Bản đồ nhiệt
Tệp dữ liệu ma trận được sử dụng để vẽ bản đồ nhiệt, có thể lọc, chuẩn hóa và phân cụm dữ liệu ma trận.Nó chủ yếu được sử dụng để phân tích cụm mức độ biểu hiện gen giữa các mẫu khác nhau.
Chú thích gen
Chú thích chức năng gen được thực hiện bằng cách ánh xạ các chuỗi trong tệp FASTA dựa trên các cơ sở dữ liệu khác nhau.
Chú thích gen
Công cụ Tìm kiếm Đối chiếu Nội bộ Cơ bản
CDS_UTR_Dự đoán
Công cụ này được thiết kế để dự đoán các vùng mã hóa (CDS) và các vùng không mã hóa (UTR) trong các chuỗi phiên mã nhất định dựa trên cơ sở dữ liệu protein đã biết và dự đoán ORF.
Lô đất Manhattan
Biểu đồ Manhattan cho phép hiển thị dữ liệu với số lượng lớn các điểm dữ liệu.Nó thường được sử dụng trong các nghiên cứu kết hợp trên toàn bộ gen (GWAS).
Xiếc
Sơ đồ CIRCOS cho phép trình bày trực tiếp các phân bố SNP, InDeL, SV, CNV trên bộ gen.
GO_Làm giàu
TopGO là một công cụ được thiết kế để làm phong phú thêm chức năng.Gói TopGO-Bioconductor bao gồm phân tích biểu thức vi phân, phân tích làm giàu GO và trực quan hóa kết quả.Nó sẽ tạo một thư mục có đầu ra có tên "Graph", chứa các kết quả cho topGO_BP, topGO_CC và topGO_MF.
WGCNA
WGCNA là một phương pháp khai thác dữ liệu được sử dụng rộng rãi để khám phá các mô-đun đồng biểu hiện gen.Nó có thể áp dụng cho các tập dữ liệu biểu hiện khác nhau bao gồm dữ liệu microarray và dữ liệu biểu hiện gen có nguồn gốc từ trình tự thế hệ tiếp theo.
InterProScan
Phân tích và phân loại trình tự protein InterPro
GO_KEGG_Làm giàu
Công cụ này được thiết kế để tạo biểu đồ làm giàu GO, biểu đồ làm giàu KEGG và lộ trình làm giàu KEGG dựa trên bộ gen được cung cấp và chú thích tương ứng.