Metagenomik (NGS)

Metagenomik shotgun dengan Illumina merupakan alat populer untuk mempelajari mikrobioma dengan mengurutkan DNA secara langsung dari sampel kompleks, yang memungkinkan studi keragaman taksonomi dan fungsional. Alur metagenomik BMKCloud (NGS) dimulai dengan kontrol kualitas dan perakitan metagenom, yang kemudian memprediksi dan mengelompokkan gen menjadi set data non-redundan yang dianotasi untuk fungsi dan taksonomi menggunakan beberapa basis data. Informasi ini digunakan untuk menganalisis keragaman taksonomi dalam sampel (keragaman alfa) dan keragaman antar sampel (keragaman beta). Analisis diferensial antar kelompok menemukan OTU dan fungsi biologis yang berbeda antara kedua kelompok menggunakan uji parametrik dan non-parametrik, sementara analisis korelasi menghubungkan perbedaan ini dengan faktor lingkungan.