Metagenomic Sequencing -NGS
د خدماتو ګټې
● د مایکروبیل ټولنې پروفایل کولو لپاره د انزوا او کښت څخه پاک
● د چاپیریال په نمونو کې د ټیټ کثرت ډولونو په موندلو کې لوړ حل
● د "میټا-" مفکوره ټول بیولوژیکي ځانګړتیاوې په فعاله کچه، د ډولونو په کچه او د جین کچه سره یوځای کوي، کوم چې یو متحرک لید منعکس کوي چې واقعیت ته نږدې وي.
● BMK د 10,000 څخه زیاتو نمونو پروسس کولو سره په مختلفو نمونو ډولونو کې پراخه تجربه راټولوي.
د خدماتو مشخصات
| پلیټ فارم | ترتیب کول | وړاندیز شوي ډاټا | د بدلون وخت |
| د Illumina NovaSeq پلیټ فارم | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 کاري ورځې |
بایو انفارماتیک تحلیلونه
● د خامو معلوماتو کیفیت کنټرول
● Metagenome مجلس
● غیر بې ځایه جین سیټ او تشریح
● د ډولونو تنوع تحلیل
● د جنیټیک فعالیت تنوع تحلیل
● د ګروپ بین الافغاني تحلیل
● د تجربی فکتورونو په وړاندې د اتحادیې تحلیل
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
لپارهد DNA استخراج:
| د نمونې ډول | مقدار | تمرکز | پاکوالی |
| د DNA استخراج | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
د چاپیریال نمونې لپاره:
| د نمونې ډول | د نمونې اخیستلو وړاندیز شوی طرزالعمل |
| خاوره | د نمونې اندازه: نږدې5 g;پاتې وچ شوي مادې باید له سطحې لرې شي؛لوی ټوټې ټوټې کړئ او د 2 ملي میتر فلټر څخه تیر کړئ؛د ریزرویشن لپاره په جراثیمي EP-tube یا cyrotube کې د Aliquot نمونې. |
| پاخه | د نمونې اندازه: نږدې5 g;د ذخیره کولو لپاره په جراثیمي EP-ټیوب یا کریوټیوب کې د الیکوټ نمونې راټول او راټول کړئ. |
| د کولمو منځپانګه | نمونې باید د اسپټیک حالت لاندې پروسس شي.راټول شوي نسجونه د PBS سره مینځل؛PBS سینټرفیوژ کړئ او په EP-ټیوبونو کې پریپیټینټ راټول کړئ. |
| سلج | د نمونې اندازه: نږدې5 g;د ریزرویشن لپاره په جراثیمي EP-ټیوب یا کریوټیوب کې د الیکوټ سلج نمونه راټول کړئ |
| د اوبو بدن | د محدود مقدار مایکروبیل نمونې لپاره، لکه د نل اوبه، د څاه اوبه، او داسې نور، لږ تر لږه 1 لیټره اوبه راټول کړئ او د 0.22 μm فلټر څخه تیر کړئ ترڅو په جھلی کې مایکروبیل غني کړي.جھلی په جراثیمي ټیوب کې ذخیره کړئ. |
| پوستکی | د پوټکي سطح په احتیاط سره د کاټن سویب یا جراحي تیغ سره وخورئ او په جراثیمي ټیوب کې یې ځای په ځای کړئ. |
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
نمونې په مایع نایتروجن کې د 3-4 ساعتونو لپاره کنګل کړئ او په مایع نایتروجن یا -80 درجې کې د اوږدې مودې لپاره ذخیره کړئ.د وچې یخ سره د نمونې لیږد اړین دی.
د خدمت کاري جریان
د نمونې سپارل
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
1.Histogram: د ډولونو ویش
2. فعلي جینونه د KEGG میټابولیک لارو ته تشریح شوي
3. د تودوخې نقشه: توپیري دندې د نسبي جین کثرت پر بنسټ
4. د کارډ د انټي بیوټیک مقاومت جینونو سرکوس
د BMK قضیه
د انټي بیوټیک مقاومت جینونو او باکتریایی ناروغیو خپریدل د خاورې - منګروو ریښو دوام سره
خپور شوی:د خطرناکو موادو ژورنال، 2021
د ترتیب کولو تګلاره:
مواد: د منګروو د ریښو د څلورو ټوټو DNA استخراجي نمونې: بې کښته شوې خاوره، ریزوسفیر، ایپیسفیر او د اندوسفیر برخې
پلیټ فارم: Illumina HiSeq 2500
هدفونه: میټاجینوم
16S rRNA جین V3-V4 سیمه
کلیدي پایلې
د میټاجینومیک ترتیب او د میټابارکوډینګ پروفایل په خاوره کې د منګروو بوټو په دوامداره توګه پروسس شوي ترڅو د انټي بیوټیک مقاومت جین (ARGs) له خاورې څخه نباتاتو ته خپریږي.میټاجینومیک ډاټا څرګنده کړه چې د انټي بیوټیک مقاومت 91.4٪ جینونه په عمومي ډول د خاورې په ټولو څلورو برخو کې چې پورته ذکر شوي دي پیژندل شوي، کوم چې یو دوامداره فیشن ښودلی.د 16S rRNA امپلیکون ترتیب 29,285 ترتیبونه رامینځته کړي، چې د 346 ډولونو استازیتوب کوي.د امپلیکون ترتیب په واسطه د ډولونو پروفایل کولو سره یوځای کول، دا خپرونه وموندل شوه چې د ریښو پورې تړلي مایکروبیوټا څخه خپلواکه وه، په هرصورت، دا د جینیکیک عناصرو ګرځنده لخوا اسانه کیدی شي.دې څیړنې د خاورې څخه نباتاتو ته د ARGs او رنځجن جریان په ګوته کړ چې د خاورې ریښې له یو بل سره وصل شوي دوام لري.
حواله
وانګ، سي، هو، آر، سټرانګ، پي جي، ژوانګ، وو، او شو، ایل.(۲۰۲۰).د خاورې په اوږدو کې د انټي بیوټیک مقاومت جینونو او باکتریایی ناروغیو خپریدل – د منګروو ریښو دوام.د خطرناکو موادو ژورنال، ۴۰۸، 124985.
