Secuenciación del genoma completo de plantas/animales
1.Ventajas del servicio
Amplia experiencia en secuenciación del genoma de más de 1000 especies.
Más de 800 casos publicados con un factor de impacto acumulado superior a 4000.
Análisis bioinformático integral sobre llamadas de variaciones y análisis de funciones.
2. Especificaciones del servicio
| Plataforma | Biblioteca | Profundidad de secuencia recomendada | |
| iluminar | PE 150 | Para SNP, llamadas InDel ≥ 10x Para SV, llamadas CNY ≥ 30x
| |
| nanoporo
| 8 KB | Para llamadas SV y CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15kb | Para llamadas SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Requisitos de muestra
| Plataforma | Conc.(ng/μL)
| Cantidad (ng)
| Pureza
| Gel de agarosa
| ||
| DE260/280 | OD260/230 | 1. Banda principal clara sin o limitadadegradación observada en el gel. 2. Contaminación nula o limitada por ARN o proteínas
| ||||
| iluminar | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| nanoporo
| ≥30 | Depende del rendimiento de los datos 10 μg/célula | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Análisis de bioinformación
5. Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
Extracción de ADN
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de los datos
Entrega de datos
1) Estadísticas de mapeo del genoma
Tabla 1 Estadísticas del resultado del mapeo
Figura 1 Distribución del tamaño de inserción y cobertura de lecturas.
2) Detección de variantes
Figura 2 Estadísticas y anotación de SNP/INDEL/SV entre Muestras
Figura 3 Distribución de variaciones en todo el genoma
3) Anotación funcional de variaciones.
| 2019 | Comunicaciones de la naturaleza | La resecuenciación del genoma completo revela el origen de Brassica napus y los loci genéticos implicados en su mejora |
| 2020 | PNAS | El origen evolutivo y la historia de domesticación del pez dorado (Carassius auratus) |
| 2021 | Revista de biotecnología vegetal | Genomas de referencia de las dos especies de yute cultivadas. |
| 2021 | Revista de biotecnología vegetal | Firmas genómicas del alopoliploide de vegetales y semillas oleaginosas Brassicajuncea y loci genéticos que controlan la acumulación de glucosinolatos. |
| 2019 | Planta molecular | La resecuenciación del genoma completo de una colección mundial de muestras de colza revela la base genética de su divergencia ecotipo |
| 2022 | Investigación en horticultura | El análisis de asociación de todo el genoma proporciona información molecular sobre la variación natural del tamaño de las semillas de sandía |
| 2021 | Revista de botánica experimental | Un estudio de asociación de todo el genoma identifica variantes de GhSAD1 que confieren tolerancia al frío en el algodón |
| 2021 | Revista de botánica experimental | El estudio de asociación de todo el genoma y la comparación del transcriptoma revelan nuevos QTL y genes candidatos que controlan el tamaño de los pétalos en la colza |
