Peta panas
Alat Heatmap menerima file data matriks sebagai input dan memungkinkan pengguna untuk memfilter, menormalisasi, dan mengelompokkan data. Kasus penggunaan utama untuk heatmap adalah analisis klaster tingkat ekspresi gen antar sampel yang berbeda.
Anotasi Gen
Alat Anotasi Gen melakukan anotasi gen berdasarkan penyelarasan urutan berkas FASTA masukan terhadap berbagai basis data.
Alat Pencarian Penyelarasan Lokal Dasar (BLAST)
Alat BLAST adalah versi terintegrasi BMKCloud dari NCBI BLAST dan dapat digunakan untuk melakukan fungsi yang sama menggunakan data yang diunggah ke akun BMKCloud.
Prediksi CDS_UTR
Alat Prediksi CDS_UTR dirancang untuk memprediksi wilayah pengkodean (CDS) dan wilayah non-pengkodean (UTR) dalam sekuens transkrip yang diberikan berdasarkan hasil BLAST terhadap basis data protein yang dikenal dan hasil prediksi ORF.
Plot Manhattan
Alat Manhattan Plot memungkinkan tampilan eksperimen dengan jumlah sampel yang besar dan umumnya digunakan dalam studi asosiasi genom luas (GWAS).
Diagram Circos
Alat Diagram CIRCOS menyediakan visualisasi yang efisien tentang bagaimana fitur genomik didistribusikan di seluruh genom. Fitur umum meliputi lokus kuantitatif, SNP, InDels, varian struktural, dan varian jumlah salinan.
Pengayaan Ontologi Gen (GO)
Alat GO Enrichment menyediakan analisis pengayaan fungsional. Perangkat lunak utama dalam alat ini adalah paket TopGO-Bioconductor, yang mencakup analisis ekspresi diferensial, analisis pengayaan GO, dan visualisasi hasilnya.
Analisis Jaringan Ko-ekspresi Gen Berbobot (WGCNA)
WGCNA adalah metode penambangan data yang banyak digunakan untuk menemukan modul ko-ekspresi gen. Metode ini dapat diterapkan pada berbagai dataset ekspresi termasuk data ekspresi gen microarray dan NGS.
InterProScan
Alat InterProScan menyediakan analisis dan klasifikasi urutan protein InterPro.
Program Pengayaan GO KEGG
Alat GO KEGG Enrichment dirancang untuk menghasilkan histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG, dan jalur pengayaan KEGG berdasarkan kumpulan gen yang diberikan dan anotasi yang sesuai.
