Ewolýusiýa genetikasy
Hyzmat artykmaçlyklary
Takagi we başg.,Ösümlik journalurnaly, 2013
ØNukleotidiň we aminokislotalaryň derejesiniň üýtgemegine esaslanyp görnüşleriň tapawudynyň wagtyny we tizligini bahalandyrmak
ØKonwergensiýa ewolýusiýanyň we parallel ewolýusiýanyň minimal täsiri bolan görnüşleriň arasynda has ygtybarly filogenetik gatnaşygy ýüze çykarmak
ØAýratynlyklar bilen baglanyşykly genleri açmak üçin genetiki üýtgeşmeler bilen fenotipleriň arasynda baglanyşyk gurmak
ØGörnüşleriň ewolýusiýa mümkinçiligini görkezýän genetiki dürlüligi bahalandyrmak
ØÇalt öwrülişik wagty
ØGiňişleýin tejribe: BMK 12 ýyldan gowrak wagt bäri ilat we ewolýusiýa bilen baglanyşykly taslamalarda ýüzlerçe görnüşi we ş.m. öz içine alýan köp tejribe toplady we Tebigat Aragatnaşyklary, Molekulýar Ösümlikler, Ösümlik Biotehnologiýa Journalurnalynda we ş.m. neşir edilen 80-den gowrak ýokary derejeli taslamalara goşant goşdy.
Hyzmat aýratynlyklary
Materiallar:
Adatça, azyndan üç kiçi ilat (mysal üçin kiçi görnüşler ýa-da ştammlar) maslahat berilýär.Her kiçi ilat 10-dan az bolmaly däldir (Ösümlikler ＞ 15, seýrek görnüşler üçin azaldylyp bilner).
Yzygiderlilik strategiýasy:
* WGS ýokary hilli salgylanma genomy bolan görnüşler üçin ulanylyp bilner, SLAF-Seq bolsa genomly ýa-da pes hilli genomly görnüşlere degişlidir.
| Genom ululygyna degişlidir | WGS | SLAF-Bellikler (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | ≥ 5 × / şahsy | 10 |
| 500 Mb - 1,5 Gb | 20-30 | |
| 1.5 Gb - 3 Gb | 30-40 | |
| Antpet ýa-da çylşyrymly genomlar | 40 ýa-da has köp |
Bioinformatika derňewi
üEwolýusiýa derňewi
üSaýlap süpürmek
üGen akymy
üDemografiki taryh
üTapawut wagty
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
| gDNA nusgasy | Dokumanyň nusgasy |
| Konsentrasiýa: ng30 ng / μl | Ösümlikler: 1-2 gr |
| Mukdary: ≥2 μg (Tom ≥15 μl) | Haýwanlar: 0,5-1 gr |
| Arassalygy: OD260 / 280 = 1.6-2.5 | Bütin gan: 1,5 ml |
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
*Bu ýerde görkezilen demo netijeleri, Biomarker Technologies bilen neşir edilen genomlardan
1.Ewolýusiýa derňewi, genetiki üýtgeşmelere esaslanýan filogenetik agajyň gurluşyny, ilatyň gurluşyny we PCA-ny öz içine alýar.
Filogenetik agaç umumy ata-babalar bilen görnüşleriň arasynda taksonomiki we ewolýusiýa gatnaşyklaryny aňladýar.
PCA kiçi ilatyň arasyndaky ýakynlygy göz öňüne getirmegi maksat edinýär.
Ilatyň gurluşy, allele ýygylyklary taýdan genetiki taýdan tapawutly kiçi ilatyň bardygyny görkezýär.
Chen we ş.m.al.,PNAS, 2020
2.Saýlaw süpürmek
Saýlanyp arassalamak, amatly bir saýlanylýan we baglanyşdyrylan bitarap saýtlaryň ýygylyklary köpelýän we baglanyşyksyz saýtlaryň azalmagy, sebitiň azalmagyna sebäp bolýan prosesi aňladýar.
Saýlanan süpüriş sebitlerinde genom giňişligini kesgitlemek, belli bir ädimde (10 Kb) süýşýän penjirede (100 Kb) ähli SNP-leriň genetiki indeksini （π st Fst, Tajima D) hasaplamak arkaly işlenýär.
Nukleotid dürlüligi (π）
Täjimanyň D.
Kesgitleme görkezijisi (Fst)
Wu we ş.m.al.,Molekulýar ösümlik, 2018
3.Gen akymy
Wu we ş.m.al.,Molekulýar ösümlik, 2018
4.Demografiki taryhy
Zhangang we ş.m.al.,Tebigat ekologiýasy we ewolýusiýa, 2021
5.Divergensiýa wagty
Zhangang we ş.m.al.,Tebigat ekologiýasy we ewolýusiýa, 2021
BMK meselesi
Genomiki üýtgeşiklik kartasy Bahar Hytaý Keleminiň (Brassica rapa ssp. Pekinensis) saýlamasynyň genetiki esaslary barada düşünje berýär.
Çap edilen: Molekulýar ösümlik, 2018
Yzygiderlilik strategiýasy:
Gözleg: yzygiderlilik çuňlugy: 10 ×
Esasy netijeler
Bu gözlegde, ortaça çuňlugy 10 × bolan gaýtadan yzygiderlilik üçin 194 hytaý kelemleri gaýtadan işlenildi, bu bolsa 1,208,499 SNP we 416,070 InDels öndürdi.Bu 194 setirdäki filogenetiki derňew, bu setirleri ýaz, tomus we güýz üç ekotip görnüşine bölüp boljakdygyny görkezdi.Mundan başga-da, ilatyň gurluşy we PCA derňewi bahar hytaý keleminiň Hytaýyň Şandong şäherinde güýz keleminden dörändigini görkezdi.Bular soňra Koreýa we Japanaponiýa bilen tanyşdyryldy, ýerli çyzyklar bilen kesişdi we olaryň giç bolýan görnüşleri Hytaýa täzeden girizildi we ahyrsoňy Bahar hytaý kelemine öwrüldi.
Bahar hytaýly kelemleri we güýzki kelemleri genom boýunça gözden geçirmek, güýçli saýlamadan geçen 23 genom ýerini ýüze çykardy, olaryň ikisi QTL-kartalaşdyryş esasynda wagtlaýyn gözegçilik sebiti bilen örtüldi.Bu iki sebitde güllemegi kadalaşdyrýan esasy genler, BrVIN3.1 we BrFLC1 bar.Bu iki geniň transkriptomiki gözlegler we transgen synaglar arkaly wagtyň bolt edilmegine degişlidigi tassyklandy.
 Hytaýyň kelemlerinde ilatyň gurluşynyň derňewi |  Hytaýyň kelemini saýlamak barada genetiki maglumatlar |
Tongbing we ş.m."Genomiki üýtgeşiklik kartasy, hytaý keleminiň (Brassica rapa ssp.pekinensis) saýlamasynyň genetiki esaslary barada düşünje berýär."Molekulýar ösümlikler,11 (2018): 1360-1376.
