Ensamblaje del genoma basado en Hi-C
Hi-C es un método diseñado para capturar la configuración cromosómica mediante la combinación de interacciones basadas en la proximidad y la secuenciación de alto rendimiento. Se cree que la intensidad de estas interacciones está inversamente correlacionada con la distancia física en los cromosomas. Por lo tanto, los datos de Hi-C se utilizan para guiar la agrupación, el ordenamiento y la orientación de las secuencias ensambladas en un genoma borrador, anclándolas a un número determinado de cromosomas. Esta tecnología permite el ensamblaje del genoma a nivel cromosómico en ausencia de un mapa genético poblacional. Cada genoma requiere un análisis Hi-C.
Características del servicio
● Secuenciación en Illumina NovaSeq con PE150.
● El servicio requiere muestras de tejido, en lugar de ácidos nucleicos extraídos, para realizar la reticulación con formaldehído y conservar las interacciones ADN-proteína.
● El experimento Hi-C implica la restricción y reparación de los extremos cohesivos con biotina, seguida de la circularización de los extremos romos resultantes, preservando las interacciones. Posteriormente, el ADN se precipita con perlas de estreptavidina y se purifica para la posterior preparación de la biblioteca.
Ventajas del servicio
Descripción general de Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Ciencia, 2009)
●Eliminar la necesidad de datos genéticos de población:Hi-C sustituye la información esencial necesaria para el anclaje de contigs.
●Alta densidad de marcadores:lo que da como resultado una alta tasa de anclaje de contigs superior al 90%.
●Amplia experiencia y un extenso historial de publicaciones:BMKGene cuenta con una vasta experiencia, con más de 2000 casos de ensamblaje de genomas Hi-C de 1000 especies diferentes y diversas patentes. Más de 200 casos publicados tienen un factor de impacto acumulado superior a 2000.
●Equipo de bioinformática altamente cualificado:Gracias a sus patentes propias y los derechos de autor del software para experimentos Hi-C y análisis de datos, el software de visualización de datos de desarrollo propio permite mover, revertir, revocar y rehacer bloques manualmente.
●Soporte postventa:Nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
●Anotación completaUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes con variaciones identificadas y realizar el análisis de enriquecimiento correspondiente, lo que proporciona información valiosa para múltiples proyectos de investigación.
Especificaciones de servicio
| Preparación de la biblioteca | Estrategia de secuenciación | Salida de datos recomendada | Control de calidad |
| Biblioteca Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Requisitos de muestra
| Tejido | Cantidad requerida |
| Vísceras animales | ≥ 2 g |
| Músculo animal | |
| Sangre de mamíferos | ≥ 2 mL |
| Sangre de aves/peces | |
| Planta - Hoja fresca | ≥ 3 g |
| Células cultivadas | ≥ 1x107 |
| Insecto | ≥ 2 g |
Flujo de trabajo del servicio
Diseño del experimento
Entrega de muestras
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
1) Control de calidad de datos brutos
2) Control de calidad de la biblioteca Hi-C: estimación de interacciones Hi-C válidas
3) Ensamblaje Hi-C: agrupamiento de contigs en grupos, seguido de la ordenación de contigs dentro de cada grupo y la asignación de la orientación de los contigs.
4) Evaluación Hi-C
Control de calidad de la biblioteca Hi-C: estimación de pares de interacción válidos de Hi-C
Ensamblador Hi-C: estadísticas
Evaluación posterior al ensamblaje: mapa de calor de la intensidad de la señal entre los intervalos.
Descubra los avances facilitados por los servicios de ensamblaje Hi-C de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Tian, T. et al. (2023) 'Ensamblaje del genoma y disección genética de un germoplasma de maíz prominente resistente a la sequía', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Un ensamblaje a escala cromosómica del genoma de la abeja melífera asiática Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Revelando la evolución de la biosíntesis de alcaloides tropánicos mediante el análisis de dos genomas en la familia Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Los genomas del baniano y la avispa polinizadora aportan información sobre la coevolución entre la higuera y la avispa', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
