-
Pag-analisar sa Tibuok Genome nga Asosasyon
Ang tumong sa Genome-Wide Association Studies (GWAS) mao ang pag-ila sa mga genetic variant (genotype) nga nalambigit sa piho nga mga kinaiya (phenotype). Pinaagi sa pagsusi sa mga genetic marker sa tibuok genome sa daghang mga indibidwal, ang GWAS nag-extrapolate sa mga asosasyon sa genotype-phenotype pinaagi sa mga statistical analyses sa lebel sa populasyon. Kini nga pamaagi nakakaplag ug halapad nga aplikasyon sa pagpanukiduki sa mga sakit sa tawo ug pagsuhid sa mga functional gene nga may kalabutan sa komplikado nga mga kinaiya sa mga hayop o tanom.
Sa BMKGENE, nagtanyag kami og duha ka paagi sa pagpahigayon og GWAS sa dagkong populasyon: paggamit sa Whole-Genome Sequencing (WGS) o pagpili og pamaagi sa reduced representation genome sequencing, ang in-house-developed Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Samtang ang WGS angay sa gagmay nga mga genome, ang SLAF mitumaw isip usa ka cost-effective nga alternatibo alang sa pagtuon sa dagkong mga populasyon nga adunay mas taas nga genome, nga epektibong nagpamenos sa gasto sa sequencing, samtang naggarantiya sa taas nga efficiency sa pagdiskubre sa genetic marker.
-
Pagkasunod-sunod sa Tibuok Genome sa Tanom/Hayop
Ang Whole Genome Sequencing (WGS) usa ka teknik nga gigamit aron mahibal-an ang tibuok nga han-ay sa DNA sa genome sa usa ka organismo sa usa ka higayon.
Kasagaran, ang serbisyo gibahin sa duha ka lain-laing grupo depende sa paglungtad sa usa ka reference genome:
- Bag-o papag-sunod-sunod sa tibuok genome.Niini nga sitwasyon, ang genome nga i-sequence walay magamit nga reference genome, ug tungod niana, ang tumong niini nga sequencing mao ang pagmugna niini (o pagpaayo sa kasamtangan). Kini nga teknik kinahanglan nga mogamit sa datos sa Illumina ug long-read sequencing aron mapauswag ang genome assembly pinaagi sa paghimo og overlap tali sa mga reads.
- Pagsunod-sunod pag-usab.Kini nagtumong sa tibuok genome sequencing sa lain-laing mga indibidwal sa mga espisye nga adunay nailhan nga reference genomes. Base niini, ang mga kalainan sa genomic sa mga indibidwal o populasyon mahimong mailhan pa.
-
Ebolusyonaryong Henetika
Ang Evolutionary Genetics usa ka komprehensibo nga serbisyo sa pag-sequencing nga gidisenyo aron magtanyag usa ka makahuluganon nga interpretasyon sa ebolusyon sulod sa usa ka dako nga grupo sa mga indibidwal, base sa mga genetic variation, lakip ang mga SNP, InDel, SV, ug CNV. Kini nga serbisyo naglangkob sa tanan nga hinungdanon nga mga pag-analisa nga gikinahanglan aron maklaro ang mga pagbag-o sa ebolusyon ug mga kinaiya sa henetiko sa mga populasyon, lakip ang mga pagtimbang-timbang sa istruktura sa populasyon, genetic diversity, ug mga relasyon sa phylogenetic. Dugang pa, kini nagsusi sa mga pagtuon sa pag-agos sa gene, nga nagtugot sa mga pagbanabana sa epektibo nga gidak-on sa populasyon ug oras sa divergence. Ang mga pagtuon sa evolutionary genetics naghatag ug bililhong mga panabut sa mga gigikanan ug mga adaptasyon sa mga espisye.
Sa BMKGENE, nagtanyag kami og duha ka paagi sa pagpahigayon og mga pagtuon sa ebolusyonaryong henetika sa dagkong populasyon: paggamit sa whole-genome sequencing (WGS) o pagpili og pamaagi sa reduced representation genome sequencing, ang in-house-developed Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Samtang ang WGS angay sa gagmay nga mga genome, ang SLAF mitumaw isip usa ka barato nga alternatibo alang sa pagtuon sa mas dagkong mga populasyon nga adunay mas taas nga genome, nga epektibong nagpamenos sa gasto sa sequencing.
-
Pagkumpara sa Henomika
Ang comparative genomics naglambigit sa pagsusi ug pagtandi sa tibuok genome sequences ug istruktura taliwala sa lain-laing mga espisye. Kini nga natad nagtumong sa pagbutyag sa ebolusyon sa mga espisye, pag-decode sa mga gimbuhaton sa gene, ug pagpatin-aw sa mga mekanismo sa regulasyon sa henetiko pinaagi sa pag-ila sa gikonserba o divergent sequence structures ug elemento sa lain-laing mga organismo. Ang usa ka komprehensibo nga pagtuon sa comparative genomics naglangkob sa mga pag-analisar sama sa mga pamilya sa gene, ebolusyonaryong kalamboan, mga panghitabo sa pagdoble sa tibuok genome, ug ang epekto sa selective pressures.
-
Asembliya sa Genome nga Gibase sa Hi-C
Ang Hi-C usa ka pamaagi nga gidisenyo aron makuha ang chromosome configuration pinaagi sa paghiusa sa probing proximity-based interactions ug high-throughput sequencing. Ang intensity niining mga interaction gituohan nga negatibo nga may kalabutan sa physical distance sa mga chromosome. Busa, ang Hi-C data gigamit aron magiyahan ang clustering, ordering, ug orienting sa assembled sequences sa usa ka draft genome ug pag-angkla niini ngadto sa usa ka piho nga gidaghanon sa mga chromosome. Kini nga teknolohiya naghatag gahum sa chromosome-level genome assembly nga walay population-based genetic map. Ang matag genome nagkinahanglan og Hi-C.
-
Pagsunud-sunod sa Genome sa Tanum/Animal De Novo
De NovoAng sequencing nagtumong sa pagtukod sa tibuok genome sa usa ka espisye gamit ang mga teknolohiya sa sequencing nga walay reference genome. Ang pagpaila ug kaylap nga pagsagop sa third-generation sequencing, nga adunay mas taas nga reads, nakapauswag pag-ayo sa genome assembly pinaagi sa pagdugang sa overlap tali sa mga reads. Kini nga pagpaayo labi na nga may kalabutan kung nag-atubang sa mahagiton nga mga genome, sama sa mga nagpakita sa taas nga heterozygosity, taas nga ratio sa balik-balik nga mga rehiyon, polyploid, ug mga rehiyon nga adunay balik-balik nga mga elemento, abnormal nga mga sulod sa GC, o taas nga pagkakomplikado nga kasagaran dili maayo nga gi-assemble gamit ang mubo nga read sequencing lamang.
Ang among one-stop solution naghatag og integrated sequencing services ug bioinformatic analysis nga naghatag og taas nga kalidad nga de novo assembled genome. Ang inisyal nga genome survey uban sa Illumina naghatag og mga banabana sa gidak-on ug pagkakomplikado sa genome, ug kini nga impormasyon gigamit aron magiyahan ang sunod nga lakang sa long-read sequencing gamit ang PacBio HiFi, gisundan sabag-o papag-assemble sa mga contig. Ang sunod nga paggamit sa HiC assembly makapahimo sa pag-angkla sa mga contig sa genome, nga makakuha og chromosome-level assembly. Sa katapusan, ang genome gi-annotate pinaagi sa gene prediction ug pinaagi sa sequencing sa expressed genes, nga midangop sa mga transcriptome nga adunay mubo ug taas nga reads.
-
Pagkasunod-sunod sa Tibuok nga Exome sa Tawo
Ang Human Whole exome sequencing (hWES) kay kaylap nga giila nga usa ka epektibo sa gasto ug gamhanan nga pamaagi sa pag-sequencing para sa pag-ila sa mga mutasyon nga hinungdan sa sakit. Bisan pa nga kini naglangkob lamang sa mga 1.7% sa tibuok genome, ang mga exon adunay hinungdanon nga papel pinaagi sa direktang pagpakita sa profile sa kinatibuk-ang mga gimbuhaton sa protina. Talalupangdon nga sa genome sa tawo, kapin sa 85% sa mga mutasyon nga may kalabotan sa mga sakit makita sulod sa mga rehiyon sa pag-coding sa protina. Ang BMKGENE nagtanyag usa ka komprehensibo ug flexible nga serbisyo sa human whole exome sequencing nga adunay duha ka lainlaing mga estratehiya sa pagkuha sa exon nga magamit aron matuman ang lainlaing mga katuyoan sa panukiduki.
-
Pagkasunod-sunod sa Pinakusog nga Tipik sa Espisipiko nga Lokus (SLAF-Seq)
Kini nga pamaagi nga gipalambo nga independente sa BMKGene, mahimong klasipikahon sulod sa reduced representation genome sequencing. Gi-optimize niini ang restriction enzyme set para sa matag proyekto. Gisiguro niini ang pagmugna og daghang SLAF tags (400-500 bps nga mga rehiyon sa genome nga gi-sequence) nga parehas nga giapod-apod sa tibuok genome samtang epektibo nga naglikay sa balik-balik nga mga rehiyon, sa ingon nagsiguro sa labing maayo nga pagdiskobre sa genetic marker.
Kini naghatag ug paspas nga genotyping ug nagtakda sa basehan alang sa functional gene discovery o evolutionary analysis nga nagpamenos sa gasto kada sample samtang gipadayon ang kahusayan sa genetic marker discovery. Nakab-ot kini sa RRGS pinaagi sa pagtunaw sa DNA gamit ang mga restriction enzyme ug pag-focus sa usa ka piho nga fragment size range, sa ingon nag-sequence lamang sa usa ka bahin sa genome. Taliwala sa lainlaing mga pamaagi sa RRGS, ang Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) usa ka mapasibo ug taas nga kalidad nga pamaagi.
