تەدرىجى تەرەققىيات گېنىتىكىسى
مۇلازىمەت ئەۋزەللىكى
تاكاگى قاتارلىقلار.ئۆسۈملۈك ژۇرنىلى, 2013
Øنۇكلېئوتىد ۋە ئامىنو كىسلاتا سەۋىيىسىدىكى ئۆزگىرىشلەرگە ئاساسەن تۈرلەرنىڭ پەرقلىنىش ۋاقتى ۋە سۈرئىتىنى مۆلچەرلەش
Øجانلىقلارنىڭ تەدرىجىي تەرەققىي قىلىشى ۋە پاراللېل تەدرىجىي تەرەققىياتنىڭ ئەڭ تۆۋەن تەسىرى بىلەن جانلىقلار ئارىسىدىكى تېخىمۇ ئىشەنچلىك فىلوگېنتىك مۇناسىۋەتنى ئاشكارىلاش
Øئىرسىيەت ئۆزگىرىشى بىلەن فېنوتىپلار ئارا باغلىنىش بەرپا قىلىپ ، ئالاھىدىلىككە مۇناسىۋەتلىك گېنلارنى بايقاش
Øگېننىڭ كۆپ خىللىقىنى مۆلچەرلەش ، بۇ تۈرلەرنىڭ تەدرىجىي تەرەققىيات يوشۇرۇن كۈچىنى ئەكس ئەتتۈرىدۇ
Øتېز ئايلىنىش ۋاقتى
Øكەڭ تەجرىبە: BMK 12 يىلدىن كۆپرەك ۋاقىتتىن بۇيان نوپۇس ۋە تەدرىجىي تەرەققىياتقا مۇناسىۋەتلىك تۈرلەردە غايەت زور تەجرىبە توپلاپ ، يۈزلىگەن جانلىقلارنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ ۋە تەبىئەت ئالاقىسى ، مولېكۇلا ئۆسۈملۈكلىرى ، ئۆسۈملۈك بىئوتېخنىكا ژورنىلى قاتارلىقلاردا ئېلان قىلىنغان 80 دىن ئارتۇق يۇقىرى دەرىجىلىك تۈرگە تۆھپە قوشتى.
مۇلازىمەت ئۆلچىمى
ماتېرىياللار:
ئادەتتە ، كەم دېگەندە ئۈچ تارماق نوپۇس (مەسىلەن كىچىك تۈر ياكى جىددىيلىك) تەۋسىيە قىلىنىدۇ.ھەر بىر كىچىك نوپۇسنىڭ سانى 10 دىن كەم بولماسلىقى كېرەك (ئۆسۈملۈكلەر ＞ 15 ، كەم ئۇچرايدىغان تۈرلەرگە ئازايتىلىدۇ).
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
* WGS ئەلا سۈپەتلىك پايدىلىنىش گېنى بار تۈرلەرگە ئىشلىتىلسە بولىدۇ ، SLAF-Seq بولسا پايدىلىنىش گېنى بار ياكى پايدىسىز گېن ياكى ناچار سۈپەتتىكى گېنغا ماس كېلىدۇ.
| گېننىڭ چوڭ-كىچىكلىكىگە ماس كېلىدۇ | WGS | SLAF-Tags (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | ≥ 5 × / يەككە | 10 |
| 500 Mb - 1.5 Gb | 20 - 30 | |
| 1.5 Gb - 3 Gb | 30 - 40 | |
| گىگانت ياكى مۇرەككەپ گېنلار | 40 ياكى ئۇنىڭدىن يۇقىرى |
Bioinformatics analyses
üتەدرىجى تەرەققىيات ئانالىزى
üتاللانما سۈپۈرۈش
üگېن ئېقىمى
üنوپۇس تارىخى
üئىختىلاپ ۋاقتى
ئۈلگە تەلەپ ۋە يەتكۈزۈش
ئەۋرىشكە تەلەپلىرى:
| gDNA sample | توقۇلما ئەۋرىشكىسى |
| قويۇقلۇقى: ng30 ng / μl | ئۆسۈملۈكلەر: 1-2 گرام |
| مىقدارى: ≥2 μg (توم ≥15 μl) | ھايۋانلار: 0.5-1 g |
| ساپلىقى: OD260 / 280 = 1.6-2.5 | پۈتۈن قان: 1.5 مىللىلېتىر |
مۇلازىمەت خىزمىتى ئېقىمى
تەجرىبە لايىھىسى
ئۈلگە يەتكۈزۈش
كۈتۈپخانا قۇرۇلۇشى
تەرتىپلەش
سانلىق مەلۇمات ئانالىزى
سېتىشتىن كېيىنكى مۇلازىمەتلەر
*بۇ يەردە كۆرسىتىلگەن Demo نەتىجىلىرىنىڭ ھەممىسى Biomarker Technologies بىلەن ئېلان قىلىنغان گېنلاردىن كەلگەن
1. تەدرىجى تەرەققىيات ئانالىزىدا فىلوگېنتىك دەرەخ ، نوپۇس قۇرۇلمىسى ۋە PCA نىڭ گېن ئۆزگىرىشى ئاساس قىلىنغان PCA قۇرۇلۇشى بار.
فىلوگېنتىك دەرەخ ئورتاق ئەجدادلار بىلەن تۈرلەر ئارىسىدىكى تاكتىكىلىق ۋە تەدرىجىي تەرەققىياتقا ۋەكىللىك قىلىدۇ.
PCA تارماق كىشىلەر توپىنىڭ يېقىنلىقىنى تەسەۋۋۇر قىلىشنى مەقسەت قىلىدۇ.
نوپۇس قۇرۇلمىسى ئاللې چاستوتىسى جەھەتتە گېنى جەھەتتىن پەرقلىنىدىغان تارماق نوپۇسنىڭ بارلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
2. تاللاش خاراكتېرلىك سۈپۈرۈش
تاللاشنى سۈپۈرۈش بىر پايدىلىق تور بېكەتنى تاللاش ۋە ئۇلانغان نېيترال تور بېكەتلەرنىڭ چاستوتىسى كۆپىيىش ۋە ئۇلانمىغان تور بېكەتلەرنىڭ ئازىيىش جەريانىنى كۆرسىتىدۇ ، نەتىجىدە رايون ئازىيىدۇ.
تاللانغان سۈپۈرۈلگەن رايونلاردىكى گېننى ئېنىقلاش مەلۇم باسقۇچتا (10 Kb) سىيرىلىش كۆزنىكى (100 Kb) ئىچىدىكى بارلىق SNP لارنىڭ نوپۇس گېن كۆرسەتكۈچى （π ， Fst ، تاجىمانىڭ D) نى ھېسابلاش ئارقىلىق بىر تەرەپ قىلىنىدۇ.
يادرونىڭ كۆپ خىللىقى (π）
تاجىمانىڭ D.
Fixation index (Fst)
ۋۇ ، قاتارلىقلار.al.,مولېكۇلا ئۆسۈملۈك, 2018
3. گېن ئېقىمى
ۋۇ ، قاتارلىقلار.al.,مولېكۇلا ئۆسۈملۈك, 2018
4. نوپۇس تارىخى
جاڭ ، قاتارلىقلار.al.,تەبىئەت ئېكولوگىيىسى ۋە تەدرىجىي تەرەققىيات, 2021
5. پەرقلەندۈرۈش ۋاقتى
جاڭ ، قاتارلىقلار.al.,تەبىئەت ئېكولوگىيىسى ۋە تەدرىجىي تەرەققىيات, 2021
BMK دېلوسى
گېن ئۆزگىرىشى خەرىتىسى چاغانلىق يېسىۋىلەك (Brassica rapa ssp. Pekinensis) تاللاشنىڭ گېن ئاساسى ھەققىدە چۈشەنچە بېرىدۇ.
ئېلان قىلىنغان: مولېكۇلا ئۆسۈملۈك, 2018
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:
رەتلەش: تەرتىپنىڭ چوڭقۇرلۇقى: 10 ×
ئاچقۇچلۇق نەتىجىلەر
بۇ تەتقىقاتتا ، 194 جۇڭگو يېسىۋىلەكنىڭ ئوتتۇرىچە چوڭقۇرلۇقى 10 × بولغان قايتا تەرتىپكە سېلىنغان بولۇپ ، 1 مىليون 208 مىڭ 499 SNP ۋە 416،070 ئىندېل ھاسىل قىلغان.بۇ 194 قۇردىكى فىلوگېنتىك ئانالىز شۇنى ئىسپاتلىدىكى ، بۇ قۇرلارنى باھار ، ياز ۋە كۈزدىن ئىبارەت ئۈچ خىل تىپقا ئايرىشقا بولىدۇ.بۇنىڭدىن باشقا ، نوپۇس قۇرۇلمىسى ۋە PCA تەھلىلىدە باھاردىكى جۇڭگو يېسىۋىلەكنىڭ جۇڭگونىڭ شەندۇڭدىكى كۈزلۈك يېسىۋىلەكتىن بارلىققا كەلگەنلىكى كۆرسىتىلدى.بۇلار كېيىنچە كورېيە ۋە ياپونىيەگە تونۇشتۇرۇلدى ، يەرلىك لىنىيەلەردىن ھالقىپ كەتتى ۋە ئۇلارنىڭ بىر قىسىم كېچىكىپ بولالايدىغان سورتلىرى جۇڭگوغا قايتا تونۇشتۇرۇلدى ۋە ئاخىرىدا چاغانلىق يېسىۋىلەك بولۇپ قالدى.
ئەتىيازلىق جۇڭگو يېسىۋىلەكلىرى ۋە كۈزلۈك يېسىۋىلەكلەرنى تاللاشتا گېننى كەڭ كۆلەمدە سىكاننېرلاشتا كۈچلۈك تاللاشنى باشتىن كەچۈرگەن 23 خىل گېن ئورنى ئاشكارىلاندى ، بۇنىڭ ئىچىدىكى ئىككىسى QTL خەرىتىسىنى ئاساس قىلغان بولت-ۋاقىت كونترول رايونى بىلەن قاپلانغان.بۇ ئىككى رايوندا گۈلنى تەڭشەيدىغان ئاچقۇچلۇق گېنلار بارلىقى بايقالدى ، BrVIN3.1 ۋە BrFLC1.بۇ ئىككى گېننىڭ ترانسكرىپسىيە تەتقىقاتى ۋە گېنى يۆتكەلگەن تەجرىبە ئارقىلىق ۋاقىتنى ئۇزارتىشقا قاتناشقانلىقى تېخىمۇ جەزملەشتۈرۈلدى.
 جۇڭگو يېسىۋىلەكلىرىدىكى نوپۇس قۇرۇلمىسىنى تەھلىل قىلىش |  جۇڭگونىڭ يېسىۋىلەك تاللىشىدىكى گېن ئۇچۇرى |
Tongbing, et al.«گېن ئۆزگىرىشى خەرىتىسى چاغانلىق جۇڭگو يېسىۋىلەك (Brassica rapa ssp.pekinensis) تاللاشنىڭ گېن ئاساسى ھەققىدە چۈشەنچە بېرىدۇ».مولېكۇلا ئۆسۈملۈكلىرى ،11 (2018): 1360-1376.
