BMKCloud ننوتل
۱

mRNA-seq (NGS) د حوالې جینوم سره

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) د حوالې جینوم سره

RNA-seq د ژوند او فصلونو علومو کې یو معیاري وسیله ده، چې د جینومونو او پروټومونو ترمنځ واټن کموي. د دې ځواک د نوي ټرانسکرپټونو په کشفولو او په یوه ازموینه کې د دوی د بیان اندازه کولو کې دی. دا په پراخه کچه د پرتله کولو ټرانسکرپټومیک مطالعاتو لپاره کارول کیږي، د مختلفو ځانګړتیاو یا فینوټایپونو پورې اړوند جینونو باندې رڼا اچوي، لکه د وحشي ډولونو سره د میوټینټونو پرتله کول یا د ځانګړو شرایطو لاندې د جین بیان څرګندول. BMKCloud mRNA (حواله) APP د mRNA-seq (NGS) بایو انفارمیټکس پایپ لاین کې د بیان اندازه کول، د توپیر بیان تحلیل (DEG)، او د ترتیب جوړښت تحلیلونه مدغم کوي او د ورته سافټویر ځواک سره یوځای کوي، اسانتیا او د کاروونکي دوستۍ ډاډمن کوي. کاروونکي کولی شي خپل RNA-seq ډیټا کلاوډ ته اپلوډ کړي، چیرې چې ایپ یو جامع، یو سټاپ بایو انفارمیټک تحلیل حل وړاندې کوي. سربیره پردې، دا د پیرودونکو تجربې ته لومړیتوب ورکوي، د کاروونکو ځانګړو اړتیاو سره سم شخصي عملیات وړاندې کوي. کاروونکي کولی شي پیرامیټرې تنظیم کړي او د پایپ لاین ماموریت پخپله وسپاري، متقابل راپور وګوري، معلومات/ډیاګرامونه وګوري او د معلوماتو کان کیندنه بشپړه کړي، لکه: د هدف جین انتخاب، فعال کلستر کول، ډیاګرام کول، او نور.

د ډیمو پایلې
د معلوماتو کان کیندنه
د وارداتو اړتیا
اصلي تحلیل
حواله
د ډیمو پایلې

د معلوماتو کان کیندنه

د وارداتو اړتیا

پلیټ فارم:ایلومینا، MGI
ستراتیژي:د RNA-سیکشن
ترتیب: پارید شوی، پاک معلومات.
د کتابتون ډول:fr-unstranded، fr-firststrand یا fr-secondstrand
د لوستلو اوږدوالی:۱۵۰ بی پی
د فایل ډول:*.fastq، *.fq، *.fastq.gz یا *.fq.gz. سیسټم بهپه اتوماتيک ډول د .fastq فایلونه د دوی د فایل نومونو سره سم جوړه کړئ،د مثال په توګه *_1.fastq د *._2.fastq سره جوړه شوې.
د نمونو شمېر:په شمېر کې هیڅ محدودیت نشتهد نمونو شمیر، مګر د تحلیل وخت به د شمیر په څیر زیات شينمونې وده کوي.
د معلوماتو سپارښتنه شوې اندازه:په هر نمونه کې 6G

اصلي تحلیل
د mRNA-seq اصلي تحلیل او بایو انفارمیټیک وسایل (حواله)د پایپ لاین په لاندې ډول دی:
۱. د خامو معلوماتو د کیفیت کنټرول:
• د ټیټ کیفیت لرونکو ترتیبونو، اډاپټر ترتیبونو لرې کول،او داسې نور؛
• وسایل: په کور دننه جوړ شوی پایپ لاین؛
۲. د حوالې جینوم سره د معلوماتو سمون:
• د لوستلو ترتیب د سپلیس-آګاه الګوریتم سره د دې په مقابل کېد حوالې جینوم.
• وسایل:د HISAT2, سمټولز
۳. د کتابتون د کیفیت تحلیل:
• د اوږدوالي تحلیل، د ترتیب اشباع تحلیل، او نور داخل کړئ؛
• وسایل:سمټولز;
۴. د ترتیب جوړښت تحلیل:
• د بدیل جلا کولو تحلیل، د جین جوړښت اصلاح کول،د جینونو نوې وړاندوینه، او داسې نور؛
• وسایل:سټرینګ ټای, gff پرتله کول, ګاتک،الماس, انټرپرو سکین، اود HMMER شرکت.
۵. د توپیري څرګندونو تحلیل:
• د DEG سکرینینګ، د ګډ اړیکو تحلیل، فعالیتغني کول؛
د مختلفو لیدلوري پایلې;
RسرهSEGseq د سوداګرۍ پیل, د DESeq2, ggplot2, د ډیکس سیک
حواله
۱. کیم، داهوان او نور. "د ګراف پر بنسټ جینوم سمون اود HISAT2 او HISAT-جینوټایپ سره جینوټایپ کول.طبیعتبایو ټیکنالوژي۳۷ (۲۰۱۹): ۹۰۷ - ۹۱۵.
۲. مک کینا، آرون او نور. "د جینوم تحلیل وسیله: aد راتلونکي نسل د DNA تحلیل لپاره د MapReduce چوکاټد معلوماتو ترتیب کول."د جینوم څیړنه۲۰۹ (۲۰۱۰): ۱۲۹۷-۳۰۳.
۳. لی، هینګ او نور. "د ترتیب سمون/نقشه بڼه اود سیم اوزارونه.بایو انفارمیټکس۲۵ (۲۰۰۹): ۲۰۷۸ - ۲۰۷۹.
4. Perțea، Mihaela et al. "StringTie د ښه کولو توان ورکويد RNA-seq لوستلو څخه د ټرانسکرپټوم بیا رغونه.طبیعتبایو ټیکنالوژي۳۳ (۲۰۱۵): ۲۹۰-۲۹۵.
۵. مینه، مایکل آی. او نور. "د پوښ بدلون معتدل اټکل اود DESeq2 سره د RNA-seq معلوماتو لپاره خپریدل.جینومبیولوژي۱۵ (۲۰۱۴): مخ.
۶. ایډي، شان آر. "ګړندي پروفایل HMM لټونونه."د PLoS محاسباتي بیولوژي۷ (۲۰۱۱): مخ.

نرخ ترلاسه کړئ

خپل پیغام دلته ولیکئ او موږ ته یې واستوئ

خپل پیغام موږ ته واستوئ: