambiente de la enfermedad de Graves y la tiroiditis de Hashimoto',Fronteras en Inmunología, 13, pág. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
