16S/18S/ITS امپلیکون ترتیب کول-PacBio
د خدماتو ګټې
● اوږده لوستل د 16S/18S/ITS بشپړ اوږدوالی ترتیب څرګندوي
● د PacBio CCS موډ ترتیب سره خورا دقیق بیس زنګ کول
● په OTU/ASV تشریح کې د ډولونو په کچه حل
● د ډیټابیس، تشریح، OTU/ASV په برخه کې د متنوع تحلیلونو سره د وروستي QIIME2 تحلیل جریان.
● د متنوع مایکروبیل ټولنې مطالعاتو لپاره د تطبیق وړ
● BMK د 100,000 څخه زیاتو نمونو / کال سره پراخه تجربه لري، د خاورې، اوبه، ګاز، خځلو، ملا، کولمو، پوټکي، د خړوبولو ورش، حشراتو، نباتاتو او داسې نورو پوښښ.
● BMKCloud د معلوماتو تشریح اسانه کړی چې 45 شخصي تحلیلي وسیلې لري
د خدماتو مشخصات
| ترتیب کولپلیټ فارم | کتابتون | وړاندیز شوي ډاټا | د بدلون وخت |
| د PacBio سیکویل II | SMRT- بیل | 5K/10K/20K ټاګونه | 44 کاري ورځې |
بایو انفارماتیک تحلیلونه
● د خامو معلوماتو کیفیت کنټرول
● OTU کلسترینګ/ډی-شور (ASV)
● OTU تشریح
● د الفا تنوع
● د بیټا تنوع
● د ګروپ بین الافغاني تحلیل
● د تجربی فکتورونو په وړاندې د اتحادیې تحلیل
● فعالیت جین وړاندوینه
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
د نمونې اړتیاوې:
لپارهد DNA استخراج:
| د نمونې ډول | مقدار | تمرکز | پاکوالی |
| د DNA استخراج | 1 ملی ګرامه | 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
د چاپیریال نمونې لپاره:
| د نمونې ډول | د نمونې اخیستلو وړاندیز شوی طرزالعمل |
| خاوره | د نمونې اندازه: نږدې5 g;پاتې وچ شوي مادې باید له سطحې لرې شي؛لوی ټوټې ټوټې کړئ او د 2 ملي میتر فلټر څخه تیر کړئ؛د ریزرویشن لپاره په جراثیمي EP-tube یا cyrotube کې د Aliquot نمونې. |
| پاخه | د نمونې اندازه: نږدې5 g;د ذخیره کولو لپاره په جراثیمي EP-ټیوب یا کریوټیوب کې د الیکوټ نمونې راټول او راټول کړئ. |
| د کولمو منځپانګه | نمونې باید د اسپټیک حالت لاندې پروسس شي.راټول شوي نسجونه د PBS سره مینځل؛PBS سینټرفیوژ کړئ او په EP-ټیوبونو کې پریپیټینټ راټول کړئ. |
| سلج | د نمونې اندازه: نږدې5 g;د ریزرویشن لپاره په جراثیمي EP-ټیوب یا کریوټیوب کې د الیکوټ سلج نمونه راټول کړئ |
| د اوبو بدن | د محدود مقدار مایکروبیل نمونې لپاره، لکه د نل اوبه، د څاه اوبه، او داسې نور، لږ تر لږه 1 لیتره اوبه راټول کړئ او د 0.22 μm فلټر څخه تیر شئ ترڅو په جھلی کې مایکروبیل غني کړي.جھلی په جراثیمي ټیوب کې ذخیره کړئ. |
| پوستکی | د پوټکي سطح په احتیاط سره د کاټن سویب یا جراحي تیغ سره وخورئ او په جراثیمي ټیوب کې یې ځای په ځای کړئ. |
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
نمونې په مایع نایتروجن کې د 3-4 ساعتونو لپاره کنګل کړئ او په مایع نایتروجن یا -80 درجې کې د اوږدې مودې لپاره ذخیره کړئ.د وچې یخ سره د نمونې لیږد اړین دی.
د خدماتو کاري جریان
د سپارلو نمونه
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
1. د V3 + V4 (ایلومینا) - د مایکروبیل ټولنې پروفایل کولو په پرتله د بشپړ اوږدوالي (PacBio) پراساس پروفایل کولو د تشریح نرخ.
(د 30 تصادفي غوره شویو پروژو ډاټا د احصایې لپاره پلي شوي)
2. په مختلفو نمونو ډولونو کې د ډولونو په کچه د بشپړ اوږدوالي امپلیکون تسلسل د تشریح شرح
3. د ډولونو ویش
4. Phylogenetic ونه
د BMK قضیه
د ارسنیک افشا کول د کولمو خنډ زیان رسوي او په پایله کې د کولمو - ځګر محور فعالول چې په مرغیو کې د ځګر سوزش او پیروپټوسس لامل کیږي.
خپور شوی:د ټول چاپیریال ساینس،۲۰۲۱
د ترتیب کولو تګلاره:
نمونې: کنټرول بمقابله 8 mg/kg ATO افشا شوي ګروپ
د ترتیب کولو ډاټا حاصل: په مجموع کې 102,583 خام CCS ترتیبونه
کنټرول: 54,518 ± 747 اغیزمن CCS
ATO افشا شوی: 45,050 ± 1675 اغیزمن CCS
کلیدي پایلې
د الفا تنوع:د ATO افشا کول په مرغانو کې د کولمو مایکروبیل بډایه او تنوع د پام وړ بدل کړ.
د میټاسټات تحلیل:
د فیلم کچه کې: 2 باکتریا فیلا یوازې د کنټرول ګروپونو کې کشف شوي
د جینس په کچه کې: 6 نسلونه په نسبي کثرت کې د پام وړ توپیر موندلی
د ډولونو په کچه کې: په ټولیز ډول 36 ډولونه پیژندل شوي، چې له دوی څخه 6 یې د پام وړ توپیر لري.
حواله
Thingholm, LB, et al."د ټایپ 2 ډایبېټس سره او پرته د چاقۍ لرونکي اشخاص د کولمو مختلف مایکروبیل فعال ظرفیت او جوړښت ښیې."د حجرو کوربه او مایکروب26.2 (2019).
