Metagenomics (NGS)

ʻO Shotgun metagenomics me Illumina kahi mea hana kaulana no ke aʻo ʻana i nā microbiome ma o ka hoʻokaʻina pololei ʻana i ka DNA mai nā laʻana paʻakikī, e hiki ai ke aʻo ʻana i nā ʻano ʻauhau a me nā hana. Hoʻomaka ka pipeline BMKCloud metagenomic (NGS) me ka hoʻomalu maikaʻi a me ka hui metagenome, kahi i wānana ʻia ai nā genes a hoʻopili ʻia i loko o nā waihona ʻike ʻole i hōʻike ʻia no ka hana a me ka taxonomy me ka hoʻohana ʻana i nā ʻikepili he nui. Hoʻohana ʻia kēia ʻike no ke kālailai ʻana i ka ʻokoʻa ʻauhau i loko o ka laʻana (ka ʻokoʻa alpha) a me ka ʻokoʻa ma waena o ka ʻokoʻa (beta diversity). ʻIke ʻia ka loiloi ʻokoʻa ma waena o nā pūʻulu i nā OTU a me nā hana biological i ʻokoʻa ma waena o nā pūʻulu ʻelua me ka hoʻohana ʻana i nā hoʻāʻo parametric a me nā hoʻāʻo ʻole, ʻoiai ʻo ka loiloi correlation e pili ana i kēia mau ʻokoʻa i nā mea kaiapuni.