اوږد غیر کوډ کولو ترتیب - Illumina
د خدماتو ګټې
● د خدماتو ګټې
● سیلولر او نسج مشخص
● ځانګړې مرحله د متحرک بیان بدلون څرګندوي او وړاندې کوي
● د وخت او ځای څرګندولو دقیق نمونې
● د mRNA ډیټا سره ګډ تحلیل.
● د BMKCloud پر بنسټ د پایلو تحویل: په پلیټ فارم کې د شخصي معلوماتو کان کیندنې شتون لري.
● د پلور څخه وروسته خدمتونه د پروژې بشپړیدو وروسته د 3 میاشتو لپاره اعتبار لري
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
| کتابتون | پلیټ فارم | وړاندیز شوي ډاټا | ډاټا QC |
| د rRNA کموالی | Illumina PE150 | 10 جي بي | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | پاکوالی | بشپړتیا |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا هیڅ پروټین یا DNA ککړتیا په جیل کې ښودل شوي. | د نباتاتو لپاره: RIN≥6.5؛ د څارویو لپاره: RIN≥7.0؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا هیڅ اساسی لوړوالی |
نیوکلیوټایډونه:
نسج: وزن (وچ): ≥1 g
* د 5 ملی ګرامه څخه کوچني نسجونو لپاره ، موږ وړاندیز کوو چې فلش منجمد (مایع نایټروجن کې) نسج نمونه واستوو.
د حجرو تعلیق: د حجرو شمیر = 3 × 107
* موږ وړاندیز کوو چې منجمد سیل لیسټیټ ولیږدوو.په هغه صورت کې چې حجره له 5 × 10 څخه کوچنۍ شمیرل کیږي5په مایع نایتروجن کې منجمد فلش سپارښتنه کیږي.
د وینې نمونې:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol او 2mL وینه (TRIzol: وینه = 3:1)
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
کانټینر: 2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب (د ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
د نمونې لیبل کول: ګروپ + نقل کول لکه A1, A2, A3;B1, B2, B3...
بار وړل:
1. وچه یخ: نمونې باید په کڅوړو کې بسته شي او په وچه یخ کې ښخ شي.
2.RNAstable ټیوبونه: د RNA نمونې د RNA ثبات ټیوب کې وچې کیدی شي (د بیلګې په توګه RNAstable®) او د خونې په حرارت درجه کې لیږدول کیدی شي.
د خدماتو کاري جریان
د تجربې ډیزاین
د سپارلو نمونه
د RNA استخراج
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
بایو انفارماتیک
1.LncRNA طبقه بندي
د پورته څلورو سافټویرونو لخوا وړاندوینه شوې LncRNA په 4 کټګوریو ویشل شوي: lincRNA، ضد احساس-LncRNA، انټرونیک-LncRNA؛احساس-LncRNA.د LncRNA طبقه بندي په لاندې هسټوګرام کې ښودل شوې.
د LncRNA طبقه بندي
2. د DE-lncRNA د بډایه کولو تحلیل د Cis په نښه شوي جینونه
کلسټر پروفیلر د بیولوژیکي پروسو، مالیکولر دندو او سیلولر اجزاو په شرایطو کې د توپیر څرګند شوي lncRNA (DE-lncRNA) د cis هدف شوي جینونو په اړه د GO غني کولو تحلیل کې ګمارل شوی و.د GO غني کولو تحلیل یوه پروسه ده چې د ټول جینوم په پرتله د DEG لخوا د پام وړ بډایه شوي GO شرایط وپیژني.بډایه شوي شرایط په هسټوګرام، بلبل چارټ، او داسې نورو کې وړاندې شوي لکه څنګه چې لاندې ښودل شوي.
د DE-lncRNA د بډایه کولو تحلیل د cis په نښه شوي جینونه - د بلبل چارټ
3. د mRNA او lncRNA اوږدوالی، exon شمیره، ORF او د بیان مقدار پرتله کولو سره، موږ کولی شو د دوی تر مینځ په جوړښت، ترتیب او داسې نورو کې توپیرونه پوه کړو، او دا هم تایید کړو چې آیا زموږ لخوا وړاندیز شوی ناول lncRNA د عمومي ځانګړتیاوو سره سمون لري.
د BMK قضیه
د KRAS-G12D بدلون او P53 ناک آوټ سره د موږک سږو اډینوکارسینوماس کې د lncRNA څرګندولو پروفایل غیر منظم شوی
خپور شوی:د سیلولر او مالیکولر درملو ژورنال،۲۰۱۹
د ترتیب کولو ستراتیژي
Illumina
د نمونې ټولګه
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) حجرې او منفي کنټرول (sh-Scr) حجرې د ځانګړي ویروس انتان په 6 ورځ ترلاسه شوي.
کلیدي پایلې
دا څیړنه د P53 ناک آوټ او KrasG12D بدلون سره د موږک سږو اډینو کارسینوم کې په غیر معمولي ډول څرګند شوي lncRNAs تحقیق کوي.
1.6424 lncRNAs په توپیر سره څرګند شوي (≥ 2-fold بدلون، P <0.05).
2. د ټولو 210 lncRNAs(FC≥8) په منځ کې، د 11 lncRNAs څرګندونه په ترتیب سره د P53 لخوا، 33 lncRNAs د KRAS لخوا او 13 lncRNAs د هایپوکسیا لخوا په ترتیب سره د لومړني KP حجرو کې تنظیم شوي.
3.NONMMUT015812، کوم چې د موږک سږو اډینو کارسینوم کې د پام وړ تنظیم شوی و او د P53 بیا څرګندولو لخوا په منفي ډول تنظیم شوی و، د دې د حجرو فعالیت تحلیل کولو لپاره کشف شو.
4. د shRNAs لخوا د NONMMUT015812 بندول د KP حجرو د خپریدو او مهاجرت وړتیا کمه کړې.NONMMUT015812 یو احتمالي آنکوجین و.
 په NONMMUT015812-د KP حجرو کې د توپیر څرګند شوي جینونو د KEGG لارې تحلیل |  په NONMMUT015812-د KP حجرو کې د توپیر څرګند شوي جینونو د جین اونټولوژي تحلیل |
حواله
د KRAS-G12D بدلون او P53 ناک آوټ [J] سره د موږک سږو اډینوکارسینوماس کې د lncRNA څرګندولو پروفایل غیر منظم شوی.د سیلولر او مالیکولر درملو ژورنال، 2019، 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
