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非参照ベースの mRNA シーケンシング - イルミナ

mRNA シーケンスでは、次世代シーケンス技術 (NGS) を採用し、いくつかの特殊な機能が活性化している特定の時期に真核生物からメッセンジャー RNA (mRNA) を捕捉します。スプライシングされた最長の転写産物は「Unigene」と呼ばれ、その後の解析のための参照配列として使用されました。これは、参照なしにその種の分子機構と制御ネットワークを研究するための効果的な手段です。

トランスクリプトームデータのアセンブリとユニジーンの機能アノテーション後

(1)SSR解析、CDS予測、遺伝子構造解析を行います。

(2)各サンプル中の単一遺伝子の発現を定量します。

(3) サンプル (またはグループ) 間で発現差のあるユニジーンは、ユニジーンの発現に基づいて発見されます。

(4)発現差のある単一遺伝子のクラスタリング、機能アノテーション、エンリッチメント解析が実行されます。

お問い合わせ

サービス内容

バイオインフォマティクス

デモの結果

ケーススタディ

特徴

● 参照ゲノムから独立しており、

● データは転写物の構造と発現を分析するために使用できます。

● 可変クリッピングサイトを特定する

サービスのメリット

● BMKCloud ベースの結果配信: 結果は BMKCloud プラットフォームを介してデータファイルおよびインタラクティブレポートとして配信され、標準的なバイオインフォマティクス分析に基づいて複雑な分析出力とカスタマイズされたデータマイニングをユーザーフレンドリーに読み取ることができます。

● アフターサービス: プロジェクト完了後 3 か月間有効なアフターサービス (プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング、結果の Q&A など)。

サンプルの要件と納品

サンプル要件:

ヌクレオチド:

濃度(ng/μl)

量（μg）

純度

誠実さ

≥ 20

≧ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5～2.5

ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。

植物の場合: RIN≥6.5。

動物の場合：RIN≧7.0。

5.0≧28S/18S≧1.0;

基準高度が限られているか、基準高度がない

ティッシュ: 重量 (乾燥): ≥1 g
※5 mg未満の組織については、急速冷凍（液体窒素）した組織サンプルをお送りいただくことをお勧めします。

細胞懸濁液: 細胞数 = 3×10⁷
※細胞ライセートは凍結して発送することをお勧めします。セル数が5×10未満の場合⁵、液体窒素で急速冷凍することをお勧めします。

血液サンプル：
PA×geneBloodRNATube;
6mLLTRIzolと2mLの血液(TRIzol:血液=3:1)

推奨されるサンプル配信

容器：
2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
ラベル付けのサンプル: グループ + 複製 (A1、A2、A3 など)。B1、B2、B3……

出荷:
1.ドライアイス：サンプルを袋に詰めてドライアイスに埋める必要があります。
2.RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥し、室温で出荷できます。

サービスのワークフロー

実験計画

サンプル納品

RNA抽出

図書館の建設

シーケンス

データ分析

アフターサービス

前の： ロングノンコーディングシーケンシング - イルミナ

次：真核生物の mRNA シークエンシング-イルミナ

バイオインフォマティクス

1.mRNA(denovo)の集合原理

Trinity により、リードは K-mer として知られる小さな部分に断片化されます。これらの K-mer は、コンティグに拡張されるシードとして使用され、コンティグの重複に基づいてコンポーネントが作成されます。最後に、コンポーネント内の転写を認識するために De Bruijn がここで適用されました。

mRNA-(De-novo)-Trinity の概要

mRNA (De novo) Trinity の概要

2.mRNA (De novo) 遺伝子発現量分布

RNA-Seq は、遺伝子発現の高感度な推定を実現できます。通常、転写産物発現 FPKM の検出可能な範囲は 10^-2 から 10^6 の範囲です。

各サンプル内の mRNA (De-novo) の FPKM 密度の分布

mRNA (De novo) 各サンプルの FPKM 密度の分布

3. DEG の mRNA (De novo) GO 濃縮分析

GO (Gene Ontology) データベースは、遺伝子および遺伝子産物の機能の標準語彙を含む構造化された生物学的アノテーションシステムです。これには複数のレベルが含まれており、レベルが低いほど機能がより具体的になります。

第 2 レベルでの DEG の mRNA-(De-novo)-GO 分類

第 2 レベルでの DEG の mRNA (De novo) GO 分類

BMKケース

タマネギ (Allium cepa L.) の球根膨張および発育中のスクロース代謝のトランスクリプトーム分析

公開日: 植物科学のフロンティア，2016

シーケンス戦略

イルミナ HiSeq2500

サンプル収集

この研究ではユタイエロースイートスペイン品種「Y1351」を使用しました。採取したサンプル数は、
球根膨張後 15 日目（DAS）（直径 2 cm、重さ 3 ～ 4 g）、30 日目の DAS（直径 5 cm、重さ 100 ～ 110 g）、40 日目の DAS（直径 7 cm、重さ 100 ～ 110 g）から 3 日後260〜300グラム）。

主な結果

1. ベン図では、発達段階の 3 つのペアすべてにわたって合計 146 の DEG が検出されました。
2.「炭水化物の輸送と代謝」は、わずか 585 個のユニジーン (つまり、注釈付き COG の 7%) によって表されました。
3. GO データベースに正常に注釈付けされた Unigene は、球根発生の 3 つの異なる段階に応じて 3 つの主要なカテゴリに分類されました。「生物学的プロセス」の主なカテゴリーで最も代表されるのは「代謝プロセス」で、次に「細胞プロセス」が続きます。「分子機能」の主要なカテゴリーでは、最も代表的な 2 つのカテゴリーは「結合」と「触媒活性」でした。