Taas nga non-coding sequencing-Illumina
Mga Bentaha sa Serbisyo
● Mga Bentaha sa Serbisyo
● Espesipiko sa selula ug tisyu
● Ang piho nga yugto nagpahayag ug nagpresentar sa dinamikong pagbag-o sa ekspresyon
● Tukma nga mga sumbanan sa ekspresyon sa oras ug luna
● hiniusang pagtuki uban sa mRNA data.
● Paghatud sa resulta nga gibase sa BMKCloud: Ang customized data-mining anaa sa plataporma.
● After-sale nga mga serbisyo balido sulod sa 3 ka bulan human sa proyekto
Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud
| Library | Plataporma | Girekomenda nga datos | Data QC |
| pagkunhod sa rRNA | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | Gidaghanon (μg) | Kaputli | Integridad |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel. | Para sa mga tanom: RIN≥6.5; Para sa mga mananap: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walay baseline elevation |
Nucleotides:
Tissue: Timbang(uga): ≥1 g
*Para sa tissue nga mas gamay sa 5 mg, among girekomenda nga magpadala ug flash frozen(sa liquid nitrogen) tissue sample.
Pagsuspinde sa selula: Ihap sa selula = 3×107
* Girekomenda namon nga ipadala ang frozen cell lysate.Sa kaso nga ang cell nag-ihap nga mas gamay sa 5 × 105, girekomendar ang flash frozen sa liquid nitrogen.
Mga sample sa dugo:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ug 2mL nga dugo(TRIzol:Dugo=3:1)
Girekomenda nga Sample Delivery
Kontainer: 2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...
pagpadala:
1.Dry-ice: Ang mga sample kinahanglan nga ibutang sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
2.RNAstable tubes: RNA samples mahimong mamala sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) ug ipadala sa lawak temperatura.
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Eksperimento nga disenyo
Sample nga paghatod
Pagkuha sa RNA
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
After-sale nga serbisyo
Bioinformatics
1. Klasipikasyon sa LncRNA
Ang LncRNA nga gitagna sa upat ka mga software sa ibabaw giklasipikar sa 4 nga mga kategorya: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;pagbati-LncRNA.Ang klasipikasyon sa LncRNA gipakita sa histogram sa ubos.
Klasipikasyon sa LncRNA
2.Cis-target nga mga gene sa DE-lncRNA enrichment analysis
Ang ClusterProfiler gigamit sa pagtuki sa pagpaayo sa GO sa mga cis-target nga mga gene sa lahi nga gipahayag nga lncRNA (DE-lncRNA), sa mga termino sa mga proseso sa biological, mga gimbuhaton sa molekula ug mga sangkap sa cellular.Ang pag-analisa sa pagpaayo sa GO usa ka proseso aron mahibal-an ang gidirekta sa DEG nga hinungdanon nga gipauswag ang mga termino sa GO kung itandi sa tibuuk nga genome.Ang gipadato nga mga termino gipresentar sa histogram, bubble chart, ug uban pa ingon sa gipakita sa ubos.
Cis-target nga mga gene sa DE-lncRNA enrichment analysis -Bubble chart
3. Pinaagi sa pagtandi sa gitas-on, numero sa exon, ORF ug gidaghanon sa ekspresyon sa mRNA ug lncRNA, masabtan nato ang mga kalainan sa estraktura, han-ay ug uban pa tali kanila, ug masusi usab kung ang nobela nga lncRNA nga gitagna nato nahiuyon sa kinatibuk-ang mga kinaiya.
Kaso sa BMK
Deregulated lncRNA expression profile sa mouse lung adenocarcinomas nga adunay KRAS-G12D mutation ug P53 knockout
Gipatik:Journal sa Cellular ug Molecular Medicine,2019
Estratehiya sa pagkasunodsunod
Illumina
Pagkolekta sa sample
Ang NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) nga mga selula ug negatibo nga kontrol (sh-Scr) nga mga selula nakuha sa adlaw nga 6 sa usa ka piho nga impeksyon sa viral.
Pangunang mga resulta
Kini nga pagtuon nag-imbestigar sa aberrantly expressed lncRNAs sa mouse lung adenocarcinoma nga adunay P53 knockout ug ang KrasG12D mutation.
Ang 1.6424 lncRNAs lahi nga gipahayag (≥ 2-pilo nga pagbag-o, P <0.05).
2. Taliwala sa tanan nga 210 lncRNAs(FC≥8), 11 lncRNAs 'ekspresyon gi-regulate sa P53, 33 lncRNAs sa KRAS ug 13 lncRNAs pinaagi sa hypoxia sa nag-unang KP mga selula, sa tinagsa.
3.NONMMUT015812, nga talagsaon nga na-regulate sa mouse lung adenocarcinoma ug negatibo nga gi-regulate sa P53 re-expression, nakit-an aron analisahon ang cellular function niini.
4.Knockdown sa NONMMUT015812 sa shRNAs mikunhod proliferation ug paglalin abilidad sa KP cells.Ang NONMMUT015812 usa ka potensyal nga oncogene.
 KEGG pathway analysis sa differentially expressed genes sa NONMMUT015812-knockdown KP cells |  Ang pag-analisar sa Gene Ontology sa mga lahi nga gipahayag nga mga gene sa NONMMUT015812-knockdown KP cells |
Reperensya
Deregulated lncRNA expression profile sa mouse lung adenocarcinomas nga adunay KRAS-G12D mutation ug P53 knockout [J].Journal sa Cellular ug Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
