BMKCloud Log in
条形banner-03

Mga produkto

Metagenomic Sequencing -NGS

Ang metagenome nagtumong sa usa ka koleksyon sa kinatibuk-ang genetic nga materyal sa usa ka nagkasagol nga komunidad sa mga organismo, sama sa environmental metagenome, human metagenome, ug uban pa. Naglangkob kini og mga genome sa duha nga maugmad ug dili maugmad nga mga mikroorganismo.Ang metagenomic sequencing kay usa ka molecular tool nga gigamit sa pag-analisa sa mga mixed genomic nga materyales nga gikuha gikan sa environmental samples, nga naghatag ug detalyadong impormasyon sa diversity ug kadagaya sa species, population structure, phylogenetic relationship, functional genes ug correlation network uban sa environmental factors.

Plataporma:Plataporma sa Illumina NovaSeq


Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga Bentaha sa Serbisyo

● Isolation ug cultivation-free para sa microbial community profiling

● Taas nga resolusyon sa pag-ila sa ubos nga kadagaya nga mga espisye sa mga sample sa kinaiyahan

● Ang ideya sa "meta-" nag-apil sa tanang biological features sa functional level, species level ug gene level, nga nagpakita sa dinamikong panglantaw nga mas duol sa realidad.

● Ang BMK nagtigom og daghang kasinatian sa lain-laing klase sa sample nga adunay kapin sa 10,000 ka sample nga naproseso.

Mga Detalye sa Serbisyo

 Plataporma

Pagsunodsunod

Girekomenda nga datos

Panahon sa pag-usab

Plataporma sa Illumina NovaSeq

PE150

6 G/10 G/20 G

45 ka adlaw sa pagtrabaho

Pag-analisar sa bioinformatics

● Pagkontrol sa kalidad sa hilaw nga datos

● Metagenome nga asembliya

● Non-redundant gene set ug anotasyon

● Pagtuki sa kadaiyahan sa espisye

● Pagtuki sa diversity sa genetic function

● Inter-grupo nga pagtuki

● Pagtuki sa asosasyon batok sa eksperimento nga mga hinungdan

liuchengtu11

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga Kinahanglanon:

Alang saMga kinuha sa DNA:

Sample Type

kantidad

Konsentrasyon

Kaputli

Mga kinuha sa DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample sa kinaiyahan:

Sampol nga tipo

Girekomenda nga pamaagi sa sampling

Yuta

Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Ang nahabilin nga nalaya nga substansiya kinahanglan nga tangtangon gikan sa nawong;Paggaling sa dagkong mga piraso ug pag-agi sa 2 mm nga filter;Aliquot samples sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.

Mga hugaw

Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.

Mga sulod sa tinai

Ang mga sample kinahanglan nga iproseso ubos sa aseptiko nga kondisyon.Hugasi ang nakolekta nga tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS ug kolektaha ang precipitant sa EP-tubes.

Lapok

Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa sludge sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon

Katubigan

Alang sa sample nga adunay limitado nga gidaghanon sa microbial, sama sa tubig sa gripo, tubig sa atabay, ug uban pa, Pagkolekta ug labing menos 1 L nga tubig ug ipasa ang 0.22 μm nga salaan aron mapauswag ang microbial sa lamad.Ibutang ang lamad sa sterile nga tubo.

Panit

Pag-ayo sa pag-scrape sa panit gamit ang sterile cotton swab o surgical blade ug ibutang kini sa sterile tube.

Girekomenda nga Sample Delivery

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sulod sa 3-4 ka oras ug tipigi sa liquid nitrogen o -80 degree ngadto sa long-term reservation.Gikinahanglan ang sample nga pagpadala gamit ang dry-ice.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

sample delivery

Sample nga paghatod

Pagpangandam sa Library

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

Pagtuki sa datos

Human sa pagbaligya Serbisyo

After-sale nga serbisyo


  • Kaniadto:
  • Sunod:

  • 1.Histogram: Pag-apod-apod sa mga espisye

    3

    2.Functional genes annotated sa KEGG metabolic pathways

    4

    3. Mapa sa init: Nagkalainlain nga mga gimbuhaton base sa paryente nga kadagaya sa gene54.Circos sa CARD antibiotic resistance genes

    6

    Kaso sa BMK

    Prevalence sa antibiotic resistance genes ug bacterial pathogens ubay sa soil-mangrove root continuum

    Gipatik:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Estratehiya sa pagkasunodsunod:

    Materyal: DNA extracts sa upat ka tipik sa mangrove root related samples: unplanted soil, rhizosphere, episphere ug endosphere compartments
    Plataporma: Illumina HiSeq 2500
    Target: Metagenome
    16S rRNA gene V3-V4 nga rehiyon

    Pangunang mga resulta

    Ang metagenomic sequencing ug metabarcoding profiling sa soil-root continuum sa mangrove saplings giproseso aron matun-an ang dissemination sa antibiotic resistance genes (ARGs) gikan sa yuta ngadto sa mga tanom.Ang datos sa metagenomic nagpadayag nga 91.4% sa mga gene nga resistensya sa antibiotic kasagarang giila sa tanan nga upat ka mga compartment sa yuta nga gihisgutan sa ibabaw, nga nagpakita sa usa ka padayon nga uso.Ang 16S rRNA amplicon sequencing nakamugna og 29,285 ka sequence, nga nagrepresentar sa 346 ka espisye.Ang paghiusa sa pag-profile sa mga espisye pinaagi sa amplicon sequencing, kini nga pagsabwag nakit-an nga independente sa microbiota nga adunay kalabotan sa gamut, bisan pa, mahimo kini nga mapadali pinaagi sa mobile sa mga genetic nga elemento.Kini nga pagtuon nag-ila sa pagdagayday sa mga ARG ug mga pathogens gikan sa yuta ngadto sa mga tanom pinaagi sa interconnected soil-root continuum.

    Reperensya

    Wang, C. , Hu, R. , Kusog, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalence sa antibiotic resistance genes ug bacterial pathogens ubay sa yuta–mangrove root continuum.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    pagkuha sa usa ka kinutlo

    Isulat ang imong mensahe dinhi ug ipadala kini kanamo

    Ipadala ang imong mensahe kanamo: