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Productos

Secuenciación metagenómica (NGS)

El metagenoma se refiere a una colección de material genético total de una comunidad mixta de organismos, como el metagenoma ambiental, el metagenoma humano, etc. Contiene genomas de microorganismos tanto cultivables como no cultivables.La secuenciación metagenómica es una herramienta molecular utilizada para analizar los materiales genómicos mixtos extraídos de muestras ambientales, que proporciona información detallada sobre la diversidad y abundancia de especies, la estructura de la población, la relación filogenética, los genes funcionales y la red de correlación con los factores ambientales.

Plataforma:Illumina NovaSeq6000


Detalles del servicio

Resultados de demostración

Caso de estudio

Ventajas del servicio

ØSin aislamiento ni cultivo para el perfilado de comunidades microbianas

ØAlta resolución en la detección de especies de baja abundancia en muestras ambientales

ØLa idea de “meta-” integra todas las características biológicas a nivel funcional, de especie y de gen, lo que refleja una visión dinámica más cercana a la realidad.

ØBMK acumula una gran experiencia en diversos tipos de muestras con más de 10.000 muestras procesadas.

Especificaciones del servicio

SecuenciaciónPlataforma

Biblioteca

Rendimiento de datos recomendado

Tiempo de entrega estimado

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Etiquetas 50K/100K/300K

30 dias

Análisis bioinformáticos

üControl de calidad de datos sin procesar

üEnsamblaje del metagenoma

üAnotación y conjunto de genes no redundantes

üAnálisis de diversidad de especies

üAnálisis de diversidad de funciones genéticas

üAnálisis intergrupal

üAnálisis de asociación frente a factores experimentales

2

Requisitos de muestra y entrega

Requisitos de la muestra:

Paraextractos de ADN:

Tipo de ejemplo

Monto

Concentración

Pureza

extractos de ADN

> 30ng

> 1 ng/ml

DO260/280= 1.6-2.5

Para muestras ambientales:

Tipo de ejemplo

Procedimiento de muestreo recomendado

Suelo

Cantidad de muestreo: aprox.5 g;La sustancia marchita restante debe eliminarse de la superficie;Moler piezas grandes y pasar por filtro de 2 mm;Muestras alícuotas en tubo EP estéril o cyrotube para reserva.

Heces

Cantidad de muestreo: aprox.5 g;Recolectar y alícuotas de muestras en tubos EP estériles o criotubos para reserva.

contenido intestinal

Las muestras deben procesarse en condiciones asépticas.Lave el tejido recolectado con PBS;Centrifugar el PBS y recoger el precipitante en tubos EP.

Lodo

Cantidad de muestreo: aprox.5 g;Recolectar y alícuota de muestra de lodo en tubo EP estéril o criotubo para reserva

Agua corporal

Para muestras con una cantidad limitada de microbios, como agua del grifo, agua de pozo, etc., recolecte al menos 1 L de agua y pásela por un filtro de 0,22 μm para enriquecer los microbios en la membrana.Guarde la membrana en un tubo estéril.

Piel

Raspe con cuidado la superficie de la piel con un hisopo estéril o una cuchilla quirúrgica y colóquelo en un tubo estéril.

Entrega de muestra recomendada

Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3-4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere el envío de muestras con hielo seco.

Flujo de trabajo de servicio

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Entrega de muestra

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Construcción de biblioteca

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Secuenciación

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Análisis de los datos

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Servicios postventa


  • Anterior:
  • Próximo:

  • 1.Histograma: distribución de especies

    3

    2. Genes funcionales anotados en las vías metabólicas de KEGG

    4

    3.Mapa de calor: funciones diferenciales basadas en la abundancia relativa de genes54.Circos de genes de resistencia a antibióticos CARD

    6

    Caso BMK

    Prevalencia de genes de resistencia a antibióticos y patógenos bacterianos a lo largo del continuo suelo-raíz de manglar

    Publicado:Revista de materiales peligrosos, 2021

    Estrategia de secuenciación:

    Materiales:Extractos de ADN de cuatro fragmentos de muestras asociadas a raíces de manglares: compartimentos de suelo no plantado, rizosfera, episfera y endosfera
    Plataforma: Illumina HiSeq 2500
    Objetivos: metagenoma
    Región V3-V4 del gen 16S rRNA

    Resultados clave

    Se procesó la secuenciación metagenómica y el perfil de metabarcode en el continuo suelo-raíz de árboles jóvenes de manglar para estudiar la diseminación de genes de resistencia a antibióticos (ARG) del suelo a las plantas.Los datos metagenómicos revelaron que el 91,4% de los genes de resistencia a los antibióticos se identificaron comúnmente en los cuatro compartimentos del suelo mencionados anteriormente, lo que mostró una forma continua.La secuenciación de amplicón de ARNr 16S generó 29 285 secuencias, que representan 346 especies.En combinación con el perfil de especies mediante la secuenciación de amplicones, se descubrió que esta diseminación era independiente de la microbiota asociada a la raíz; sin embargo, podría verse facilitada por elementos genéticos móviles.Este estudio identificó el flujo de ARG y patógenos desde el suelo hacia las plantas a través de un continuo suelo-raíz interconectado.

    Referencia

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. y Shu, L. .(2020).Prevalencia de genes de resistencia a antibióticos y patógenos bacterianos a lo largo del continuo suelo-raíz de manglar.Diario de materiales peligrosos, 408, 124985.

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