Metagenomika (NGS)

Metagenomika shotgun dengan Illumina adalah alat populer untuk mempelajari mikrobioma dengan cara mengurutkan DNA secara langsung dari sampel kompleks, memungkinkan studi tentang keanekaragaman taksonomi dan fungsional. Pipeline metagenomika (NGS) BMKCloud dimulai dengan kontrol kualitas dan perakitan metagenom, dari mana gen diprediksi dan dikelompokkan ke dalam dataset non-redundan yang dianotasi untuk fungsi dan taksonomi menggunakan beberapa basis data. Informasi ini digunakan untuk menganalisis keanekaragaman taksonomi dalam sampel (keanekaragaman alfa) dan keanekaragaman antar sampel (keanekaragaman beta). Analisis diferensial antar kelompok menemukan OTU dan fungsi biologis yang berbeda antara kedua kelompok menggunakan uji parametrik dan non-parametrik, sementara analisis korelasi menghubungkan perbedaan ini dengan faktor lingkungan.