Pag-log in sa BMKCloud
1

mRNA-seq (NGS) nga adunay reperensya nga genome

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) nga adunay reperensya nga genome

Ang RNA-seq usa ka standard nga himan sa tibuok kinabuhi ug siyensya sa tanom, nga nagsumpay sa kal-ang tali sa mga genome ug mga proteome. Ang kusog niini anaa sa pagdiskubre sa bag-ong mga transcript ug pag-ihap sa ilang ekspresyon sa usa ka assay. Kini kaylap nga gigamit alang sa mga comparative transcriptomic studies, nga naghatag kahayag sa mga gene nga may kalabutan sa lainlaing mga kinaiya o phenotype, sama sa pagtandi sa mga mutant sa mga wild-type o pagpadayag sa ekspresyon sa gene ubos sa piho nga mga kondisyon. Ang BMKCloud mRNA (Reference) APP naghiusa sa expression quantification, differential expression analysis (DEG), ug sequence structure analyses ngadto sa mRNA-seq (NGS) bioinformatics pipeline ug naghiusa sa mga kusog sa susamang software, nga nagsiguro sa kasayon ​​ug user-friendly. Mahimong i-upload sa mga tiggamit ang ilang RNA-seq data ngadto sa cloud, diin ang App nagtanyag og komprehensibo, one-stop bioinformatic analysis solution. Dugang pa, gi-prioritize niini ang kasinatian sa kustomer, nga nagtanyag og personalized nga mga operasyon nga gipahaum sa piho nga mga panginahanglan sa mga tiggamit. Ang mga tiggamit mahimong magtakda og mga parameter ug magsumite sa pipeline mission sa ilang kaugalingon, susihon ang interactive report, tan-awon ang data/diagrams ug kompletohon ang data mining, sama sa: target gene selection, functional clustering, diagramming, ug uban pa.

Mga resulta sa demo
Pagmina sa datos
Kinahanglanon sa pag-import
Pangunang pagtuki
Reperensya
Mga resulta sa demo

Pagmina sa datos

Kinahanglanon sa pag-import

Plataporma:Illumina, MGI
Estratehiya:RNA-Seq
Layout: Giparied, limpyo nga datos.
Tipo sa librarya:fr-unstranded, fr-firststrand o fr-secondstrand
Gitas-on sa pagbasa:150 bp
Tipo sa payl:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. Ang sistema mohimoawtomatikong ipares ang .fastq nga mga file sumala sa ilang mga ngalan sa file,pananglitan *_1.fastq gipares sa *._2.fastq.
Gidaghanon sa mga sampol:Walay mga restriksyon sa gidaghanonsa mga sampol, apan ang oras sa pag-analisar modaghan samtang ang gidaghanon samotubo ang mga sample.
Girekomendar nga Kantidad sa Datos:6G matag sampol

Pangunang pagtuki
Ang pangunang pag-analisar ug mga himan sa bioinformatic sa mRNA-seq (Reperensya)ang tubo mao ang mosunod:
1. Pagkontrol sa Kalidad sa Rawdata:
•Pagtangtang sa mga ubos nga kalidad nga mga han-ay, mga han-ay sa adaptor,ug uban pa;
•Mga Himan: in-house nga naugmad nga pipeline;
2. Pag-align sa datos ngadto sa usa ka reperensya nga genome:
•Pag-align sa mga nabasa gamit ang splice-aware algorithm batok sareperensya nga genome
•Mga Himan:HISAT2, samtools
3. Pag-analisar sa kalidad sa librarya:
•Isal-ot ang pag-analisar sa gitas-on, pag-analisar sa saturation sa han-ay, ug uban pa;
•Mga Himan:samtools;
4. Pag-analisar sa istruktura sa han-ay:
•Alternatibong pag-analisar sa splicing, pag-optimize sa istruktura sa gene,bag-ong panagna sa gene, ug uban pa;
•Mga Himan:Tie, gffcompare, GATK,DIAMANTE, InterProScan, ugHMMER.
5. Pag-analisar sa kalainan sa ekspresyon:
•Pag-screen sa DEG, pag-analisar sa kaubang relasyon, gimbuhatonpagpayaman;
Nagkalain-laing resulta sa biswalisasyon;
Ruban saSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Reperensya
1. Kim, Daehwan et al. “Pag-align sa genome nga gibase sa graph ugpag-genotyping gamit ang HISAT2 ug HISAT-genotype.”KinaiyahanBioteknolohiya37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. “Ang Himan sa Pag-analisar sa Genome: usa kaBalangkas sa MapReduce para sa pag-analisar sa sunod nga henerasyon sa DNApag-sunod-sunod sa datos.”Panukiduki sa genome20 9 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. “Ang Sequence Alignment/Map format ugSAMtools.”Bioinformatics25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. "Ang StringTie makapaayorekonstruksyon sa usa ka transcriptome gikan sa mga pagbasa sa RNA-seq.”KinaiyahanBioteknolohiya33 (2015): 290-295.
5. Love, Michael I. et al. “Gi-moderate nga banabana sa pagbag-o sa pilo ugpagkatibulaag para sa datos sa RNA-seq gamit ang DESeq2.”GenomeBiyolohiya15 (2014): n. pag.
6. Eddy, Sean R.. “Gipaspas nga Pagpangita sa HMM sa Profile.”PLoS Biyolohiya sa Komputasyon7 (2011): n. pag.

pagkuha og kwotasyon

Isulat ang imong mensahe dinhi ug ipadala kini kanamo

Ipadala ang imong mensahe kanamo: