Pengurutan Genom Utuh Tumbuhan/Hewan

Pengurutan ulang seluruh genom, juga dikenal sebagai WGS, memungkinkan pengungkapan mutasi umum dan langka pada keseluruhan genom termasuk Polimorfisme Nukleotida Tunggal (SNP), Penghapusan Penyisipan (InDel), Variasi Struktur (SV), dan Variasi Nomor Salinan (CNV) ).SV memiliki porsi basis variasi yang lebih besar dibandingkan SNP dan memiliki dampak yang lebih besar pada genom, sehingga berdampak signifikan pada organisme hidup.Pengurutan ulang pembacaan panjang memungkinkan identifikasi yang lebih tepat atas fragmen besar dan variasi rumit karena pembacaan panjang mempermudah persilangan kromosom pada wilayah rumit seperti pengulangan tandem, wilayah kaya GC/AT, dan wilayah hiper-variabel.

Peron: Illumina, PacBio, Nanopore

Hubungi kami

Detail Layanan

Hasil Demo

Publikasi Unggulan

1. Keuntungan Layanan

Pengalaman luas dalam pengurutan genom untuk lebih dari 1000 spesies.

Lebih dari 800 kasus yang dipublikasikan dengan faktor dampak akumulatif lebih dari 4000.

Analisis bioinformatika komprehensif pada pemanggilan variasi dan analisis fungsi.

2. Spesifikasi Layanan

Platform		Perpustakaan	Kedalaman urutan yang direkomendasikan
menerangi		PE 150	Untuk SNP, panggilan InDel ≥ 10x Untuk SV, panggilan CNY ≥ 30x
nanopori		8kb	Untuk SV, panggilan CNY ≥ 20x
Pacbio	CCS	15kb	Untuk panggilan SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x

3. Persyaratan Sampel

Platform		Kesimpulan(ng/μL)	Jumlah (ng)	Kemurnian		Gel agarosa
				OD260/280	OD260/230	1. Hapus pita utama tanpa atau terbatasdegradasi diamati pada gel. 2. Tidak ada atau terbatasnya kontaminasi RNA atau protein
menerangi		≥1	≥30	-	-
nanopori		≥30	Tergantung pada hasil data 10μg/sel	1.7-2.2	≥1,5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1.8-2.5

4. Analisis Bioinformasi

5. Alur Kerja Pelayanan

Pengiriman sampel

Ekstraksi DNA

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Pengiriman data

Sebelumnya: Transkriptome Spasial BMKMANU S1000

Berikutnya: Urutan RNA inti tunggal

1) Statistik Pemetaan Genom

Tabel 1 Statistik hasil pemetaan

Gambar 1 Distribusi ukuran sisipan dan cakupan baca.

2) Deteksi Variasi

Gambar 2 Statistik dan anotasi SNP/INDEL/SV di antara Sampel

Gambar 3 Distribusi variasi genom secara luas

3) Anotasi fungsional variasi

2019	Komunikasi alam	Pengurutan ulang seluruh genom mengungkapkan asal usul Brassica napus dan lokus genetik yang terlibat dalam perbaikannya
2020	PNAS	Asal Usul Evolusi dan Sejarah Domestikasi Ikan Mas (Carassius auratus)
2021	Jurnal Bioteknologi Tanaman	Referensi genom dari dua spesies rami yang dibudidayakan
2021	Jurnal Bioteknologi Tanaman	Tanda tangan genom allopolyploid Brassicajuncea sayuran dan biji minyak serta lokus genetik yang mengendalikan akumulasi glukosinolat
2019	Tumbuhan Molekuler	Pengurutan ulang seluruh genom dari koleksi aksesi rapeseed di seluruh dunia mengungkapkan dasar genetik dari perbedaan ekotipe mereka
2022	Penelitian Hortikultura	Analisis asosiasi genom memberikan wawasan molekuler tentang variasi alami ukuran biji semangka
2021	Jurnal Botani Eksperimental	Studi asosiasi genom mengidentifikasi varian GhSAD1 yang memberikan toleransi dingin pada kapas
2021	Jurnal Botani Eksperimental	Studi asosiasi genom dan perbandingan transkriptom mengungkap QTL baru dan gen kandidat yang mengontrol ukuran kelopak bunga rapeseed