Metagenomic Sequencing -NGS

Ang metagenome nagtumong sa usa ka koleksyon sa kinatibuk-ang genetic nga materyal sa usa ka nagkasagol nga komunidad sa mga organismo, sama sa environmental metagenome, human metagenome, ug uban pa. Naglangkob kini og mga genome sa duha nga maugmad ug dili maugmad nga mga mikroorganismo.Ang metagenomic sequencing kay usa ka molecular tool nga gigamit sa pag-analisa sa mga mixed genomic nga materyales nga gikuha gikan sa environmental samples, nga naghatag ug detalyadong impormasyon sa diversity ug kadagaya sa species, population structure, phylogenetic relationship, functional genes ug correlation network uban sa environmental factors.

Plataporma:Illumina NovaSeq6000

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga Bentaha sa Serbisyo

● Isolation ug cultivation-free para sa microbial community profiling

● Taas nga resolusyon sa pag-ila sa ubos nga kadagaya nga mga espisye sa mga sample sa kinaiyahan

● Ang ideya sa “meta-” nag-apil sa tanang biological features sa functional level, species level ug gene level, nga nagpakita sa dinamikong panglantaw nga mas duol sa realidad.

● Ang BMK nagtigom og daghang kasinatian sa lain-laing klase sa sample nga adunay kapin sa 10,000 ka sample nga naproseso.

Mga Detalye sa Serbisyo

Plataporma	Pagsunodsunod	Girekomenda nga datos	Panahon sa pag-usab
Illumina NovaSeq 6000	PE150	6 G/10 G/20 G	45 ka adlaw sa pagtrabaho

Pag-analisar sa bioinformatics

● Pagkontrol sa kalidad sa hilaw nga datos

● Metagenome nga asembliya

● Non-redundant gene set ug anotasyon

● Pagtuki sa kadaiyahan sa espisye

● Pagtuki sa pagkalain-lain sa function sa genetic

● Inter-grupo nga pagtuki

● Pagtuki sa asosasyon batok sa eksperimento nga mga hinungdan

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga Kinahanglanon:

KayMga kinuha sa DNA:

Sample Type	kantidad	Konsentrasyon	Kaputli
Mga kinuha sa DNA	＞ 100 ng	＞ 1 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample sa kinaiyahan:

Sampol nga tipo	Girekomenda nga pamaagi sa sampling
Yuta	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Ang nahabilin nga nalaya nga substansiya kinahanglan nga tangtangon gikan sa nawong;Paggaling sa dagkong mga piraso ug pag-agi sa 2 mm nga filter;Aliquot samples sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.
Mga hugaw	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.
Mga sulod sa tinai	Ang mga sample kinahanglan nga iproseso ubos sa aseptiko nga kondisyon.Hugasi ang nakolekta nga tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS ug kolektaha ang precipitant sa EP-tubes.
Lapok	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa sludge sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon
Katubigan	Alang sa sample nga adunay limitado nga gidaghanon sa microbial, sama sa tubig sa gripo, tubig sa atabay, ug uban pa, Pagkolekta ug labing menos 1 L nga tubig ug ipasa ang 0.22 μm nga salaan aron mapauswag ang microbial sa lamad.Ibutang ang lamad sa sterile nga tubo.
Panit	Pag-ayo sa pag-scrape sa panit gamit ang sterile cotton swab o surgical blade ug ibutang kini sa sterile tube.

Girekomenda nga Sample Delivery

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sulod sa 3-4 ka oras ug tipigi sa liquid nitrogen o -80 degree ngadto sa long-term reservation.Gikinahanglan ang sample nga pagpadala gamit ang dry-ice.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Sample nga paghatod

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: Metagenomic Sequencing-Nanopore

Sunod: Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)

1.Histogram: Pag-apod-apod sa mga espisye

2.Functional genes annotated sa KEGG metabolic pathways

3. Mapa sa init: Nagkalainlain nga mga gimbuhaton base sa paryente nga kadagaya sa gene4.Circos sa CARD antibiotic resistance genes

Kaso sa BMK

Prevalence sa antibiotic resistance genes ug bacterial pathogens ubay sa soil-mangrove root continuum

Gipatik:Journal of Hazardous Materials, 2021

Estratehiya sa pagkasunodsunod:

Materyal: DNA extracts sa upat ka tipik sa mangrove root related samples: unplanted soil, rhizosphere, episphere ug endosphere compartments
Plataporma: Illumina HiSeq 2500
Target: Metagenome
16S rRNA gene V3-V4 nga rehiyon

Pangunang mga resulta

Ang metagenomic sequencing ug metabarcoding profiling sa soil-root continuum sa mangrove saplings giproseso aron matun-an ang dissemination sa antibiotic resistance genes (ARGs) gikan sa yuta ngadto sa mga tanom.Ang datos sa metagenomic nagpadayag nga 91.4% sa mga gene nga resistensya sa antibiotic kasagarang giila sa tanan nga upat ka mga compartment sa yuta nga gihisgutan sa ibabaw, nga nagpakita sa usa ka padayon nga uso.Ang 16S rRNA amplicon sequencing nakamugna og 29,285 ka sequence, nga nagrepresentar sa 346 ka espisye.Ang paghiusa sa pag-profile sa mga espisye pinaagi sa amplicon sequencing, kini nga pagsabwag nakit-an nga independente sa microbiota nga adunay kalabotan sa gamut, bisan pa, mahimo kini nga mapadali pinaagi sa mobile sa mga genetic nga elemento.Kini nga pagtuon nag-ila sa pagdagayday sa mga ARG ug mga pathogens gikan sa yuta ngadto sa mga tanom pinaagi sa interconnected soil-root continuum.

Reperensya

Wang, C. , Hu, R. , Kusog, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalence sa antibiotic resistance genes ug bacterial pathogens ubay sa yuta–mangrove root continuum.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.