Secuenciación de ARNm (NGS) con genoma de referencia
La secuenciación de ARN (RNA-seq) es una herramienta estándar en las ciencias biológicas y agrícolas, que conecta genomas y proteomas. Su principal ventaja reside en el descubrimiento de nuevos transcritos y la cuantificación de su expresión en un solo ensayo. Se utiliza ampliamente en estudios transcriptómicos comparativos, lo que permite comprender mejor los genes relacionados con diversos rasgos o fenotipos, como la comparación de mutantes con plantas silvestres o el análisis de la expresión génica en condiciones específicas. La aplicación BMKCloud mRNA(Reference) integra la cuantificación de la expresión, el análisis de expresión diferencial (DEG) y el análisis de la estructura de la secuencia en el flujo de trabajo bioinformático de mRNA-seq(NGS), combinando las ventajas de software similar para garantizar comodidad y facilidad de uso. Los usuarios pueden subir sus datos de RNA-seq a la nube, donde la aplicación ofrece una solución integral de análisis bioinformático. Además, prioriza la experiencia del usuario, ofreciendo operaciones personalizadas adaptadas a sus necesidades específicas. Los usuarios pueden configurar parámetros y enviar la misión del pipeline por sí mismos, consultar el informe interactivo, ver datos/diagramas y realizar minería de datos completa, como por ejemplo: selección de genes objetivo, agrupamiento funcional, diagramación, etc.
Plataforma:Illumina, MGI
Estrategia:Secuenciación de ARN
Disposición: Emparejados, datos limpios.
Tipo de biblioteca:fr-unstranded, fr-firststrand o fr-secondstrand
Longitud de lectura:150 pb
Tipo de archivo:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. El sistema lo haráemparejar automáticamente los archivos .fastq según sus nombres de archivo,p. ej. *_1.fastq emparejado con *._2.fastq.
Número de muestras:No hay restricciones en el númerode muestras, pero el tiempo de análisis aumentará a medida que aumente el número de muestras.Las muestras crecen.
Cantidad de datos recomendada:6 g por muestra
