Giải trình tự toàn bộ bộ gen thực vật/động vật
1. Ưu điểm dịch vụ
Có kinh nghiệm sâu rộng về giải trình tự bộ gen của hơn 1000 loài.
Hơn 800 trường hợp được công bố với hệ số tác động tích lũy trên 4000.
Phân tích tin sinh học toàn diện về gọi biến thể và phân tích chức năng.
2. Thông số dịch vụ
| Nền tảng | Thư viện | Độ sâu seq được đề xuất | |
| Illumina | PE 150 | Đối với SNP, InDel gọi ≥ 10x Đối với SV, CNY gọi ≥ 30x
| |
| lỗ nano
| 8 kb | Đối với SV, CNY gọi ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Đối với SNP, InDel, SV, CNY gọi ≥ 10x |
3. Yêu cầu mẫu
| Nền tảng | Kết luận(ng/μL)
| Số tiền (ng)
| độ tinh khiết
| gel agarose
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Xóa băng tần chính không có hoặc bị giới hạnsự phân hủy quan sát được trên gel. 2. Không hoặc hạn chế nhiễm RNA hoặc protein
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| lỗ nano
| ≥30 | Phụ thuộc vào năng suất dữ liệu 10μg/tế bào | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Phân tích thông tin sinh học
5. Quy trình làm việc dịch vụ
Phân phối mẫu
trích xuất DNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Cung cấp dữ liệu
1) Thống kê về bản đồ bộ gen
Bảng 1 Thống kê kết quả bản đồ
Hình 1 Phân bổ kích thước chèn và phạm vi đọc.
2) Phát hiện biến thể
Hình 2 Thống kê và chú thích SNP/INDEL/SV giữa các mẫu
Hình 3. Phân bố vatiations trên toàn bộ bộ gen
3) Chú thích chức năng của các biến thể
| 2019 | Truyền thông thiên nhiên | Việc sắp xếp lại toàn bộ bộ gen cho thấy nguồn gốc của Brassica napus và cơ địa di truyền liên quan đến sự cải thiện của nó |
| 2020 | PNAS | Nguồn gốc tiến hóa và lịch sử thuần hóa của cá vàng (Carassius auratus) |
| 2021 | Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật | Bộ gen tham khảo của hai loài đay được trồng |
| 2021 | Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật | Dấu hiệu bộ gen của rau và hạt có dầu allopolyploid Brassicajuncea và locus di truyền kiểm soát sự tích tụ glucosinolates |
| 2019 | thực vật phân tử | Việc sắp xếp lại toàn bộ bộ gen của một bộ sưu tập hạt cải dầu trên toàn thế giới cho thấy cơ sở di truyền của sự phân kỳ kiểu gen của chúng |
| 2022 | Nghiên cứu làm vườn | Phân tích liên kết trên toàn bộ bộ gen cung cấp những hiểu biết phân tử về sự biến đổi tự nhiên của kích thước hạt dưa hấu |
| 2021 | Tạp chí Thực vật học Thực nghiệm | Nghiên cứu liên kết trên toàn bộ bộ gen xác định các biến thể của GhSAD1 mang lại khả năng chịu lạnh ở cây bông |
| 2021 | Tạp chí Thực vật học Thực nghiệm | Nghiên cứu liên kết trên toàn bộ bộ gen và so sánh bản phiên mã cho thấy QTL mới và các gen ứng cử viên kiểm soát kích thước cánh hoa ở hạt cải dầu |
