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Secuenciación de ARN de un solo núcleo

Imagen destacada de secuenciación de ARN de núcleo único

El avance en la captura de células individuales y la técnica de construcción de bibliotecas individuales combinadas con la secuenciación de alto rendimiento permite estudios de expresión génica célula por célula.Permite un análisis de sistemas más profundo y completo en poblaciones de células complejas, en el que evita en gran medida el enmascaramiento de su heterogeneidad al tomar el promedio de todas las células.

Sin embargo, algunas células no son adecuadas para convertirse en suspensiones unicelulares, por lo que se necesitan otros métodos de preparación de muestras (extracción del núcleo de los tejidos, es decir, el núcleo se extrae directamente de los tejidos o células y se prepara en una suspensión de un solo núcleo para una sola suspensión). secuenciación celular.

BMK proporciona un servicio de secuenciación de ARN unicelular basado en 10× Genomics ChromiumTM.Este servicio ha sido ampliamente utilizado en estudios relacionados con enfermedades, como diferenciación de células inmunes, heterogeneidad tumoral, desarrollo de tejidos, etc.

Chip transcriptoma espacial: 10× Genómica

Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq

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Detalles del servicio

Bioinformática

Resultados de la demostración

Principio técnico

El aislamiento de los núcleos se logra mediante 10× Genomics ChromiumTM, que consta de un sistema de microfluidos de ocho canales con cruces dobles.En este sistema, se encapsulan perlas de gel con códigos de barras y cebador, enzimas y un solo núcleo en una gota de aceite del tamaño de un nanolitro, generando perlas de gel en emulsión (GEM).Una vez que se forman los GEM, se realiza la lisis celular y la liberación de códigos de barras en cada GEM.El ARNm se transcribe de forma inversa en moléculas de ADNc con códigos de barras 10× y UMI, que además están sujetos a la construcción de una biblioteca de secuenciación estándar.

Tejido no apto para la preparación de suspensiones unicelulares

Célula/Tejido	Razón
Tejido congelado no fresco	No se pueden obtener organizaciones nuevas o guardadas hace mucho tiempo
Célula muscular, megacariocito, grasa…	El diámetro de la celda es demasiado grande para ingresar al instrumento.
Hígado…	Demasiado frágil para romperse, incapaz de distinguir células individuales
Célula neuronal, cerebro…	Más sensible, fácil de estresar, cambiará los resultados de la secuenciación
Páncreas, tiroides…	Rico en enzimas endógenas, que afectan la producción de suspensión de células individuales.

Un solo núcleo versus una sola célula

Un solo núcleo	Unicelular
Diámetro celular ilimitado	Diámetro celular: 10-40 μm
El material puede ser tejido congelado.	El material debe ser tejido fresco.
Bajo estrés de las células congeladas.	El tratamiento enzimático puede provocar una reacción de estrés celular
No es necesario eliminar los glóbulos rojos.	Es necesario eliminar los glóbulos rojos.
Nuclear expresa bioinformación.	Toda la célula expresa bioinformación.