Secuenciación metagenómica -NGS
Un metagenoma es una colección del material genético total de una comunidad mixta de organismos, como los metagenomas ambientales y humanos. Contiene genomas de microorganismos cultivables y no cultivables. La secuenciación metagenómica shotgun con NGS permite el estudio de estos intrincados paisajes genómicos presentes en muestras ambientales, proporcionando más que un perfil taxonómico, ya que proporciona también información detallada sobre la diversidad de especies, la dinámica de abundancia y las complejas estructuras poblacionales. Más allá de los estudios taxonómicos, la metagenómica shotgun también ofrece una perspectiva genómica funcional, permitiendo la exploración de genes codificados y sus posibles funciones en los procesos ecológicos. Finalmente, el establecimiento de redes de correlación entre elementos genéticos y factores ambientales contribuye a una comprensión holística de la compleja interacción entre las comunidades microbianas y su contexto ecológico. En conclusión, la secuenciación metagenómica se erige como una herramienta fundamental para desentrañar las complejidades genómicas de diversas comunidades microbianas, arrojando luz sobre las múltiples relaciones entre la genética y la ecología dentro de estos complejos ecosistemas.
Plataformas: Illumina NovaSeq y DNBSEQ-T7
Ventajas del servicio
●Método sin aislamiento ni cultivo para el perfil de la comunidad microbiana:Permitir la secuenciación de material genético de organismos no cultivables.
●Resolución alta:Detectar especies de baja abundancia en muestras ambientales.
●Análisis bioinformático integral:Centrado no sólo en la diversidad taxonómica sino también en la diversidad funcional de la comunidad.
●Amplia experiencia:Con un historial de cierre exitoso de múltiples proyectos de metagenómica en diversos dominios de investigación y procesamiento de más de 200.000 muestras, nuestro equipo aporta una gran experiencia a cada proyecto.
Especificaciones del servicio
| Plataforma de secuenciación | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Requisitos del servicio
| Concentración (ng/µL) | Cantidad total (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Suelo/lodo: 2-3 g
● Contenido intestinal-animal: 0,5-2 g
● Contenido intestinal-insecto: 0,1-0,25 g
● Superficie de la planta (sedimento enriquecido): 0,5-1 g
● Sedimento enriquecido con caldo de fermentación): 0,2-0,5 g
● Heces (animales grandes): 0,5-2 g
● Heces (ratón): 3-5 granos
● Líquido de lavado alveolar pulmonar: papel de filtro
● Hisopado vaginal: 5-6 hisopos
● Hisopado de piel/genitales/saliva/tejido blando oral/hisopado faríngeo/hisopado rectal: 2-3 hisopos
● Microorganismos de superficie: 5-6 hisopos
● Cuerpo de agua/aire/biopelícula: papel de filtro
● Endófitos: 2-3 g
● Placa dental: 0,5-1 g
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
Construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posventa
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de los datos de secuenciación
● Ensamblaje del metagenoma y predicción de genes
● Anotación genética
● Análisis de diversidad alfa taxonómica
● Análisis funcional de la comunidad: función biológica, metabólica, resistencia a antibióticos
● Análisis de la diversidad tanto funcional como taxonómica:
Análisis de diversidad beta
Análisis intergrupal
Análisis de correlación: entre factores ambientales y composición y diversidad del OUT
Análisis funcional: resistencia a los antibióticos CARD
Análisis diferencial de las vías metabólicas de KEGG: mapa de calor de las vías significativas
Diversidad alfa de la distribución taxonómica: índice ACE
Diversidad beta de la distribución taxonómica: PCoA
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de metagenomas de BMKGene con Illumina a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Hai, Q. et al. (2023) 'Análisis metagenómico y metabolómico de los cambios en el contenido intestinal de la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) infectada con el virus de la necrosis hematopoyética infecciosa a diferentes temperaturas del agua de cultivo',Fronteras en Microbiología, 14, pág. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Comunidades microbianas, genes de resistencia y riesgos del resistoma en lagos urbanos de diferentes estados tróficos: vínculos internos e influencias externas',Revista de avances en materiales peligrosos, 9, pág. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'El análisis metagenómico reveló diferencias en la composición y función entre microorganismos asociados a líquidos y sólidos del rumen de ovejas',Fronteras en Microbiología, 13, pág. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'La microbiota derivada del cerdo obeso de Ningxiang reconfigura el metabolismo de la carnitina para promover la deposición de ácidos grasos musculares en cerdos DLY delgados',La innovación, 4(5), pág. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Perspectivas metagenómicas sobre los riesgos potenciales de los desechos plásticos y no plásticos bio/no degradables representativos en los tramos superior e inferior del estuario de Haihe, China',Ciencia del Medio Ambiente Total, 887, pág. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
