Secuenciación metagenómica (NGS)
Ventajas del servicio
ØSin aislamiento ni cultivo para el perfilado de comunidades microbianas
ØAlta resolución en la detección de especies de baja abundancia en muestras ambientales
ØLa idea de “meta-” integra todas las características biológicas a nivel funcional, de especie y de gen, lo que refleja una visión dinámica más cercana a la realidad.
ØBMK acumula una gran experiencia en diversos tipos de muestras con más de 10.000 muestras procesadas.
Especificaciones del servicio
| SecuenciaciónPlataforma | Biblioteca | Rendimiento de datos recomendado | Tiempo de entrega estimado |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Etiquetas 50K/100K/300K | 30 dias |
Análisis bioinformáticos
üControl de calidad de datos sin procesar
üEnsamblaje del metagenoma
üAnotación y conjunto de genes no redundantes
üAnálisis de diversidad de especies
üAnálisis de diversidad de funciones genéticas
üAnálisis intergrupal
üAnálisis de asociación frente a factores experimentales
Requisitos de muestra y entrega
Requisitos de la muestra:
Paraextractos de ADN:
| Tipo de ejemplo | Monto | Concentración | Pureza |
| extractos de ADN | > 30ng | ＞ 1 ng/ml | DO260/280= 1.6-2.5 |
Para muestras ambientales:
| Tipo de ejemplo | Procedimiento de muestreo recomendado |
| Suelo | Cantidad de muestreo: aprox.5 g;La sustancia marchita restante debe eliminarse de la superficie;Moler piezas grandes y pasar por filtro de 2 mm;Muestras alícuotas en tubo EP estéril o cyrotube para reserva. |
| Heces | Cantidad de muestreo: aprox.5 g;Recolectar y alícuotas de muestras en tubos EP estériles o criotubos para reserva. |
| contenido intestinal | Las muestras deben procesarse en condiciones asépticas.Lave el tejido recolectado con PBS;Centrifugar el PBS y recoger el precipitante en tubos EP. |
| Lodo | Cantidad de muestreo: aprox.5 g;Recolectar y alícuota de muestra de lodo en tubo EP estéril o criotubo para reserva |
| Agua corporal | Para muestras con una cantidad limitada de microbios, como agua del grifo, agua de pozo, etc., recolecte al menos 1 L de agua y pásela por un filtro de 0,22 μm para enriquecer los microbios en la membrana.Guarde la membrana en un tubo estéril. |
| Piel | Raspe con cuidado la superficie de la piel con un hisopo estéril o una cuchilla quirúrgica y colóquelo en un tubo estéril. |
Entrega de muestra recomendada
Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3-4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere el envío de muestras con hielo seco.
Flujo de trabajo de servicio
Entrega de muestra
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de los datos
Servicios postventa
1.Histograma: distribución de especies
2. Genes funcionales anotados en las vías metabólicas de KEGG
3.Mapa de calor: funciones diferenciales basadas en la abundancia relativa de genes
4.Circos de genes de resistencia a antibióticos CARD
Caso BMK
Prevalencia de genes de resistencia a antibióticos y patógenos bacterianos a lo largo del continuo suelo-raíz de manglar
Publicado:Revista de materiales peligrosos, 2021
Estrategia de secuenciación:
Materiales:Extractos de ADN de cuatro fragmentos de muestras asociadas a raíces de manglares: compartimentos de suelo no plantado, rizosfera, episfera y endosfera
Plataforma: Illumina HiSeq 2500
Objetivos: metagenoma
Región V3-V4 del gen 16S rRNA
Resultados clave
Se procesó la secuenciación metagenómica y el perfil de metabarcode en el continuo suelo-raíz de árboles jóvenes de manglar para estudiar la diseminación de genes de resistencia a antibióticos (ARG) del suelo a las plantas.Los datos metagenómicos revelaron que el 91,4% de los genes de resistencia a los antibióticos se identificaron comúnmente en los cuatro compartimentos del suelo mencionados anteriormente, lo que mostró una forma continua.La secuenciación de amplicón de ARNr 16S generó 29 285 secuencias, que representan 346 especies.En combinación con el perfil de especies mediante la secuenciación de amplicones, se descubrió que esta diseminación era independiente de la microbiota asociada a la raíz; sin embargo, podría verse facilitada por elementos genéticos móviles.Este estudio identificó el flujo de ARG y patógenos desde el suelo hacia las plantas a través de un continuo suelo-raíz interconectado.
Referencia
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. y Shu, L. .(2020).Prevalencia de genes de resistencia a antibióticos y patógenos bacterianos a lo largo del continuo suelo-raíz de manglar.Diario de materiales peligrosos, 408, 124985.
