Pengurutan Seluruh Genom Tumbuhan/Hewan
Fitur Layanan
De novo
Teknik ini sangat berguna untuk genom yang menantang seperti genom dengan tingkat heterozigositas tinggi, daerah berulang, genom polipoloid, kandungan CG abnormal, dan lain sebagainya.
Solusi terpadu kami menyediakan layanan sekuensing terintegrasi dan analisis bioinformatika yang menghasilkan genom rakitan de novo berkualitas tinggi. Survei genom awal dengan Illumina memberikan estimasi ukuran dan kompleksitas genom, dan informasi ini digunakan untuk memandu langkah selanjutnya yaitu sekuensing bacaan panjang dengan PacBio HiFi, diikuti olehde novoPerakitan kontig. Penggunaan perakitan HiC selanjutnya memungkinkan penambatan kontig ke genom, sehingga diperoleh perakitan tingkat kromosom. Terakhir, genom dianotasi dengan prediksi gen dan dengan pengurutan gen yang diekspresikan, menggunakan transkriptom dengan bacaan pendek dan panjang.
-- Integrasi berbagai layanan sekuensing dan bioinformatika dalam solusi terpaduLayanan yang sesuai untuk pembuatan novel
-- genom atau peningkatan genom referensi yang ada untuk spesies yang diminati.
Pengurutan ulang
-- Persiapan pustaka dapat dilakukan secara standar atau tanpa PCR.
-- Tersedia dalam 4 platform sekuensing: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 atau PacBio Revio.
-- Analisis bioinformatika yang berfokus pada identifikasi varian: SNP, InDel, SV, dan CNV
Keunggulan Layanan
●Keahlian Luas dan Rekam Jejak Publikasi: Untukde novoDalam layanan kami, kami telah mengumpulkan pengalaman yang luas dalam perakitan genom berkualitas tinggi dari berbagai spesies, termasuk genom diploid dan genom yang sangat kompleks dari spesies poliploid dan alopoliploid. Sejak 2018, kami telah berkontribusi pada lebih dari 300 publikasi berdampak tinggi, dan lebih dari 20 di antaranya diterbitkan di Nature Genetics. Pada pengurutan ulang genom, kami mengumpulkan lebih dari 1000 spesies, yang menghasilkan lebih dari 1000 kasus yang dipublikasikan dengan faktor dampak kumulatif lebih dari 5000.
●Solusi Terpadu: Padade novoDalam hal pengurutan, pendekatan terintegrasi kami menggabungkan berbagai teknologi pengurutan dan analisis bioinformatika ke dalam alur kerja yang kohesif, menghasilkan genom yang dirakit dengan kualitas tinggi.
●Disesuaikan dengan Kebutuhan AndaAlur kerja layanan kami dapat disesuaikan, memungkinkan adaptasi untuk genom dengan beragam fitur dan kebutuhan penelitian spesifik.
●Tim Bioinformatika dan Laboratorium yang Sangat TerampilApakah itu untukde novoBaik itu pengurutan atau pengurutan ulang, tim kami memiliki seperangkat alat dan pengetahuan yang terampil untuk menjamin keberhasilan proyek. Hal ini dapat dibuktikan dengan serangkaian paten dan hak cipta perangkat lunak yang telah mereka kembangkan.
● Dukungan Purna Jual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil proyek.
●Analisis Bioinformatika KomprehensifTermasuk pemanggilan variasi dan anotasi fungsi.
●Anotasi Komprehensif untuk PengurutanKami menggunakan berbagai basis data untuk memberi anotasi fungsional pada gen dengan variasi yang teridentifikasi dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai, sehingga memberikan wawasan tentang proyek penelitian Anda.
Spesifikasi Layanan
| Varian yang akan diidentifikasi | Strategi pengurutan | Kedalaman yang disarankan |
| SNP dan InDel | Illumina NovaSeq PE150 atau MGI T7 | 10x |
| SV dan CNV (kurang akurat) | 30x | |
| SV dan CNV (lebih akurat) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indel, SV dan CNV | PacBio Revio | 10x |
Contoh Persyaratan
| Jaringan atau asam nukleat yang diekstrak | Illumina/MGI | Nanopore (Pustaka 8 Kb) | PacBio (Pustaka 15 Kb)
| ||
| Jeroan Hewan | ≥ 0,2 g | ≥ 0,5 g | ≥ 1 g
| ||
| Otot Hewan | |||||
| Darah Mamalia | ≥ 0,3 mL | ≥ 0,5 mL
| ≥ 1 mL
| ||
| Darah Unggas/Ikan | ≥ 0,05 mL | ≥ 0,1 mL
| ≥ 0,1 mL
| ||
| Tanaman - Daun Segar | ≥ 0,5 g | ≥ 1 g
| ≥ 2 g
| ||
| Sel yang Dikultur | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| Serangga jaringan lunak/individu | ≥ 0,2 g | ≥ 0,3 g
| ≥ 1 g
| ||
| Organisme air - Jaringan otot | ≥ 0,3 g | ≥ 1 g | ≥ 1,5 g | ||
| Organisme air - Alga | ≥ 0,5 g | ≥ 1,5 g | ≥ 3 g | ||
| DNA yang diekstrak
| Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah: ≥ 30 ng Degradasi atau kontaminasi terbatas atau tidak ada sama sekali.
| Konsentrasi Jumlah
OD260/280
OD260/230
Degradasi atau kontaminasi terbatas atau tidak ada sama sekali.
| ≥ 40 ng/µL 2 µg/sel aliran/sampel
1.7 - 2.2
1,5 - 3,0 | Konsentrasi Jumlah
OD260/280
OD260/230
Degradasi atau kontaminasi terbatas atau tidak ada sama sekali. | ≥ 50 ng/µL 8 µg/sel aliran/sampel
1.7 - 2.2
1,8 - 2,5 |
| Persiapan Pustaka Bebas PCR: Konsentrasi ≥ 40 ng/µL Jumlah ≥ 500 ng | |||||
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Pengiriman data
De novoalur kerja bioinformatika
Jika Anda ingin melihat gambaran umum berbagai alur kerja kami untuk perakitan:
Analisis bioinformatika lengkap, dipisahkan dalam 4 langkah:
1. Survei genom, berdasarkan analisis k-mer dengan pembacaan NGS.Ini akan memberi kita informasi tentang:
- Estimasi ukuran genom
- Estimasi heterozigositas
- Perkiraan wilayah berulang
2. Perakitan Genom dengan PacBio HiFi.Dengan menggunakan bacaan panjang, kita akan mendapatkan:
- De novoperakitan
- Penilaian perakitan: termasuk analisis BUSCO untuk kelengkapan genom dan pemetaan balik pembacaan NGS dan PacBio HiFi.
3. Perakitan Hi-C.Setelah kita memiliki susunan genom tersebut, memiliki informasi tentang struktur 3D genom akan memperdalam pengetahuan dan memperkaya genom referensi yang sedang kita bangun.
- Kontrol kualitas pustaka Hi-C untuk memperkirakan interaksi Hi-C yang valid.
- Perakitan Hi-C. Kita akan melakukan pengelompokan kontig ke dalam beberapa grup, diikuti dengan pengurutan kontig di dalam setiap grup dan penetapan orientasi kontig.
- Evaluasi Hi-C
4. Anotasi genom:
- Prediksi RNA non-coding
- Identifikasi sekuens berulang (transposon dan pengulangan tandem)
- Prediksi gen
- De novoalgoritma ab initio
- Berdasarkan homologi
- Berdasarkan transkriptom, dengan pembacaan panjang dan pendek: pembacaannya adalahde novodirakit atau dipetakan ke draf genom
- Anotasi gen yang diprediksi dengan berbagai basis data
Pengurutan ulangalur kerja bioinformatika
Termasuk analisis berikut:
- Kontrol Kualitas Data Mentah
- Statistik penyelarasan dengan genom referensi
- Identifikasi varian: SNP, InDel, SV dan CNV
- Anotasi fungsional varian
Statistik penyelarasan ke genom referensi – distribusi kedalaman pengurutan
Identifikasi SNP di antara beberapa sampel
Identifikasi InDel – statistik panjang InDel di wilayah CDS dan wilayah seluruh genom.
Distribusi varian di seluruh genom – plot Circos
Anotasi fungsional gen dengan varian yang teridentifikasi – Gene Ontology
Chai, Q. dkk. (2023) 'Suatu glutathione S‐transferase GhTT19 menentukan pigmentasi kelopak bunga melalui pengaturan akumulasi antosianin pada kapas',Jurnal Bioteknologi Tanaman, 21(2), hal. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. dkk. (2023) 'Genom Hevea brasiliensis liar tingkat kromosom menyediakan alat baru untuk pemuliaan berbasis genom dan lokus berharga untuk meningkatkan hasil karet',Jurnal Bioteknologi Tanaman, 21(5), hlm. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. dkk. (2021) 'Urutan genom mengungkapkan jalur penyebaran global dan menunjukkan adaptasi genetik konvergen dalam evolusi kuda laut',Komunikasi Alam, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. dkk. (2023) 'Perubahan Kromosom Skala Besar Menyebabkan Perubahan Ekspresi Tingkat Genom, Adaptasi Lingkungan, dan Spesiasi pada Gayal (Bos frontalis)',Biologi Molekuler dan Evolusi, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. dkk. (2023) 'Perakitan genom dan pembedahan genetik dari plasma nutfah jagung tahan kekeringan yang menonjol',Genetika Alam 202355:3, 55(3), hlm.496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. dkk. (2023) 'Mengungkap evolusi biosintesis alkaloid tropana dengan menganalisis dua genom dalam famili Solanaceae',Komunikasi Alam2023 14:1, 14(1), hlm. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. dkk. (2022) 'Analisis perubahan genom dan metilasi pada ayam lokal Tiongkok dari waktu ke waktu memberikan wawasan tentang konservasi spesies',Biologi Komunikasi, 5(1), hlm. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Studi kasus yang menantang:
Perakitan telomer ke telomer:Fu, A. dkk. (2023) 'Perakitan genom telomer ke telomer pada pare (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) mengungkapkan karakteristik genetik perkembangan, komposisi, dan pematangan buah',Penelitian Hortikultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Susunan haplotip:Hu, W. dkk. (2021) 'Genom yang ditentukan oleh alel mengungkapkan diferensiasi bialelik selama evolusi singkong',Tumbuhan Molekuler, 14(6), hlm.851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Perakitan genom raksasa:Yuan, J. dkk. (2022) 'Dasar genomik dari giga-kromosom dan giga-genom peony pohon Paeonia ostii',Komunikasi Alam2022 13:1, 13(1), hlm. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Perakitan genom poliploid:Zhang, Q. dkk. (2022) 'Wawasan genomik mengenai pengurangan kromosom baru-baru ini pada tebu autopoliploid Saccharum spontaneum',Genetika Alam 202254:6, 54(6), hlm.885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
