Secuenciación de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF-Seq)
Flujo de trabajo
El servicio cuenta con un prediseño in silico para garantizar la selección óptima de enzimas en la preparación de la biblioteca.
Esquema técnico
Características del servicio
● Secuenciación en NovaSeq con PE150.
● Preparación de biblioteca con doble código de barras, lo que permite la agrupación de más de 1000 muestras.
● Independiente del genoma de referencia:
Con genoma de referencia: descubrimiento de SNP e InDel
Sin genoma de referencia: agrupamiento de muestras y descubrimiento de SNP
● En elin silicoEn la etapa de prediseño se examinan múltiples combinaciones de enzimas de restricción para encontrar aquellas que generan una distribución uniforme de etiquetas SLAF a lo largo del genoma.
● Durante el preexperimento, se prueban tres combinaciones de enzimas en 3 muestras para generar 9 bibliotecas SLAF, y esta información se utiliza para elegir la combinación de enzimas de restricción óptima para el proyecto.
Ventajas del servicio
●Descubrimiento de marcadores genéticos de alto nivelIntegramos un sistema de código de barras doble de alto rendimiento que permite la secuenciación simultánea de grandes poblaciones y la amplificación específica del locus, mejorando la eficiencia, asegurando que los números de etiquetas cumplan con los diversos requisitos de varias preguntas de investigación.
● Baja dependencia del genoma:Puede aplicarse a especies con o sin genoma de referencia.
●Diseño de esquema flexibleSe pueden seleccionar digestión con una sola enzima, con dos enzimas, con múltiples enzimas y varios tipos de enzimas para satisfacer diferentes objetivos de investigación o especies.
● Alta eficiencia en la digestión enzimática:La conducción de unain silicoUn diseño previo y un preexperimento garantizan un diseño óptimo con una distribución uniforme de las etiquetas SLAF en el cromosoma (1 etiqueta SLAF/4 Kb) y una secuencia repetitiva reducida (<5 %).
●Amplia experienciaAportamos una gran experiencia a cada proyecto, con un historial de cierre de más de 5000 proyectos SLAF-Seq en cientos de especies, incluidas plantas, mamíferos, aves, insectos y organismos acuáticos.
● Flujo de trabajo bioinformático de desarrollo propioDesarrollamos un flujo de trabajo bioinformático integrado para SLAF-Seq para garantizar la confiabilidad y precisión del resultado final.
Especificaciones del servicio
| Tipo de análisis | Escala de población recomendada | Estrategia de secuenciación | |
| Profundidad de secuenciación de etiquetas | Número de etiqueta | ||
| Mapas genéticos | 2 padres y >150 crías | Padres: 20x WGS Descendiente: 10x | Tamaño del genoma: <400 Mb: se recomienda WGS <1 Gb: 100 000 etiquetas 1-2 Gb:: 200 000 etiquetas >2 Gb: 300 000 etiquetas Máximo 500k etiquetas |
| Estudios de asociación del genoma completo (GWAS) | ≥200 muestras | 10x | |
| Evolución genética | ≥30 muestras, con >10 muestras de cada subgrupo | 10x | |
Requisitos del servicio
Concentración ≥ 5 ng/µL
Cantidad total ≥ 80 ng
Nanogota OD260/280=1,6-2,5
Gel de agarosa: degradación o contaminación nula o limitada
Entrega de muestra recomendada
Envase: tubo de centrífuga de 2 ml
(Para la mayoría de las muestras, recomendamos no conservar en etanol)
Etiquetado de muestras: Las muestras deben estar claramente etiquetadas y ser idénticas al formulario de información de muestra enviado.
Envío: Hielo seco: Las muestras deben empacarse primero en bolsas y enterrarse en hielo seco.
Flujo de trabajo del servicio
Control de calidad de muestra
Experimento piloto
Experimento SLAF
Preparación de la biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Nuestro análisis bioinformático comprende:
Control de calidad de datos y recorte de datos para eliminar lecturas ricas en N, lecturas de adaptador o lecturas de baja calidad.
Un segundo control de calidad de las lecturas limpias para comprobar la distribución de bases, la calidad de la secuencia y una evaluación de los datos, pero también para comprobar la eficiencia de la digestión y las inserciones obtenidas.
Una vez comprobadas las lecturas, hay dos opciones:
- Mapeo al genoma de referencia
- Sin un genoma de referencia: agrupamiento
Después de esto, el análisis de las etiquetas SLAF se utiliza para realizar algunas llamadas de variantes para ayudar con el descubrimiento de marcadores: llamadas y anotaciones de SNP, InDel, SNV y CV.
Distribución de etiquetas SLAF en los cromosomas:
Distribución de SNP en los cromosomas:
Anotación de SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X y Shi C (2023) Mapeo de QTL y análisis del transcriptoma del contenido de azúcar durante la maduración de la frutaPyrus pyrifolia.Frente. Ciencias Vegetales.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. y Sun, L. (2022). La identificación de st1 revela una selección que implica una alteración de la morfología de las semillas y el contenido de aceite durante la domesticación de la soja.Revista de Biotecnología Vegetal, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.y otros.Secuencia del genoma y diversidad genética de la carpa común,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.y otros.El genoma del maní cultivado proporciona información sobre los cariotipos de las leguminosas, la evolución poliploide y la domesticación de cultivos.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Año | Diario | IF | Título | Aplicaciones |
| 2022 | Comunicaciones de la naturaleza | 17.694 | Base genómica de los gigacromosomas y el gigagenoma de la peonía arbórea Peonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nuevo fitólogo | 7.433 | Las huellas de domesticación anclan regiones genómicas de importancia agronómica en soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Revista de investigación avanzada | 12.822 | Introgresiones artificiales de todo el genoma de Gossypium barbadense en G. hirsutum Revelan loci superiores para la mejora simultánea de la calidad y el rendimiento de la fibra de algodón rasgos | SLAF-Genética evolutiva |
| 2019 | Planta molecular | 10.81 | Análisis genómico poblacional y ensamblaje de novo revelan el origen de Weedy El arroz como juego evolutivo | SLAF-Genética evolutiva |
| 2019 | Genética de la naturaleza | 31.616 | Secuencia del genoma y diversidad genética de la carpa común, Cyprinus carpio | Mapa de vinculación SLAF |
| 2014 | Genética de la naturaleza | 25.455 | El genoma del maní cultivado proporciona información sobre los cariotipos de las leguminosas y los poliploides. evolución y domesticación de cultivos. | Mapa de vinculación SLAF |
| 2022 | Revista de Biotecnología Vegetal | 9.803 | La identificación de ST1 revela una selección que implica un cambio en la morfología de las semillas y contenido de aceite durante la domesticación de la soja | Desarrollo del marcador SLAF |
| 2022 | Revista Internacional de Ciencias Moleculares | 6.208 | Identificación y desarrollo de marcadores de ADN para un 2Ns de trigo-Leymus mollis (2D) Sustitución cromosómica disómica | Desarrollo del marcador SLAF |
| Año | Diario | IF | Título | Aplicaciones |
| 2023 | Fronteras en la ciencia vegetal | 6.735 | Mapeo de QTL y análisis del transcriptoma del contenido de azúcar durante la maduración del fruto de Pyrus pyrifolia | Mapa genético |
| 2022 | Revista de Biotecnología Vegetal | 8.154 | La identificación de ST1 revela una selección que implica una alteración de la morfología de las semillas y del contenido de aceite durante la domesticación de la soja.
| Llamada del SNP |
| 2022 | Fronteras en la ciencia vegetal | 6.623 | Mapeo de asociaciones de fenotipos de células sin cáscara en todo el genoma en entornos de sequía.
| GWAS |
