Secuenciación metagenómica -NGS
Un metagenoma es una colección del material genético total de una comunidad mixta de organismos, como los metagenomas ambientales y humanos. Contiene genomas de microorganismos tanto cultivables como no cultivables. La secuenciación metagenómica de escopeta con NGS permite el estudio de estos intrincados paisajes genómicos presentes en muestras ambientales, proporcionando más que un simple perfil taxonómico: ofrece información detallada sobre la diversidad de especies, la dinámica de abundancia y las complejas estructuras poblacionales. Además de los estudios taxonómicos, la metagenómica de escopeta también ofrece una perspectiva de genómica funcional, permitiendo la exploración de los genes codificados y sus posibles funciones en los procesos ecológicos. Finalmente, el establecimiento de redes de correlación entre elementos genéticos y factores ambientales contribuye a una comprensión holística de la compleja interacción entre las comunidades microbianas y su contexto ecológico. En conclusión, la secuenciación metagenómica se erige como un instrumento fundamental para desentrañar las complejidades genómicas de diversas comunidades microbianas, iluminando las relaciones multifacéticas entre la genética y la ecología dentro de estos complejos ecosistemas.
Plataformas: Illumina NovaSeq y DNBSEQ-T7
Ventajas del servicio
●Método sin aislamiento ni cultivo para la caracterización de comunidades microbianas.: Permite la secuenciación de material genético de organismos no cultivables.
●Resolución alta: Detectar especies de baja abundancia en muestras ambientales.
●Análisis bioinformático integral:Centrado no solo en la diversidad taxonómica, sino también en la diversidad funcional de la comunidad.
●Amplia experiencia:Con un historial de éxito en la finalización de múltiples proyectos de metagenómica en diversos campos de investigación y el procesamiento de más de 200.000 muestras, nuestro equipo aporta una vasta experiencia a cada proyecto.
Especificaciones de servicio
| Plataforma de secuenciación | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Requisitos del servicio
| Concentración (ng/µL) | Cantidad total (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Suelo/lodo: 2-3 g
● Contenido intestinal en animales: 0,5-2 g
● Contenido intestinal del insecto: 0,1-0,25 g
● Superficie vegetal (sedimento enriquecido): 0,5-1 g
● Sedimento enriquecido con caldo de fermentación): 0,2-0,5 g
● Heces (animales grandes): 0,5-2 g
● Heces (ratón): 3-5 granos
● Líquido de lavado broncoalveolar: papel de filtro
● Hisopado vaginal: 5-6 hisopos
● Hisopado de piel/genital/saliva/tejido blando oral/hisopado faríngeo/hisopado rectal: 2-3 hisopos
● Microorganismos de superficie: 5-6 hisopos
● Cuerpo de agua/aire/biopelícula: papel de filtro
● Endófitos: 2-3 g
● Placa dental: 0,5-1 g
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestras
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de los datos de secuenciación
● Ensamblaje de metagenomas y predicción de genes
● Anotación genética
● Análisis de diversidad alfa taxonómica
● Análisis funcional de la comunidad: función biológica, metabólica, resistencia a los antibióticos
● Análisis de la diversidad funcional y taxonómica:
Análisis de diversidad beta
Análisis intergrupal
Análisis de correlación: entre factores ambientales y composición y diversidad de OUT
Análisis funcional: resistencia a los antibióticos CARD
Análisis diferencial de las vías metabólicas de KEGG: mapa de calor de las vías significativas
Diversidad alfa de la distribución taxonómica: índice ACE
Diversidad beta de la distribución taxonómica: PCoA
Descubra los avances facilitados por los servicios de secuenciación de metagenomas de BMKGene con Illumina a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Hai, Q. et al. (2023) 'Análisis metagenómico y metabolómico de los cambios en el contenido intestinal de la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) infectada con el virus de la necrosis hematopoyética infecciosa a diferentes temperaturas del agua de cultivo',Fronteras en Microbiología, 14, pág. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Comunidades microbianas, genes de resistencia y riesgos del resistoma en lagos urbanos de diferentes estados tróficos: vínculos internos e influencias externas',Revista de avances en materiales peligrosos, 9, pág. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'El análisis metagenómico reveló diferencias en la composición y función entre los microorganismos asociados al líquido y al sólido del rumen de las ovejas',Fronteras en Microbiología, 13, pág. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'La microbiota derivada de cerdos obesos de Ningxiang reconfigura el metabolismo de la carnitina para promover la deposición de ácidos grasos musculares en cerdos DLY delgados',La innovación, 4(5), pág. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Perspectivas metagenómicas sobre los riesgos potenciales de los desechos plásticos biodegradables/no degradables y no plásticos representativos en los tramos superior e inferior del estuario de Haihe, China',Ciencia del medio ambiente total, 887, pág. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
