Metagenomics (NGS)

Ang mga metagenomics sa shotgun nga adunay Illumina usa ka sikat nga himan alang sa pagtuon sa mga microbiome pinaagi sa direkta nga pagsunud sa DNA gikan sa mga komplikado nga sample, nga makapaarang sa pagtuon sa parehas nga pagkalainlain sa taxonomic ug functional. Ang BMKCloud metagenomic (NGS) pipeline nagsugod sa pagkontrol sa kalidad ug metagenome nga asembliya, diin ang mga gene gitagna ug gi-cluster ngadto sa mga non-redundant datasets nga gi-annotate para sa function ug taxonomy gamit ang daghang mga database. Kini nga impormasyon gigamit sa pag-analisar sa sulod-sample taxonomic diversity (alpha diversity) ug tali-sample diversity (beta diversity). Ang differential analysis tali sa mga grupo nakit-an ang mga OTU ug biolohikal nga mga gimbuhaton nga lahi tali sa duha ka grupo gamit ang parametric ug non-parametric nga mga pagsulay, samtang ang pagtuki sa correlation naglambigit niini nga mga kalainan sa mga hinungdan sa kinaiyahan.