Bản đồ nhiệt
Công cụ Heatmap chấp nhận tệp dữ liệu ma trận làm đầu vào và cho phép người dùng lọc, chuẩn hóa và phân cụm dữ liệu. Ứng dụng chính của heatmap là phân tích cụm mức độ biểu hiện gen giữa các mẫu khác nhau.
Chú thích gen
Công cụ chú thích gen thực hiện chú thích gen dựa trên việc sắp xếp trình tự các tệp FASTA đầu vào so với nhiều cơ sở dữ liệu khác nhau.
Công cụ tìm kiếm căn chỉnh cục bộ cơ bản (BLAST)
Công cụ BLAST là phiên bản tích hợp BMKCloud của NCBI BLAST và có thể được sử dụng để thực hiện các chức năng tương tự bằng cách sử dụng dữ liệu được tải lên tài khoản BMKCloud.
Dự đoán CDS_UTR
Công cụ Dự đoán CDS_UTR được thiết kế để dự đoán vùng mã hóa (CDS) và vùng không mã hóa (UTR) trong trình tự phiên mã nhất định dựa trên kết quả BLAST so với cơ sở dữ liệu protein đã biết và kết quả dự đoán ORF.
Âm mưu Manhattan
Công cụ Manhattan Plot cho phép hiển thị các thí nghiệm mẫu lớn và thường được sử dụng trong các nghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gen (GWAS).
Biểu đồ Circos
Công cụ Sơ đồ CIRCOS cung cấp khả năng trực quan hóa hiệu quả cách các đặc điểm bộ gen được phân bố trên toàn bộ bộ gen. Các đặc điểm chung bao gồm các locus định lượng, SNP, InDels, các biến thể cấu trúc và số lượng bản sao.
Làm giàu Gene Ontology (GO)
Công cụ làm giàu GO cung cấp phân tích làm giàu chức năng. Phần mềm chính trong công cụ này là gói TopGO-Bioconductor, bao gồm phân tích biểu hiện khác biệt, phân tích làm giàu GO và trực quan hóa kết quả.
Phân tích mạng lưới đồng biểu hiện gen có trọng số (WGCNA)
WGCNA là một phương pháp khai thác dữ liệu được sử dụng rộng rãi để khám phá các mô-đun đồng biểu hiện gen. Phương pháp này có thể áp dụng cho nhiều tập dữ liệu biểu hiện khác nhau, bao gồm dữ liệu biểu hiện gen microarray và NGS.
InterProScan
Công cụ InterProScan cung cấp khả năng phân tích và phân loại trình tự protein InterPro.
Làm giàu GO KEGG
Công cụ làm giàu GO KEGG được thiết kế để tạo biểu đồ làm giàu GO, biểu đồ làm giàu KEGG và con đường làm giàu KEGG dựa trên bộ gen được cung cấp và chú thích tương ứng.