Bản đồ nhiệt
Công cụ Heatmap chấp nhận tệp dữ liệu ma trận làm đầu vào và cho phép người dùng lọc, chuẩn hóa và phân cụm dữ liệu. Trường hợp sử dụng chính của heatmap là phân tích phân cụm mức độ biểu hiện gen giữa các mẫu khác nhau.
Chú thích gen
Công cụ Chú thích Gen thực hiện chú thích gen dựa trên việc so sánh trình tự của các tệp FASTA đầu vào với nhiều cơ sở dữ liệu khác nhau.
Công cụ tìm kiếm căn chỉnh cục bộ cơ bản (BLAST)
Công cụ BLAST là phiên bản tích hợp của NCBI BLAST trong BMKCloud và có thể được sử dụng để thực hiện các chức năng tương tự bằng cách sử dụng dữ liệu được tải lên tài khoản BMKCloud.
Dự đoán CDS_UTR
Công cụ dự đoán CDS_UTR được thiết kế để dự đoán các vùng mã hóa (CDS) và vùng không mã hóa (UTR) trong các chuỗi phiên mã đã cho dựa trên kết quả BLAST so với các cơ sở dữ liệu protein đã biết và kết quả dự đoán ORF.
Âm mưu Manhattan
Công cụ Manhattan Plot cho phép hiển thị các thí nghiệm với số lượng mẫu lớn và thường được sử dụng trong các nghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gen (GWAS).
Sơ đồ Circos
Công cụ biểu đồ CIRCOS cung cấp khả năng trực quan hóa hiệu quả cách phân bố các đặc điểm bộ gen trên toàn bộ bộ gen. Các đặc điểm phổ biến bao gồm các vị trí định lượng, SNP, InDel, biến thể cấu trúc và biến thể số lượng bản sao.
Làm giàu Gene Ontology (GO)
Công cụ GO Enrichment cung cấp phân tích làm giàu chức năng. Phần mềm chính trong công cụ này là gói TopGO-Bioconductor, bao gồm phân tích biểu hiện khác biệt, phân tích làm giàu GO và trực quan hóa kết quả.
Phân tích mạng đồng biểu hiện gen có trọng số (WGCNA)
WGCNA là một phương pháp khai thác dữ liệu được sử dụng rộng rãi để phát hiện các mô-đun biểu hiện gen đồng thời. Nó có thể áp dụng cho nhiều tập dữ liệu biểu hiện khác nhau, bao gồm dữ liệu biểu hiện gen microarray và NGS.
InterProScan
Công cụ InterProScan cung cấp khả năng phân tích và phân loại trình tự protein InterPro.
Chương trình bồi dưỡng GO KEGG
Công cụ GO KEGG Enrichment được thiết kế để tạo ra biểu đồ phân bố GO, biểu đồ phân bố KEGG và sơ đồ đường dẫn KEGG dựa trên tập hợp gen được cung cấp và chú thích tương ứng.
