د بشپړ اوږدوالي mRNA ترتیب کول -PacBio
د خدماتو ګټې
● له 3' پای څخه تر 5' پای پورې د بشپړ اوږدوالي cDNA مالیکول مستقیم لوستل
● د ترتیب په جوړښت کې د Iso-form کچې حل
● د لوړ دقت او بشپړتیا سره لیږدونه
● د vaours ډولونو سره په لوړه کچه مطابقت لري
● د 4 PacBio سیکویل II ترتیب کولو پلیټ فارمونو سره د لوی ترتیب کولو ظرفیت.
● د 700 څخه زیاتو Pacbio-based RNA ترتیب کولو پروژو سره خورا تجربه لري
● د BMKCloud پر بنسټ د پایلو تحویل: په پلیټ فارم کې د شخصي معلوماتو کان کیندنې شتون لري.
● د پلور څخه وروسته خدمتونه د پروژې بشپړیدو وروسته د 3 میاشتو لپاره اعتبار لري
د خدماتو مشخصات
پلیټ فارم: PacBio Sequel II
د ترتیب کتابتون: پولی A- بډایه mRNA کتابتون
د وړاندیز شوي معلوماتو حاصلات: 20 ګیګابایټ / نمونه (د ډولونو پورې اړه لري)
FLNC (%): ≥75%
*FLNC: د بشپړ اوږدوالي غیر چیمیریک لیږدونه
بایو انفارماتیک تحلیلونه
● د خامو معلوماتو پروسس کول
● د نقل پیژندنه
● د ترتیب جوړښت
● د اظهار اندازه
● د فعالیت تشریح
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
نیوکلیوټایډونه:
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | پاکوالی | بشپړتیا |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا هیڅ پروټین یا DNA ککړتیا په جیل کې ښودل شوي. | د نباتاتو لپاره: RIN≥7.5؛ د څارویو لپاره: RIN≥8.0؛ 5.0≥ 28S/18S≥1.0; محدود یا هیڅ اساسی لوړوالی |
نسج: وزن (وچ):≥1 ګرامه
* د 5 ملی ګرامه څخه کوچني نسجونو لپاره ، موږ وړاندیز کوو چې فلش منجمد (مایع نایټروجن کې) نسج نمونه واستوو.
د حجرو تعلیق:د حجرو شمیر = 3×106- 1×107
* موږ وړاندیز کوو چې منجمد سیل لیسټیټ ولیږدوو.په هغه صورت کې چې حجره له 5 × 10 څخه کوچنۍ شمیرل کیږي5په مایع نایتروجن کې منجمد فلش سپارښتنه کیږي، کوم چې د مایکرو استخراج لپاره غوره دی.
د وینې نمونې:حجم ≥1 mL
مایکرو ارګانیزم:ماس ≥ 1 g
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
کانټینر:
2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب (د ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
د نمونې لیبل کول: ګروپ + نقل کول لکه A1, A2, A3;B1, B2, B3...
بار وړل:
1. وچه یخ: نمونې باید په کڅوړو کې بسته شي او په وچه یخ کې ښخ شي.
2. د RNAstable ټیوبونه: د RNA نمونې د RNA ثبات ټیوب کې وچې کیدی شي (د بیلګې په توګه RNAstable®) او د خونې په حرارت درجه کې لیږدول کیدی شي.
د خدماتو کاري جریان
د تجربې ډیزاین
د سپارلو نمونه
د RNA استخراج
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
1.FLNC اوږدوالی ویش
د بشپړ اوږدوالی غیر کیمیریک لوستلو اوږدوالی (FLNC) د کتابتون په جوړولو کې د cDNA اوږدوالی په ګوته کوي.د FLNC اوږدوالی ویش د کتابتون جوړولو کیفیت ارزولو کې یو مهم شاخص دی.
د FLNC لوستلو اوږدوالی ویش
2. د ORF د ساحې اوږدوالی بشپړ کړئ
موږ TransDecoder کاروو ترڅو د پروټین کوډ کولو ساحو وړاندوینه وکړو او ورته امینو اسید ترتیبونه د یونیجین سیټونو تولید لپاره ، کوم چې په ټولو نمونو کې بشپړ غیر بې ځایه لیږد معلومات لري.
د ORF د ساحې اوږدوالی بشپړ کړئ
3. د KEGG لارې د غني کولو تحلیل
په متفاوت ډول څرګند شوي لیږدونه (DETs) د PacBio ترتیب کولو ډیټا لخوا رامینځته شوي د بشپړ اوږدوالي لیږد سیټونو کې د NGS میشته RNA ترتیب کولو ډیټا تنظیم کولو سره پیژندل کیدی شي.دا DETs د بیالبیلو فعال تحلیلونو لپاره نور پروسس کیدی شي، د بیلګې په توګه د KEGG لارې د غني کولو تحلیل.
د DET KEGG لارې بډایه کول - ډاټ پلاټ
د BMK قضیه
د Populus ډډ ټرانسکریټوم پرمختیایی متحرکات
خپور شوی: د نبات بایو ټیکنالوژۍ ژورنال، 2019
د ترتیب کولو تګلاره:
د نمونې ټولګه:د ډډ سیمې: اپیکس، لومړی انټرنوډ (IN1)، دویم انټرنود (IN2)، دریم انټرنود (IN3)، انټرنود (IN4) او انټرنود (IN5) له Nanlin895 څخه
د NGS ترتیب:د 15 کسانو RNA د یوې بیولوژیکي نمونې په توګه راټول شوي.د هر ټکي درې بیولوژیکي نقلونه د NGS ترتیب لپاره پروسس شوي
د TGS ترتیب:د ډډ سیمې په دریو برخو ویشل شوي، لکه apex، IN1-IN3 او IN4-IN5.هره سیمه د څلور ډوله کتابتونونو سره د PacBio ترتیب کولو لپاره پروسس شوې: 0-1 kb، 1-2 kb، 2-3 kb او 3-10 kb.
کلیدي پایلې
1. په ټولیز ډول 87150 بشپړ اوږدوالی لیږدونه پیژندل شوي، چې په هغې کې، 2081 ناول اسوفارمونه او 62058 ناول بدیل جلا جلا جلا شوي اسوفارمونه پیژندل شوي.
2.1187 lncRNA او 356 فیوژن جینونه پیژندل شوي.
3. له ابتدايي ودې څخه تر ثانوي ودې پورې، د 995 توپیر لرونکي جینونو څخه 15838 توپیر لرونکي لیږدونه پیژندل شوي.په ټولو DEGs کې، 1216 د لیږد فکتورونه وو، چې ډیری یې لا تر اوسه ندي راپور شوي.
4.GO د غني کولو تحلیل په ابتدايي او ثانوي وده کې د حجرو ویش او د اکسیډیشن کمولو پروسې اهمیت څرګند کړ.
د جلا جلا کولو بدیل پیښې او مختلف isoforms
د لیږد فکتورونو په اړه د WGCNA تحلیل
حواله
چاو Q، Gao ZF، Zhang D، et al.د Populus ډډ ټرانسکریټوم پرمختیایی متحرکات.پلانټ بایو ټیکنالوژي J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
