Peta panas
File data matriks digunakan untuk menggambar peta panas, yang dapat memfilter, menormalkan, dan mengelompokkan data matriks.Ini sebagian besar digunakan untuk analisis cluster tingkat ekspresi gen antara sampel yang berbeda.
Anotasi Gen
Anotasi fungsi gen dilakukan dengan memetakan urutan dalam file FASTA terhadap berbagai database.
Anotasi Gen
Alat Pencarian Penyelarasan Lokal Dasar
CDS_UTR_Prediksi
Alat ini dirancang untuk memprediksi daerah pengkode (CDS) dan daerah non-pengkode (UTR) dalam urutan transkrip tertentu berdasarkan peledakan terhadap database protein yang diketahui dan prediksi ORF.
Plot Manhattan
Plot Manhattan memungkinkan tampilan data dengan sejumlah besar titik data.Ini biasanya digunakan dalam studi asosiasi genome-wide (GWAS).
Sirko
Diagram CIRCOS memungkinkan presentasi langsung distribusi SNP, InDeL, SV, CNV pada genom.
GO_Pengayaan
TopGO adalah alat yang dirancang untuk pengayaan fungsional.Paket TopGO-Bioconductor terdiri dari analisis ekspresi diferensial, analisis pengayaan GO, dan visualisasi hasil.Ini akan menghasilkan folder dengan keluaran bernama "Graph", yang berisi hasil untuk topGO_BP, topGO_CC dan topGO_MF.
WGCNA
WGCNA adalah metode penambangan data yang banyak digunakan untuk menemukan modul koekspresi gen.Ini berlaku untuk berbagai kumpulan data ekspresi termasuk data microarray dan data ekspresi gen yang berasal dari pengurutan generasi berikutnya.
InterProScan
Analisis dan klasifikasi urutan protein InterPro
GO_KEGG_Pengayaan
Alat ini dirancang untuk menghasilkan histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG, dan jalur pengayaan KEGG berdasarkan kumpulan gen yang disediakan dan anotasi yang sesuai.