Mga produkto

Ebolusyonaryong Genetika

Ang ebolusyonaryong genetics kay usa ka packed sequencing service nga gidisenyo para sa paghatag ug komprehensibong interpretasyon sa ebolusyonaryong impormasyon sa gihatag nga mga materyales base sa genetic variation, lakip na ang mga SNP, InDels, SVs ug CNVs.Naghatag kini sa tanan nga sukaranan nga pagtuki nga gikinahanglan alang sa paghulagway sa mga pagbag-o sa ebolusyon ug mga genetic nga bahin sa mga populasyon, sama sa istruktura sa populasyon, pagkalainlain sa genetic, relasyon sa phylogeny, ug uban pa. Naglangkob usab kini mga pagtuon sa dagan sa gene, nga naghatag gahum sa pagbanabana sa epektibo nga gidak-on sa populasyon, oras sa pagkalainlain.

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga Bentaha sa Serbisyo

Takagi et al.,Ang journal sa tanom, 2013

● Pagbanabana sa panahon ug katulin sa pagkalainlain sa mga espisye base sa mga kausaban sa lebel sa nucleotide ug amino acid
● Pagpadayag sa mas kasaligan nga phylogenetic nga relasyon tali sa mga espisye nga adunay gamay nga impluwensya sa convergent evolution ug parallel evolution
● Paghimo ug mga sumpay tali sa genetic nga mga kausaban ug phenotypes aron madiskobrehan ang mga gene nga may kalabotan sa kinaiya
● Pagbanabana sa genetic diversity, nga nagpakita sa ebolusyonaryong potensyal sa mga espisye
● Mas paspas nga oras sa turnaround
● Lapad nga kasinatian: Ang BMK nakatigom og daghang kasinatian sa populasyon ug mga proyekto nga may kalabutan sa ebolusyon sulod sa kapin sa 12 ka tuig, nga naglangkob sa gatusan ka mga espisye, ug uban pa ug nakatampo sa kapin sa 80 ka taas nga lebel nga mga proyekto nga gipatik sa Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ug uban pa.

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga materyales:

Kasagaran, labing menos tulo ka sub-populasyon (eg subspecies o strain) girekomendar.Ang matag sub-populasyon kinahanglan nga adunay dili moubos sa 10 ka indibidwal (Mga Tanum ＞15, mahimong mapakunhod alang sa talagsaon nga mga espisye).

Estratehiya sa pagkasunodsunod:

* Ang WGS mahimong magamit alang sa mga espisye nga adunay taas nga kalidad nga reference genome, samtang ang SLAF-Seq magamit sa mga espisye nga adunay o wala usa ka reference genome, o reference genome nga dili maayo ang kalidad.

Magamit sa gidak-on sa genome	WGS	SLAF-Tag (×10,000)
≤ 500 Mb	10×/indibidwal	Ang WGS mas girekomenda
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Pag-analisar sa bioinformatics

● Pagtuki sa ebolusyon

● Pinili nga pagsilhig

● Agos sa gene

● Kasaysayan sa demograpiko

● Panahon sa pagkalainlain

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga Kinahanglanon:

Mga espisye	Tissue	WGS-NGS	SLAF
Hayop	Visceral nga tisyu	0.5~1g	0.5g
	Kaunuran tissue
	Dugo sa mammal	1.5mL	1.5mL
	Dugo sa manok/isda
Tanum	Lab-as nga Dahon	1~2g	0.5~1g
	Petal/Stem
	Gamut/Liso
Mga selula	Kultura nga selula

gDNA

Konsentrasyon
(ng/ul)

kantidad

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Eksperimento nga disenyo

Sample nga paghatod

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: Bulked Segregant nga pagtuki

Sunod: Metabolomics

*Ang mga resulta sa demo nga gipakita dinhi tanan gikan sa mga genome nga gipatik sa BMKGENE

1. Ang pagtuki sa ebolusyon naglangkob sa pagtukod sa phylogenetic tree, istruktura sa populasyon ug PCA base sa genetic variation.

Ang phylogenetic nga kahoy nagrepresentar sa taxonomic ug ebolusyonaryong relasyon sa mga espisye nga adunay komon nga katigulangan.
Ang PCA nagtumong sa paghanduraw sa pagkasuod tali sa mga sub-populasyon.
Ang istruktura sa populasyon nagpakita sa presensya sa genetically lahi nga sub-populasyon sa termino sa allele frequency.

3-1Phylogenetic-kahoy 3-2PCA 3-3Istruktura sa populasyon

Chen, ug.al.,PNAS, 2020

2. Pinili nga pagsilhig

Selective sweep nagtumong sa usa ka proseso diin ang usa ka mapuslanon nga site gipili ug ang mga frequency sa nalambigit nga neutral nga mga site gipadaghan ug kadtong sa wala ma-link nga mga site gipakunhod, nga miresulta sa pagkunhod sa rehiyon.

Ang genome-wide detection sa selective sweep nga mga rehiyon giproseso pinaagi sa pagkuwenta sa population genetic index（π，Fst, Tajima's D) sa tanang SNP sulod sa sliding window (100 Kb) sa piho nga lakang (10 Kb).

Pagkalainlain sa nucleotide(π)
4 Nucleotide-diversity(π)

Tajima ni D
5 Tajima's-D

Index sa pag-ayo (Fst)

6Fixation-index(Fst)

Wu, ug.al.,Molekular nga Tanum, 2018

3.Pag-agos sa Gene

7 Gene-flow

Wu, ug.al.,Molekular nga Tanum, 2018

4. Demograpiko nga kasaysayan

8Demograpikong-kasaysayan

Zhang, ug.al.,Ekolohiya ug Ebolusyon sa Kinaiyahan, 2021

5. Divergence nga panahon

9 Divergence-time

Zhang, ug.al.,Ekolohiya ug Ebolusyon sa Kinaiyahan, 2021

Kaso sa BMK

Ang usa ka genomic variation map naghatag og mga panabut sa genetic nga basehan sa Spring Chinese Cabbage(Brassica rapa ssp. Pekinensis) nga pagpili

Gipatik: Molekular nga Tanum, 2018

Estratehiya sa pagkasunodsunod:

Resequencing: pagkasunod-sunod giladmon: 10 ×

Pangunang mga resulta

Niini nga pagtuon, 194 ka Chinese cabbages ang giproseso alang sa re-sequencing nga adunay average nga giladmon nga 10 ×, nga miresulta sa 1,208,499 SNPs ug 416,070 InDels.Ang phylogenetic analysis niining 194 ka linya nagpakita nga kini nga mga linya mahimong bahinon sa tulo ka ecotypes, spring, summer ug autumn.Dugang pa, ang istruktura sa populasyon ug pagtuki sa PCA nagpakita nga ang spring Chinese cabbage naggikan sa usa ka autumn cabbage sa Shandong, China.Pagkahuman gipaila-ila kini sa Korea ug Japan, gitabok sa mga lokal nga linya ug pipila ka mga lahi nga late-bolting niini gipaila-ila balik sa China ug sa katapusan nahimo nga Spring Chinese cabbage.

Ang genome-wide scanning sa spring Chinese cabbages ug autumn cabbages sa pagpili nagpadayag sa 23 ka genomic loci nga miagi sa kusog nga pagpili, ang duha niini gisapawan sa bolting-time controlling region base sa QTL-mapping.Kining duha ka mga rehiyon nakit-an nga adunay mahinungdanong mga gene nga nag-regulate sa pagpamulak, BrVIN3.1 ug BrFLC1.Kining duha ka mga gene dugang nga gipamatud-an nga nalambigit sa bolting time pinaagi sa transcriptome study ug transgenic nga mga eksperimento.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Pag-analisar sa istruktura sa populasyon sa Chinese cabbage

Genetic nga impormasyon sa pagpili sa Chinese cabbage

Reperensya

Tongbing, et al."Usa ka Genomic Variation Map Naghatag og mga Insight sa Genetic Basis sa Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp.pekinensis) Selection."Molekular nga mga Tanum,11(2018):1360-1376.