16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
د خدماتو ګټې
● د چاپیریال په نمونو کې د مایکروبیل ترکیب څخه جلا او چټک پیژندنه
● د چاپیریال په نمونو کې د ټیټ بډایه اجزاو لوړ ریزولوشن
● د ډیټابیس، تشریح، OTU/ASV په برخه کې د متنوع تحلیلونو سره د وروستي QIIME2 تحلیل جریان.
● لوړ throughput، لوړ دقت
● د متنوع مایکروبیل ټولنې مطالعاتو لپاره د تطبیق وړ
● BMK د 100,000 څخه زیاتو نمونو / کال سره پراخه تجربه لري، د خاورې، اوبه، ګاز، خځلو، ملا، کولمو، پوټکي، د خړوبولو ورش، حشراتو، نباتاتو او داسې نورو پوښښ.
● BMKCloud د معلوماتو تشریح اسانه کړی چې 45 شخصي تحلیلي وسیلې لري
د خدماتو مشخصات
| ترتیب کولپلیټ فارم | کتابتون | وړاندیز شوي ډاټا حاصلات | اټکل شوی د بدلون وخت |
| د Illumina NovaSeq پلیټ فارم | PE250 | 50K/100K/300K ټاګونه | 30 ورځې |
بایو انفارماتیک تحلیلونه
● د خامو معلوماتو کیفیت کنټرول
● OTU کلسترینګ/ډی-شور (ASV)
● OTU تشریح
● د الفا تنوع
● د بیټا تنوع
● د ګروپ بین الافغاني تحلیل
● د تجربی فکتورونو په وړاندې د اتحادیې تحلیل
● فعالیت جین وړاندوینه
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
لپارهد DNA استخراج:
| د نمونې ډول | مقدار | تمرکز | پاکوالی |
| د DNA استخراج | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
د چاپیریال نمونې لپاره:
| د نمونې ډول | د نمونې اخیستلو وړاندیز شوی طرزالعمل |
| خاوره | د نمونې اندازه: نږدې5 g;پاتې وچ شوي مادې باید له سطحې لرې شي؛لوی ټوټې ټوټې کړئ او د 2 ملي میتر فلټر څخه تیر کړئ؛د ریزرویشن لپاره په جراثیمي EP-tube یا cyrotube کې د Aliquot نمونې. |
| پاخه | د نمونې اندازه: نږدې5 g;د ذخیره کولو لپاره په جراثیمي EP-ټیوب یا کریوټیوب کې د الیکوټ نمونې راټول او راټول کړئ. |
| د کولمو منځپانګه | نمونې باید د اسپټیک حالت لاندې پروسس شي.راټول شوي نسجونه د PBS سره مینځل؛PBS سینټرفیوژ کړئ او په EP-ټیوبونو کې پریپیټینټ راټول کړئ. |
| سلج | د نمونې اندازه: نږدې5 g;د ریزرویشن لپاره په جراثیمي EP-ټیوب یا کریوټیوب کې د الیکوټ سلج نمونه راټول کړئ |
| د اوبو بدن | د محدود مقدار مایکروبیل نمونې لپاره، لکه د نل اوبه، د څاه اوبه، او داسې نور، لږ تر لږه 1 لیتره اوبه راټول کړئ او د 0.22 μm فلټر څخه تیر شئ ترڅو په جھلی کې مایکروبیل غني کړي.جھلی په جراثیمي ټیوب کې ذخیره کړئ. |
| پوستکی | د پوټکي سطح په احتیاط سره د کاټن سویب یا جراحي تیغ سره وخورئ او په جراثیمي ټیوب کې یې ځای په ځای کړئ. |
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
نمونې په مایع نایتروجن کې د 3-4 ساعتونو لپاره کنګل کړئ او په مایع نایتروجن یا -80 درجې کې د اوږدې مودې لپاره ذخیره کړئ.د وچې یخ سره د نمونې لیږد اړین دی.
د خدماتو کاري جریان
د سپارلو نمونه
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
1. د ډولونو ویش
2. د تودوخې نقشه: د ډولونو بډایه کلستر کول
3. نادره ډله وکر
4. د NMDS تحلیل
5.Lefse تحلیل
د BMK قضیه
چاغ کسان د ټایپ 2 ډایبایټس سره او پرته د کولمو مختلف مایکروبیل فعال ظرفیت او جوړښت ښیې
خپور شوی:د حجرو کوربه او مایکروب، 2019
د ترتیب کولو تګلاره:
د شکرې ناروغي (n=633)؛چاقۍ غیر ذیابیطس (n = 494)؛د چاقۍ ډول 2 ذیابیطس (n = 153)؛
د هدف سیمه: 16S rDNA V1-V2
پلیټ فارم: Illumina Miseq (د NGS پر بنسټ امپلیکون ترتیب)
د DNA استخراج فرعي سیټ په Illumina Hiseq کې د میټاجینومیک ترتیب سره مخ شوي
کلیدي پایلې
د دې میټابولیک ناروغیو مایکروبیل پروفایلونه په بریالیتوب سره توپیر شوي.
د 16S ترتیب لخوا رامینځته شوي مایکروبیل ځانګړتیاو سره پرتله کولو سره، چاقۍ وموندل شوه چې د مایکروبیل جوړښت کې بدلونونو سره تړاو لري، انفرادي ځانګړتیاوې، په ځانګړې توګه په اککرمانسیا، فایکالیباکتریوم، اوسیلیباکتر، الیسټیپ، او نور کې د پام وړ کمښت، سربیره پردې، T2D د Escherichia/shigella د زیاتوالي سره تړاو درلود. .
حواله
Thingholm, LB, et al."د ټایپ 2 ډایبېټس سره او پرته د چاقۍ لرونکي اشخاص د کولمو مختلف مایکروبیل فعال ظرفیت او جوړښت ښیې."د حجرو کوربه او مایکروب26.2 (2019).
