Secuenciación del genoma completo de plantas y animales
Características del servicio
De novo
Esta técnica resulta especialmente útil con genomas complejos, como aquellos con un alto grado de heterocigosidad, regiones repetitivas, genomas polipoloides, contenido anormal de CG, etc.
Nuestra solución integral proporciona servicios de secuenciación integrados y análisis bioinformáticos que ofrecen un genoma ensamblado de novo de alta calidad. Un estudio inicial del genoma con Illumina proporciona estimaciones del tamaño y la complejidad del genoma, y esta información se utiliza para guiar el siguiente paso de secuenciación de lectura larga con PacBio HiFi, seguido dede novoEnsamblaje de contigs. El uso posterior del ensamblaje HiC permite anclar los contigs al genoma, obteniendo un ensamblaje a nivel cromosómico. Finalmente, el genoma se anota mediante predicción de genes y secuenciación de genes expresados, recurriendo a transcriptomas con lecturas cortas y largas.
-- Integración de múltiples servicios de secuenciación y bioinformática en una solución integral.Servicio adecuado para la construcción de novelas
-- genomas o mejora de los genomas de referencia existentes para las especies de interés.
Resecuenciación
-- La preparación de la biblioteca puede ser estándar o sin PCR.
-- Disponible en 4 plataformas de secuenciación: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 o PacBio Revio.
-- Análisis bioinformático centrado en la detección de variantes: SNP, InDel, SV y CNV
Ventajas del servicio
●Amplia experiencia y un extenso historial de publicaciones.: Parade novoGracias a nuestros servicios, hemos acumulado una vasta experiencia en el ensamblaje de genomas de alta calidad de diversas especies, incluyendo genomas diploides y genomas altamente complejos de especies poliploides y alopoliploides. Desde 2018, hemos contribuido a más de 300 publicaciones de gran impacto, y más de 20 de ellas se han publicado en Nature Genetics. Mediante la resecuenciación del genoma, acumulamos más de 1000 especies, lo que dio como resultado más de 1000 casos publicados con un factor de impacto acumulativo de más de 5000.
●Solución integral: Ende novoMediante la secuenciación, nuestro enfoque integrado combina múltiples tecnologías de secuenciación y análisis bioinformáticos en un flujo de trabajo coherente, lo que permite obtener un genoma ensamblado de alta calidad.
●Adaptado a sus necesidadesNuestro flujo de trabajo es personalizable, lo que permite adaptarlo a genomas con características diversas y necesidades de investigación específicas.
●Equipo de bioinformática y laboratorio altamente cualificado: Ya sea parade novoYa sea para secuenciación o resecuenciación, nuestro equipo cuenta con las herramientas y los conocimientos necesarios para garantizar el éxito del proyecto. Esto se corrobora con la serie de patentes y derechos de autor de software que han desarrollado.
● Soporte postventa:Nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
●Análisis bioinformático integral: Incluyendo la llamada a variaciones y la anotación de funciones.
●Anotación integral para la secuenciaciónUtilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes con variaciones identificadas y realizar el análisis de enriquecimiento correspondiente, lo que proporciona información valiosa para sus proyectos de investigación.
Especificaciones de servicio
| Variantes por identificar | Estrategia de secuenciación | Profundidad recomendada |
| SNP e InDel | Illumina NovaSeq PE150 o MGI T7 | 10x |
| SV y CNV (menos precisos) | 30x | |
| SV y CNV (más precisos) | Nanoporo Prom P48 | 20x |
| SNP, inserciones/deleciones, variaciones estructurales y variaciones en el número de copias | PacBio Revio | 10x |
Requisitos de muestra
| Tejido o ácidos nucleicos extraídos | Illumina/MGI | Nanoporo | PacBio
| ||
| Vísceras animales | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Músculo animal | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sangre de mamíferos | 1,5 ml | ≥ 0,5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Sangre de aves/peces | ≥ 0,1 mL
| ≥ 0,5 mL
| |||
| Planta - Hoja fresca | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Células cultivadas |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Tejido blando de insecto/Individual | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN extraído
| Concentración: ≥ 1 ng/ µL Cantidad: ≥ 30 ng Degradación o contaminación limitada o nula
| Concentración Cantidad
OD260/280
OD260/230
Degradación o contaminación limitada o nula
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/celda de flujo/muestra
1.7-2.2
≥1,5 | Concentración Cantidad
OD260/280
OD260/230
Degradación o contaminación limitada o nula | ≥ 50 ng/µL 10 µg/celda de flujo/muestra
1.7-2.2
1,8-2,5 |
| Preparación de bibliotecas sin PCR: Concentración ≥ 40 ng/ µL Cantidad ≥ 500 ng | |||||
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestras
extracción de ADN
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Entrega de datos
De novopipeline bioinformático
Si desea ver una descripción general de nuestros diferentes flujos de trabajo para el ensamblaje:
Análisis bioinformático completo, dividido en 4 pasos:
1. Estudio del genoma, basado en el análisis de k-meros con lecturas de secuenciación de nueva generación (NGS).Nos proporcionará información sobre:
- Estimación del tamaño del genoma
- Estimación de la heterocigosidad
- Estimación de regiones repetitivas
2. Ensamblaje del genoma con PacBio HiFi.El uso de lecturas largas nos proporcionará:
- De novoasamblea
- Evaluación del ensamblaje: incluyendo el análisis BUSCO para la integridad del genoma y el mapeo inverso de las lecturas NGS y PacBio HiFi.
3. Ensamblaje Hi-C.Una vez que tengamos el ensamblaje, disponer de información sobre la estructura 3D del genoma profundizará el conocimiento y enriquecerá el genoma de referencia que estamos construyendo.
- Control de calidad de la biblioteca Hi-C para estimar las interacciones Hi-C válidas.
- Ensamblaje Hi-C. Realizaremos la agrupación de contigs en grupos, seguida de la ordenación de los contigs dentro de cada grupo y la asignación de su orientación.
- Evaluación Hi-C
4. Anotación del genoma:
- Predicción de ARN no codificante
- Identificación de secuencias repetitivas (transposones y repeticiones en tándem)
- Predicción genética
- De novo: algoritmos ab initio
- Basado en la homología
- Basado en el transcriptoma, con lecturas largas y cortas: las lecturas sonde novoensamblado o mapeado al genoma borrador
- Anotación de genes predichos con múltiples bases de datos.
Resecuenciaciónpipeline bioinformático
Incluye el siguiente análisis:
- Control de calidad de datos brutos
- Estadísticas de alineación con el genoma de referencia
- Identificación de variantes: SNP, InDel, SV y CNV
- Anotación funcional de variantes
Estadísticas de alineación con el genoma de referencia: distribución de la profundidad de secuenciación
Detección de SNP entre múltiples muestras
Identificación de InDel: estadísticas de la longitud de InDel en la región CDS y en toda la región del genoma.
Distribución de variantes en el genoma: diagrama de Circos
Anotación funcional de genes con variantes identificadas – Ontología Génica
Chai, Q. et al. (2023) 'Una glutatión S-transferasa GhTT19 determina la pigmentación de los pétalos de las flores regulando la acumulación de antocianinas en el algodón',Revista de Biotecnología Vegetal, 21(2), pág. 433.doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'El genoma de Hevea brasiliensis silvestre a nivel cromosómico proporciona nuevas herramientas para el mejoramiento asistido por genómica y valiosos loci para elevar el rendimiento del caucho',Revista de Biotecnología Vegetal, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'Las secuencias genómicas revelan rutas de dispersión globales y sugieren adaptaciones genéticas convergentes en la evolución de los caballitos de mar',Comunicaciones de la naturaleza, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Cambios cromosómicos a gran escala conducen a alteraciones de la expresión a nivel genómico, adaptación ambiental y especiación en el gayal (Bos frontalis)',Biología molecular y evolución, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Ensamblaje del genoma y disección genética de un germoplasma de maíz prominente resistente a la sequía',Naturaleza Genética 202355:3, 55(3), págs. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Revelando la evolución de la biosíntesis de alcaloides tropánicos mediante el análisis de dos genomas en la familia Solanaceae',Comunicaciones de la naturaleza2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) 'El análisis de los cambios en el genoma y la metilación en pollos autóctonos chinos a lo largo del tiempo proporciona información sobre la conservación de la especie',Biología de las comunicaciones, 5(1), págs. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Casos de estudio desafiantes:
Ensamblaje de telómero a telómero:Fu, A. et al. (2023) 'El ensamblaje del genoma de telómero a telómero del melón amargo (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) revela características genéticas de desarrollo, composición y maduración del fruto',Investigación en horticultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Ensamblaje de haplotipos:Hu, W. et al. (2021) 'El genoma definido por alelos revela la diferenciación bialélica durante la evolución de la yuca',Planta molecular, 14 (6), págs. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Ensamblaje de genoma gigante:Yuan, J. et al. (2022) 'Base genómica de los gigacromosomas y gigagenoma de la peonía arbórea Paeonia ostii',Comunicaciones de la naturaleza2022 13:1, 13(1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Ensamblaje del genoma poliploide:Zhang, Q. et al. (2022) 'Perspectivas genómicas sobre la reciente reducción cromosómica de la caña de azúcar autopoliploide Saccharum spontaneum',Genética de la Naturaleza 202254:6, 54(6), págs. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
