BMKCloud Giriş Yap

Ürünler

DNA/RNA Dizilemesi – Nanopore Dizileyici

ONT dizileme, nano gözeneklere dayanan tek molekül gerçek zamanlı elektrik sinyali dizileme teknolojisidir ve her platformun dizileme prensibi aynıdır. Çift sarmallı DNA/RNA, biyofilme gömülü nano gözenekli proteine bağlanır ve motor proteininin öncülüğünde açılır. Biyofilmin her iki tarafından gelen voltaj farkının etkisi altında, DNA/RNA zincirleri nano gözenek kanal proteininden belirli bir hızda geçer. DNA/RNA zincirindeki farklı bazların kimyasal özelliklerindeki farklılıklar nedeniyle, tek bir baz veya DNA molekülü nano gözenek kanalından geçtiğinde, farklı elektrik sinyallerinde değişikliğe neden olur. Bu sinyallerin algılanması ve bunlara karşılık gelmesiyle, ilgili baz tipleri hesaplanabilir ve dizinin gerçek zamanlı tespiti tamamlanabilir.

Bize Ulaşın

Hizmet Detayları

Demo Sonucu

Hizmet Detayları Özellikler

Platform	Kütüphane Boyutu	Teorik Verim (Hücre Başına)	Tek Bazlı Doğruluk	Uygulamalar
Nanogözenek	8Kb, 10kb, 20kb, Ultra uzun, cDNA-PCR	70-90 Gb/Hücre	%85-92	SV çağrısı, De novo, Tam uzunlukta dizileme, Iso-Seq, Gen açıklaması, DNA metilasyonunun tespiti

Hizmet Avantajları

● Çeşitli türlerle binlerce tamamlanmış projeyle PacBio dizileme platformunda 5 yılı aşkın deneyim.
● BMKGENE, çift platformlu RNA/DNA sertifikasyonuna sahip Oxford Nanopore'un resmi ortağıdır.
● Tam donanımlı ve yeterli dizileme kapasitesine sahip ana akım dizileyici modelleri mevcuttur.
● Nanopore platformu temel alınarak 10'dan fazla hayvan ve bitki Denovo araştırması uluslararası alanda tanınmış dergilerde yayınlanmıştır.

Örnek Gereksinimler

Örnek Türü

Miktar

Konsantrasyon(Qubit ®)

Hacim

Saflık

Diğerleri

Genomik DNA

Veri Gereksinimine Bağlıdır

≥20ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5；

260 nm'de net tepe, kirlenme yok

Konsantrasyonun Qubit ve Qubit/Nanopore ≤ 2 ile ölçülmesi gerekir

Toplam RNA

≥1,2μg

≥100μg/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5; kirlenme yok

RIN değeri ≥7,5

Hizmet İş Akışı

Örnek hazırlama

Kütüphane inşaatı

Dizileme

Veri analizi

Proje teslimi

Öncesi: Illumina önceden hazırlanmış kütüphaneleri

Sonraki: Spesifik Lokus Amplifikasyon Parça Dizilemesi (SLAF-Seq)

DNA Örneğinin Veri Kalitesi Değerlendirmesi

Tablo 1. Temiz verilere ilişkin istatistikler.

BMKID	hamSıraNum	rawSumBase	temizSıraNum	temizToplamTaban	cleanN50Len	cleanN90Len	temizOrtalamaUzunluk	cleanMaxLen	temizOrtalamaKalite
DNA_BMK01	1.218.239	26.37	1.121.736	25.90	28.014	15.764	23.090	143.181	9

RNA Örneğinin Veri Kalitesi Değerlendirmesi

Tablo 1. Temiz verilere ilişkin istatistikler.

Dosya adı	Müşteri Kimliği	Okundu Sayısı	TabanNum	N50	OrtalamaUzunluk	Maksimum Uzunluk	OrtalamaQpuanı
RNA_BMK001	C2	8.947.708	4.047.230.083	398	452	129.227	S12