Secuenciación de ARNm (NGS) con genoma de referencia
La secuenciación de ARN (RNA-seq) es una herramienta estándar en las ciencias de la vida y los cultivos, que conecta genomas y proteomas. Su punto fuerte reside en el descubrimiento de nuevas transcripciones y la cuantificación de su expresión en un solo ensayo. Se utiliza ampliamente en estudios transcriptómicos comparativos, lo que arroja luz sobre genes relacionados con diversos rasgos o fenotipos, como la comparación de mutantes con tipos silvestres o la revelación de la expresión génica en condiciones específicas. La aplicación BMKCloud mRNA(Reference) integra la cuantificación de la expresión, el análisis de expresión diferencial (DEG) y el análisis de la estructura de secuencias en el proceso bioinformático de secuenciación de ARNm (NGS) y combina las ventajas de software similar, garantizando comodidad y facilidad de uso. Los usuarios pueden subir sus datos de secuenciación de ARN a la nube, donde la aplicación ofrece una solución integral de análisis bioinformático. Además, prioriza la experiencia del cliente, ofreciendo operaciones personalizadas adaptadas a sus necesidades específicas. Los usuarios pueden establecer parámetros y enviar la misión del pipeline por sí mismos, verificar el informe interactivo, ver datos/diagramas y completar la minería de datos, como: selección de genes objetivo, agrupamiento funcional, diagramas, etc.
Plataforma:Illumina, MGI
Estrategia:Secuenciación de ARN
Disposición: Datos emparejados y limpios.
Tipo de biblioteca:fr-no hebra, fr-primera hebra o fr-segunda hebra
Longitud de lectura:150 pb
Tipo de archivo:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. El sistemaemparejar automáticamente los archivos .fastq según sus nombres de archivo,por ejemplo *_1.fastq emparejado con *._2.fastq.
Número de muestras:No hay restricciones en el númerode muestras, pero el tiempo de análisis aumentará a medida que aumente el número deLas muestras crecen.
Cantidad de datos recomendada:6G por muestra