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*ここに示されているデモの結果はすべて、Biomarker Technologies で公開されているゲノムからのものです

1.LTR 挿入時間の推定: この図は、他の種と比較した、ウェイニン ライ麦ゲノムにおける LTR-RT 挿入時間の独特な二峰性分布を示しています。最新のピークは約50万年前に現れました。

李広ら、自然遺伝学、2021年

2.ハヤトウリ(Secium edule)の系統発生と遺伝子ファミリーの解析:ハヤトウリと他の13種の近縁種の遺伝子ファミリーを解析した結果、ハヤトウリはヘビウリ(Trichosanthes anguina)と最も近縁であることが判明した。ハヤトウリは27～4500万年頃にヘビウリに由来し、25±400万年にハヤトウリで全ゲノム重複(WGD)が観察された。これはククイ科における3番目のWGD現象である。

Fu Aら、園芸研究、2021年

3.シンテニー解析：果実の発育における植物ホルモンに関連するいくつかの遺伝子がハヤトウリ、ヘビウリ、カボチャで見つかりました。ハヤトウリとカボチャの間の相関は、ハヤトウリとヘビウリの間の相関よりわずかに高いです。

Fu Aら、園芸研究、2021年

4.遺伝子ファミリー解析：G.thurberiおよびG.davidsoniiのゲノムにおける遺伝子ファミリーの拡大および縮小に関するKEGGエンリッチメントにより、ステロイド生合成およびブラシノステロイド生合成関連遺伝子が拡大していることが示された。

ヤン・Zら、BMC生物学、2021年

5.全ゲノム重複解析：4DTVおよびKs分布解析により、全ゲノム重複事象が示されました。種内のピークは重複事象を示した。種間のピークは種分化イベントを示しました。分析の結果、他の 3 つの近縁種と比較して、O. europaea はより最近になって大規模な遺伝子重複を起こしたことが示されました。

ラオ G ら、園芸研究、2021年

BMKケース

トゲのないバラ: 水分適応に関連するゲノムの洞察

公開日: ナショナル・サイエンス・レビュー、2021年

シーケンス戦略:

「ベイシーさん」トゲなし' (R.ウィチュライナン) ゲノム:
約93 X PacBio + 約。90 X ナノポア + 267 X イルミナ

主な結果

1.高品質のR.wichuraianaゲノムは、ロングリードシーケンス技術を使用して構築され、530.07 Mbのアセンブリが得られました（ゲノムサイズの推定値は、フローサイトメトリーによると約525.9 Mb、ゲノム調査によると525.5 Mbでした。ヘテロ接合性は約1.03％でした）。BUSCO の推定スコアは 93.9% でした。「オールドブラッシュ」（haploOB）と比較して、このゲノムの品質と完全性は、塩基一塩基の精度とLTRアセンブリインデックス（LAI=20.03）によって確認されました。R.wichuraiana のゲノムには、32,674 個のタンパク質コード遺伝子が含まれています。

2.遺伝子集団の比較ゲノミクス、トランスクリプトミクス、QTL解析からなるマルチオミクス共同解析により、R. wichuraianaとRosa chinensisの間の重要な種分化が明らかになった。また、QTL における関連遺伝子の発現変動は、茎のとげのパターン形成に関連している可能性がありました。

Basye;s Thornless と Rosa chinensis のシンテニー分析、遺伝子ファミリークラスター、拡大縮小分析を含む比較ゲノミクス分析により、バラの重要な形質に関連する多数の変異が明らかになりました。NAC および FAR1/FRS 遺伝子ファミリーの独特な拡張は、黒点病に対する耐性と関連している可能性が非常に高かった。

Zhong, M. et al.「とげのないバラ: 水分適応に関連するゲノムの洞察」ナショナル・サイエンス・レビュー、2021;、nwab092。