Ensamblaje del genoma bacteriano de novo
Ofrecemos un servicio completo de ensamblaje de genomas bacterianos, garantizando la ausencia de huecos. Esto es posible gracias a la integración de tecnologías de secuenciación de lectura larga, como Nanopore y PacBio para el ensamblaje, y la secuenciación de lectura corta con Illumina para la validación del ensamblaje y la corrección de errores en las lecturas ONT. Nuestro servicio proporciona el flujo de trabajo bioinformático completo, desde el ensamblaje y la anotación funcional hasta el análisis bioinformático avanzado, cumpliendo así objetivos de investigación específicos. Este servicio permite el desarrollo de genomas de referencia precisos para diversos estudios genéticos y genómicos. Además, constituye la base para aplicaciones como la optimización de cepas, la ingeniería genética y el desarrollo de tecnología microbiana, asegurando datos genómicos fiables y sin huecos, cruciales para el avance del conocimiento científico y la innovación biotecnológica.
Características del servicio
● Con dos opciones posibles para elegir, dependiendo del grado de completitud del genoma deseado.
● Opción de genoma preliminar: Secuenciación de lectura corta con Illumina NovaSeq PE150.
● Genoma completo sin huecos.
● Secuenciación de lectura larga en Nanopore PromethION 48 o PacBio Revio para el ensamblaje del genoma.
● Secuenciación de lectura corta en Illumina NovaSeq para validación del genoma y corrección de errores (Nanopore) o para generar un borrador del genoma.
Ventajas del servicio
●Genoma sin brechas garantizadoEsto se debe a la integración de la secuenciación Illumina con la secuenciación de lectura larga (Nanopore o PacBio).
●Flujo de trabajo bioinformático completo:Esto incluye el ensamblaje del genoma y la predicción de múltiples elementos genómicos, la anotación funcional de genes y visualizaciones del genoma, como el diagrama de Circos.
●Amplia experienciaCon más de 20.000 genomas microbianos ensamblados, BMKGENE aporta más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente cualificado, contenido exhaustivo y un excelente servicio de atención al cliente posventa.
●Soporte postventa:Nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
●Existen diversas estrategias de secuenciación disponibles:Para diferentes objetivos de investigación y requisitos de integridad del genoma.
Especificaciones de servicio
| Servicio | Estrategia de secuenciación |
| Borrador del genoma | Illumina PE150 100x |
| 0 brechas en el genoma | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opcional) |
Requisitos de muestra:
| Concentración (ng/µL) | Cantidad total (µg) | Volumen (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanoporo | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bacterias: ≥3,5x1010 células
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestras
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de los datos de secuenciación
● Ensamblaje del genoma
● Análisis de componentes del genoma: Predicción de CDS y múltiples elementos genómicos
● Anotación funcional con múltiples bases de datos generales (GO, KEGG, etc.) y bases de datos avanzadas (CARD, CAZy, etc.)
● Visualización del genoma
Proporcionamos el genoma en formato fasta de fácil acceso y el archivo de anotación del genoma (gff).
Anotación genética – GO
Anotación genética – Carbohidratos CAZY
Visualización del genoma: diagrama de Circos
Descubra los avances facilitados por los servicios de ensamblaje de genomas bacterianos de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Dai, W. et al. (2023) 'Descubrimiento de Bacteroides uniformis F18-22 como una bacteria probiótica novedosa y segura para el tratamiento de la colitis ulcerosa a partir del colon humano sano',Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 24(19), pág. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Aislamientos de Proteus mirabilis multirresistentes portadores de blaOXA-1 y blaNDM-1 procedentes de fauna silvestre en China: aumento del riesgo para la salud pública',Zoología integrativa, 16 (6), págs. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'La secuencia completa del genoma del endófito Bacillus flexus KLBMP 4941 revela su mecanismo de promoción del crecimiento vegetal y la base genética de su tolerancia a la sal',Revista de Biotecnología, 260, págs. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Los plásmidos de resistencia de replicón múltiple de Klebsiella median la diseminación extensa de genes antimicrobianos',Fronteras en Microbiología, 12, pág. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
