Secuenciación del exoma humano completo
Características del servicio
● Dos paneles de exoma disponibles basados en el enriquecimiento de objetivos con sondas: SureSelect Human All Exon v6 (Agilent) y xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
- Basándose en el panel SureSelect Human All Exon V6, las regiones UTR y el ADNmt de longitud completa se complementan con el rango de captura objetivo.
- La creación de bibliotecas compatible con UMI está disponible con el panel SureSelect Human All Exon V6.
● Secuenciación en Illumina NovaSeq.
● Proceso bioinformático orientado al análisis de enfermedades o al análisis de tumores.
Ventajas del servicio
●Se dirige a la región codificante de proteínasMediante la captura y secuenciación de regiones codificantes de proteínas, la secuenciación del exoma completo humano (hWES) se utiliza para revelar variantes relacionadas con la estructura de las proteínas.
●Rentable:La secuenciación del exoma completo humano (hWES) permite identificar aproximadamente el 85% de las mutaciones asociadas a enfermedades humanas a partir del 1% del genoma humano.
●Alta precisiónGracias a su alta profundidad de secuenciación, hWES facilita la detección tanto de variantes comunes como de variantes raras con frecuencias inferiores al 1 %.
●Control de calidad rigurosoImplementamos cinco puntos de control clave en todas las etapas, desde la preparación de muestras y bibliotecas hasta la secuenciación y el análisis bioinformático. Este monitoreo meticuloso garantiza la obtención de resultados de alta calidad de forma constante.
●Análisis bioinformático integralNuestro proceso va más allá de la identificación de variaciones en el genoma de referencia, ya que incorpora análisis avanzados diseñados para abordar específicamente cuestiones de investigación relacionadas con los aspectos genéticos de las enfermedades o el análisis de tumores.
●Soporte postventa:Nuestro compromiso va más allá de la finalización del proyecto, con un período de servicio posventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para aclarar cualquier duda relacionada con los resultados.
Especificaciones de muestra
| Estrategia de captura de exones | Estrategia de secuenciación | Salida de datos recomendada |
| Agilent SureSelectXT Humano Todos los exones V6 + UTR + ADNmt Agilent SureSelectXT Humano Todos los exones V6 + UTR + ADNmt (con UMI) Panel híbrido de exoma IDT xGen V2 | Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 GB Para trastornos mendelianos/enfermedades raras: > 50x Para muestras tumorales: ≥ 100x |
Requisitos de muestra
| Tipo de muestra | Cantidad(Qubit®) | Concentración | Volumen | Gel de agarosa |
| WES-FF | ≥ 150 ng | ≥ 15 ng/µL |
≥ 15 µL | Contaminación y degradación nulas o limitadas (la banda principal es nítida). ADN FFPE: Si la banda principal no es clara, se requiere una mancha nítida de más de 2 kb. |
| WES-FFPE | ≥ 200 ng | ≥ 15 ng/µL |
Bioinformática
El análisis bioinformático de muestras de hWES-enfermedad incluye:
● Control de calidad de los datos de secuenciación
● Alineación del genoma de referencia
● Identificación de SNP e InDels
● Anotación funcional de SNP e InDels
El análisis bioinformático de muestras tumorales incluye:
● Control de calidad de los datos de secuenciación
● Alineación del genoma de referencia
● Identificación de SNP, InDels y variaciones somáticas
● Identificación de variantes de la línea germinal
● Análisis de firmas de mutación
● Identificación de genes impulsores basada en mutaciones de ganancia de función
● Anotación de mutaciones a nivel de susceptibilidad a fármacos
● Análisis de heterogeneidad: cálculo de pureza y ploidía
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestras
extracción de ADN
Construcción de bibliotecas
Secuenciación
Análisis de datos
Entrega de datos
Servicios posventa
Control de calidad de datos: estadísticas de captura de exoma
Identificación de variantes – InDels
Análisis avanzado: identificación y distribución de SNP/InDels perjudiciales – Diagrama de Circos
Análisis tumoral: identificación y distribución de mutaciones somáticas – Diagrama de Circos
Análisis tumoral: linajes clonales
