Mapa de calor
La herramienta Mapa de Calor acepta un archivo de datos de matriz como entrada y permite a los usuarios filtrar, normalizar y agrupar datos. El principal uso de los mapas de calor es el análisis de conglomerados del nivel de expresión génica entre diferentes muestras.
Anotación genética
La herramienta de anotación genética realiza la anotación genética basándose en la alineación de secuencias de archivos FASTA de entrada con varias bases de datos.
Herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST)
La herramienta BLAST es una versión integrada de NCBI BLAST en BMKCloud y se puede utilizar para realizar las mismas funciones utilizando datos cargados en la cuenta de BMKCloud.
Predicción CDS_UTR
La herramienta de predicción CDS_UTR está diseñada para predecir regiones codificantes (CDS) y regiones no codificantes (UTR) en secuencias de transcripción dadas basándose en los resultados de BLAST contra bases de datos de proteínas conocidas y resultados de predicción de ORF.
Parcela de Manhattan
La herramienta Manhattan Plot permite la visualización de experimentos con un gran número de muestras y se utiliza comúnmente en estudios de asociación de todo el genoma (GWAS).
Diagrama de circos
La herramienta Diagrama CIRCOS permite visualizar eficazmente la distribución de las características genómicas en el genoma. Entre las características comunes se incluyen loci cuantitativos, SNP, InDels, variantes estructurales y de número de copias.
Enriquecimiento de la ontología genética (GO)
La herramienta de Enriquecimiento de GO proporciona análisis de enriquecimiento funcional. El software principal de esta herramienta es el paquete TopGO-Bioconductor, que incluye análisis de expresión diferencial, análisis de enriquecimiento de GO y visualización de resultados.
Análisis de red de coexpresión génica ponderada (WGCNA)
WGCNA es un método de minería de datos ampliamente utilizado para descubrir módulos de coexpresión génica. Es aplicable a diversos conjuntos de datos de expresión, incluyendo datos de expresión génica de microarrays y NGS.
InterProScan
La herramienta InterProScan proporciona análisis y clasificación de secuencias de proteínas InterPro.
Enriquecimiento GO KEGG
La herramienta de enriquecimiento GO KEGG está diseñada para generar un histograma de enriquecimiento GO, un histograma de enriquecimiento KEGG y una vía de enriquecimiento KEGG según un conjunto de genes proporcionado y la anotación correspondiente.