mRNA-seq (NGS) dengan genom referensi
RNA-seq adalah alat standar di berbagai bidang ilmu hayati dan pertanian, yang menjembatani kesenjangan antara genom dan proteom. Kekuatannya terletak pada penemuan transkrip baru dan kuantifikasi ekspresinya dalam satu pengujian. Teknik ini banyak digunakan untuk studi transkriptomik komparatif, yang memberikan wawasan tentang gen yang terkait dengan berbagai sifat atau fenotipe, seperti membandingkan mutan dengan tipe liar atau mengungkap ekspresi gen dalam kondisi tertentu. Aplikasi BMKCloud mRNA (Referensi) mengintegrasikan kuantifikasi ekspresi, analisis ekspresi diferensial (DEG), dan analisis struktur sekuens ke dalam alur kerja bioinformatika mRNA-seq (NGS) dan menggabungkan kekuatan perangkat lunak serupa, memastikan kenyamanan dan kemudahan penggunaan. Pengguna dapat mengunggah data RNA-seq mereka ke cloud, di mana aplikasi ini menawarkan solusi analisis bioinformatika komprehensif dan terpadu. Selain itu, aplikasi ini memprioritaskan pengalaman pelanggan, menawarkan operasi yang dipersonalisasi dan disesuaikan dengan kebutuhan spesifik pengguna. Pengguna dapat mengatur parameter dan mengirimkan misi pipeline sendiri, memeriksa laporan interaktif, melihat data/diagram, dan menyelesaikan penambangan data, seperti: pemilihan gen target, pengelompokan fungsional, pembuatan diagram, dll.
Platform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-Seq
Tata Letak: Data bersih yang berpasangan.
Jenis perpustakaan:fr-unstranded, fr-firststrand atau fr-secondstrand
Panjang bacaan:150 bp
Jenis berkas:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz atau *.fq.gz. Sistem akanSecara otomatis memasangkan file .fastq sesuai dengan nama filenya,misalnya *_1.fastq dipasangkan dengan *._2.fastq.
Jumlah sampel:Tidak ada batasan jumlahdari sampel, tetapi waktu analisis akan meningkat seiring dengan jumlah sampel.Jumlah sampel bertambah.
Jumlah Data yang Disarankan:6 gram per sampel
