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Genoma fúngico

Las tecnologías de biomarcadores proporcionan un estudio del genoma, el genoma fino y el genoma completo del pene de los hongos, según el objetivo de investigación específico.La secuenciación, el ensamblaje y la anotación funcional del genoma se pueden lograr combinando la secuenciación de próxima generación + la secuenciación de tercera generación para lograr un ensamblaje del genoma de alto nivel.La tecnología Hi-C también se puede emplear para facilitar el ensamblaje del genoma a nivel cromosómico.

Plataforma:PacBio Secuela II

Nanoporo PromethION P48

Plataforma Illumina NovaSeq

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Detalles del servicio

Resultados de la demostración

Ventajas del servicio

● Múltiples estrategias de secuenciación disponibles para diferentes objetivos de investigación

● Altamente experimentado en el ensamblaje del genoma de hongos con más de 10,000 genomas pene-completos ensamblados.

● Equipo profesional de soporte técnico postventa que satisface necesidades de investigación más específicas.

Especificaciones de servicio

Servicio	Estrategia de secuenciación	Calidad garantizada	Tiempo estimado de respuesta
Mapa fino de hongos	Illumina 50X+Nanoporo 100X	Contig N50≥2 Mb	35 días laborables
Mapa fino de hongos	PacBio HiFi 30X	Contig N50≥2 Mb	35 días laborables
Mapa completo de pene de hongos	Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X	Relación de anclaje cromosómico >90%	45 días laborables

Análisis bioinformáticos.

● Control de calidad de los datos sin procesar

● Ensamblaje del genoma

● Análisis de componentes del genoma.

● Anotación de función genética

● Análisis genómico comparativo

Requisitos de muestra y entrega

Requisitos de muestra:

Paraextractos de ADN:

Tipo de ejemplo	Cantidad	Concentración	Pureza
extractos de ADN	> 1,2 µg	> 20 ng/μl	DO260/280= 1,6-2,5

Para muestras de tejido:

Tipo de ejemplo

Tratamiento de muestra recomendado

Almacenamiento y envío de muestras.

Hongo unicelular

Observar las levaduras al microscopio y recogerlas en su fase exponencial.

Transfiera el cultivo (que contiene aproximadamente 3-4,5e9 células) a un eppendorf de 1,5 o 2 ml.(Manténgase en hielo)

Centrifugar el tubo durante 1 min a 14000 g para recoger las bacterias y retirar el sobrenadante con cuidado.

Sellar el tubo y congelar las bacterias en nitrógeno líquido durante al menos 1-3 h.Guarde el tubo en un frigorífico de -80 ℃.

Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3 a 4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o a -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere envío de muestras con hielo seco.

Macrohongo

Se recomienda tejido en fase de crecimiento activo.

Enjuague el tejido con agua libre de endotoxinas, luego 70% ethonal.

Guarde la muestra en criotubos.