Pagkasunod-sunod sa Metagenomic -NGS
Ang metagenome usa ka koleksyon sa kinatibuk-ang genetic material sa usa ka sinagol nga komunidad sa mga organismo, sama sa environmental ug human metagenomes. Kini adunay mga genome sa parehong cultivatable ug uncultivatable microorganisms. Ang shotgun metagenomic sequencing gamit ang NGS nagtugot sa pagtuon niining mga komplikado nga genomic landscapes nga nasulod sa mga environmental sample pinaagi sa paghatag og labaw pa sa taxonomic profiling, nga naghatag usab og granular nga mga panabut sa diversity sa mga species, abundance dynamics, ug complex population structures. Gawas sa taxonomic studies, ang shotgun metagenomics nagtanyag usab og functional genomics perspective, nga nagtugot sa eksplorasyon sa mga encoded genes ug sa ilang putative roles sa ecological processes. Sa katapusan, ang pagtukod og correlation networks tali sa genetic elements ug environmental factors nakatampo sa usa ka holistic nga pagsabot sa komplikado nga interplay tali sa microbial communitys ug sa ilang ecological background. Sa konklusyon, ang metagenomic sequencing nagbarog isip usa ka importante nga instrumento alang sa pag-unravel sa genomic intricacies sa lain-laing microbial communitys, nga nagdan-ag sa multifaceted nga relasyon tali sa genetics ug ecology sulod niining complex ecosystems.
Mga Plataporma: Illumina NovaSeq ug DNBSEQ-T7
Mga Bentaha sa Serbisyo
●Pamaagi sa Pag-inusara ug Pag-ugmad nga Walay Pagtanom para sa Microbial Community Profiling: Pagpahimo sa pag-sunod-sunod sa henetikong materyal gikan sa mga organismo nga dili matanom.
●Taas nga Resolusyon: Pag-detect sa mga espisye nga ubos ang kadagaya sa mga sampol sa palibot.
●Komprehensibo nga Pag-analisar sa Bioinformatics:Nagpunting dili lamang sa taxonomic diversity apan lakip usab sa functional diversity sa komunidad.
●Halapad nga Kasinatian:Uban sa rekord sa malampusong pagsira sa daghang mga proyekto sa metagenomics sa lainlaing mga natad sa panukiduki ug pagproseso sa kapin sa 200,000 nga mga sample, ang among team nagdala ug daghang kasinatian sa matag proyekto.
Mga Espisipikasyon sa Serbisyo
| Plataporma sa pag-sunod-sunod | Estratehiya sa Pagsunod-sunod | Girekomendar nga datos | Pagkontrol sa kalidad |
| Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Mga Kinahanglanon sa Serbisyo
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kinatibuk-ang kantidad (ng) | Gidaghanon (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Yuta/lapok: 2-3g
● Timbang sa tinai - hayop: 0.5-2g
● Mga sulod sa tinai-insekto: 0.1-0.25g
● Ibabaw sa tanom (gipadato nga lapok): 0.5-1g
● Latak nga gipadato sa sabaw sa fermentation): 0.2-0.5g
● Tae (dagkong mga hayop): 0.5-2g
● Tae (ilaga): 3-5 ka lugas
● Pulmonary alveolar lavage fluid: filter paper
● Vaginal swab: 5-6 ka swab
● Panit/kinatawo/laway/humok nga tisyu sa baba/pharyngeal swab/rectal swab: 2-3 ka swab
● Mikroorganismo sa ibabaw: 5-6 ka pamunas
● Tubig/hangin/biofilm: papel nga pangsala
● Mga Endophyte: 2-3g
● Plak sa Ngipin: 0.5-1g
Dagayday sa Trabaho sa Serbisyo
Paghatud sa sampol
Pagtukod og librarya
Pagkasunod-sunod
Pag-analisar sa datos
Mga serbisyo human sa pagbaligya
Naglakip sa mosunod nga pag-analisar:
● Pagkontrol sa kalidad sa datos sa pagkasunod-sunod
● Pag-assemble sa metagenome ug pagtagna sa gene
● Anotasyon sa gene
● Pag-analisar sa diversity sa taxonomic alpha
● Pag-analisa sa gimbuhaton sa komunidad: biyolohikal nga gimbuhaton, metabolismo, resistensya sa antibiotic
● Pagtuki sa parehong functional ug taxonomic diversity:
Pag-analisar sa pagkalainlain sa beta
Pag-analisar sa taliwala sa mga grupo
Pag-analisa sa korelasyon: tali sa mga hinungdan sa palibot ug sa komposisyon ug pagkalainlain sa OUT
Pag-analisa sa gimbuhaton: CARD antibiotic resistance
Lahi nga pag-analisa sa mga agianan sa metabolismo sa KEGG: heatmap sa mga hinungdanon nga agianan
Alpha diversity sa taxonomic distribution: ACE index
Beta nga pagkalainlain sa taxonomic distribution: PCoA
Susiha ang mga pag-uswag nga gipadali sa mga serbisyo sa metagenome sequencing sa BMKGene uban sa Illumina pinaagi sa usa ka gipili nga koleksyon sa mga publikasyon.
Hai, Q. et al. (2023) 'Pag-analisar sa metagenomic ug metabolomic sa mga pagbag-o sa sulod sa tinai sa rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) nga nataptan sa makatakod nga hematopoietic necrosis virus sa lainlaing temperatura sa tubig sa kultura',Mga Utlanan sa Mikrobiyolohiya, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mga komunidad sa mikrobyo, mga gene sa resistensya, ug mga risgo sa resistensya sa mga lanaw sa kasyudaran sa lainlaing mga estado sa trophic: Mga sumpay sa sulod ug mga impluwensya sa gawas',Journal sa mga Pag-uswag sa Delikado nga mga Materyales, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Ang Metagenomic Analysis Nagpadayag sa mga Kalainan sa Komposisyon ug Function Tali sa Liquid-Associated ug Solid-Associated Microorganisms sa Rumen sa Karnero',Mga Utlanan sa Mikrobiyolohiya, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Ang tambok nga Ningxiang nga microbiota nga gikan sa baboy nagbag-o sa metabolismo sa carnitine aron mapalambo ang pagdeposito sa fatty acid sa kaunuran sa maniwang nga mga baboy nga DLY',Ang Inobasyon, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Mga panabut sa metagenomic sa potensyal nga mga risgo sa representante nga bio/dili madunot nga plastik ug dili plastik nga mga basura sa ibabaw ug ubos nga bahin sa Haihe Estuary, China',Siyensya sa Kinatibuk-ang Kalikopan, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
