特定遺伝子座増幅断片シーケンシング（SLAF-Seq）
ワークフロー
このサービスには、ライブラリの準備時に最適な酵素選択を保証するための、in silico での事前設計がいくつか含まれています。
技術スキーム
サービスの特徴
● PE150 を使用した NovaSeq でのシーケンス。
● 二重バーコードを使用したライブラリ作成により、1000 を超えるサンプルのプールが可能になります。
● 参照ゲノムに依存しない:
参照ゲノムを用いたSNPおよびInDelの検出
参照ゲノムなし：サンプルのクラスタリングとSNPの発見
● の中でインシリコ設計前の段階では、複数の制限酵素の組み合わせをスクリーニングし、ゲノムに沿って SLAF タグの均一な分布を生成するものを見つけます。
● 事前実験では、3 つのサンプルで 3 つの酵素の組み合わせをテストして 9 つの SLAF ライブラリを生成し、この情報を使用してプロジェクトに最適な制限酵素の組み合わせを選択します。
サービスの利点
●高度な遺伝子マーカーの発見: 当社は、大規模な集団の同時シーケンスと、効率を高める遺伝子座特異的増幅を可能にする高スループットのダブルバーコードシステムを統合し、タグ番号がさまざまな研究課題の多様な要件を満たすことを保証します。
● ゲノムへの依存度が低い: 参照ゲノムの有無にかかわらず種に適用できます。
●柔軟なスキーム設計: 単一酵素、二重酵素、多重酵素消化、およびさまざまなタイプの酵素をすべて選択して、さまざまな研究目標や種に対応できます。
● 酵素消化における高効率: の実施インシリコ事前設計と事前実験により、染色体上の SLAF タグの均一な分布 (1 SLAF タグ/4Kb) と反復配列の削減 (<5%) による最適な設計が保証されます。
●豊富な専門知識: 当社は、植物、哺乳類、鳥類、昆虫、水生生物など、数百種を対象に 5,000 件を超える SLAF-Seq プロジェクトを完了した実績があり、あらゆるプロジェクトに豊富な経験をもたらします。
● 自社開発のバイオインフォマティクスワークフロー最終出力の信頼性と正確性を確保するために、SLAF-Seq 用の統合バイオインフォマティクス ワークフローを開発しました。
サービス仕様
| 分析の種類 | 推奨人口規模 | シーケンス戦略 | |
| タグシーケンスの深さ | タグ番号 | ||
| 遺伝子地図 | 親2人と子孫150匹以上 | 両親: 20x WGS オフスピン: 10倍 | ゲノムサイズ: <400 Mb: WGS が推奨されます <1Gb: 10万タグ 1-2Gb:: 200K タグ >2Gb: 30万タグ 最大50万タグ |
| ゲノムワイド関連研究（GWAS） | 200以上のサンプル | 10倍 | |
| 遺伝的進化 | ≥30サンプル、各サブグループから10を超えるサンプル | 10倍 | |
サービス要件
濃度 ≥ 5 ng/µL
総量 ≥ 80 ng
ナノドロップ OD260/280=1.6-2.5
アガロースゲル: 劣化や汚染はほとんどないか、ほとんどない
推奨サンプル配送
容器: 2ml遠心管
（ほとんどのサンプルはエタノールで保存しないことをお勧めします）
サンプルのラベル付け: サンプルには明確なラベルが付けられ、提出されたサンプル情報フォームと同一である必要があります。
発送：ドライアイス：サンプルはまず袋に詰めて、ドライアイスの中に埋めておく必要があります。
サービスワークフロー
サンプルQC
パイロット実験
SLAF実験
ライブラリの準備
シーケンシング
データ分析
アフターサービス
当社のバイオインフォマティクス分析は以下から構成されています。
データ QC とデータ トリミングにより、N リッチな読み取り、アダプター読み取り、または品質の低い読み取りを削除します。
クリーンリードに対する 2 回目の品質管理では、塩基分布、配列品質、データ評価を確認するだけでなく、消化効率と取得されたインサートも確認します。
読み取りが確認されると、次の 2 つのオプションがあります。
- 参照ゲノムへのマッピング
- 参照ゲノムなし：クラスタリング
その後、SLAFタグの解析は、マーカーの発見を助けるために、SNP、InDel、SNV、CV呼び出しと注釈などのバリアント呼び出しを行うために使用されます。
染色体上のSLAFタグの分布:
染色体上のSNPの分布:
SNPアノテーション
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Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). st1遺伝子の同定により、大豆の栽培化における種子形態と油脂含有量のヒッチハイクに関わる選択が明らかになった。植物バイオテクノロジージャーナル, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu、P.、Zhang、X.、Wang、X.らコイのゲノム配列と遺伝的多様性コイ。ナット・ジュネット 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
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| 年 | ジャーナル | IF | タイトル | アプリケーション |
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| 2015 | 新しい植物学者 | 7.433 | 家畜化の足跡は、農業的に重要なゲノム領域を固定する 大豆 | SLAF-GWAS |
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| 2019 | ネイチャー・ジェネティクス | 31.616 | コイ（Cyprinus carpio）のゲノム配列と遺伝的多様性 | SLAF連鎖地図 |
| 2014 | ネイチャー・ジェネティクス | 25.455 | 栽培ピーナッツのゲノムは、マメ科植物の核型、倍数体に関する知見を提供する。 進化と作物の栽培化。 | SLAF連鎖地図 |
| 2022 | 植物バイオテクノロジージャーナル | 9.803 | ST1の同定により、種子形態のヒッチハイクを伴う選択が明らかになった 大豆栽培における油分含有量 | SLAFマーカーの開発 |
| 2022 | 国際分子科学ジャーナル | 6.208 | コムギLeymus mollis 2Ns（2D）の同定とDNAマーカー開発 二染色体置換 | SLAFマーカーの開発 |
| 年 | ジャーナル | IF | タイトル | アプリケーション |
| 2023 | 植物科学の最前線 | 6.735 | ナシ果実成熟期における糖含量のQTLマッピングとトランスクリプトーム解析 | 遺伝子地図 |
| 2022 | 植物バイオテクノロジージャーナル | 8.154 | ST1の同定により、大豆の栽培化における種子の形態と油分含有量のヒッチハイクを含む選択が明らかになった。
| SNPコール |
| 2022 | 植物科学の最前線 | 6.623 | 干ばつ環境における無殻大麦表現型のゲノムワイド関連マッピング。
| GWAS |
