Mapa de calor
La herramienta Mapa de calor acepta un archivo de datos de matriz como entrada y permite a los usuarios filtrar, normalizar y agrupar los datos. El principal caso de uso de los mapas de calor es el análisis de agrupamiento del nivel de expresión génica entre diferentes muestras.
Anotación genética
La herramienta de anotación genética realiza la anotación de genes basándose en la alineación de secuencias de archivos FASTA de entrada con diversas bases de datos.
Herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST)
La herramienta BLAST es una versión integrada de NCBI BLAST en BMKCloud y puede utilizarse para realizar las mismas funciones con datos cargados en la cuenta de BMKCloud.
Predicción de CDS_UTR
La herramienta de predicción CDS_UTR está diseñada para predecir regiones codificantes (CDS) y regiones no codificantes (UTR) en secuencias de transcripción dadas, basándose en los resultados de BLAST contra bases de datos de proteínas conocidas y los resultados de la predicción de ORF.
Parcela de Manhattan
La herramienta Manhattan Plot permite visualizar experimentos con un gran número de muestras y se utiliza habitualmente en estudios de asociación de genoma completo (GWAS).
Diagrama de Circos
La herramienta Diagrama CIRCOS proporciona una visualización eficiente de cómo se distribuyen las características genómicas en el genoma. Las características comunes incluyen loci cuantitativos, SNP, InDels, variantes estructurales y de número de copias.
Enriquecimiento de la ontología genética (GO)
La herramienta GO Enrichment proporciona análisis de enriquecimiento funcional. El software principal de esta herramienta es el paquete TopGO-Bioconductor, que incluye análisis de expresión diferencial, análisis de enriquecimiento GO y visualización de los resultados.
Análisis ponderado de redes de coexpresión génica (WGCNA)
WGCNA es un método de minería de datos ampliamente utilizado para descubrir módulos de coexpresión génica. Es aplicable a diversos conjuntos de datos de expresión, incluidos datos de expresión génica de microarrays y NGS.
InterProScan
La herramienta InterProScan proporciona análisis y clasificación de secuencias de proteínas InterPro.
Enriquecimiento GO KEGG
La herramienta GO KEGG Enrichment está diseñada para generar un histograma de enriquecimiento GO, un histograma de enriquecimiento KEGG y una vía de enriquecimiento KEGG a partir de un conjunto de genes proporcionado y su anotación correspondiente.
