BMKCloudにログイン
1

参照ゲノムを用いたmRNAシーケンス(NGS)

百迈客云网站-11

参照ゲノムを用いたmRNAシーケンス(NGS)

RNA-seqは、生命科学および作物科学における標準的なツールであり、ゲノムとプロテオームのギャップを埋めるものです。その強みは、新しい転写産物を発見し、その発現量を1つのアッセイで定量化できる点にあります。比較トランスクリプトーム研究に広く用いられており、変異体と野生型を比較したり、特定の条件下での遺伝子発現を明らかにしたりするなど、さまざまな形質や表現型に関連する遺伝子を解明します。BMKCloud mRNA(Reference)アプリは、発現量定量、差次的発現解析(DEG)、および配列構造解析をmRNA-seq(NGS)バイオインフォマティクスパイプラインに統合し、類似ソフトウェアの強みを融合させることで、利便性と使いやすさを実現しています。ユーザーはRNA-seqデータをクラウドにアップロードでき、アプリは包括的なワンストップのバイオインフォマティクス解析ソリューションを提供します。さらに、ユーザーのニーズに合わせてカスタマイズされた操作を提供することで、顧客体験を最優先に考えています。ユーザーはパラメータを設定してパイプラインミッションを自分で送信し、インタラクティブなレポートを確認し、データ/図を表示して、ターゲット遺伝子の選択、機能クラスタリング、図表作成などのデータマイニングを完了できます。

デモ結果
データマイニング
輸入要件
主な分析
参照
デモ結果

データマイニング

輸入要件

プラットフォーム:イルミナ、MGI
戦略:RNAシーケンス
レイアウト: ペアリング済み、クリーンデータ。
ライブラリの種類:fr-unstranded、fr-firststrand、またはfr-secondstrand
読み取り長さ:150 bp
ファイルの種類:*.fastq、*.fq、*.fastq.gz、または*.fq.gz。システムはファイル名に基づいて.fastqファイルを自動的にペアリングします。例:*_1.fastq と *._2.fastq のペア。
サンプル数:数に制限はありませんサンプル数が増えるにつれて分析時間も長くなります。サンプルが成長する。
推奨データ量:サンプルあたり6G

主な分析
mRNAシーケンス解析の主な分析ツールとバイオインフォマティクスツール(参考文献)パイプラインは以下のとおりです。
1. 生データ品質管理:
•低品質の配列、アダプター配列の除去、等;
・ツール:自社開発のパイプライン
2. 参照ゲノムへのデータのアライメント:
•スプライスを考慮したアルゴリズムでリードをアライメントし、参照ゲノム。
•ツール:HISAT2, サムツール
3. 図書館の品質分析:
・挿入長解析、配列飽和解析など。
•ツール:サムツール;
4. 配列構造解析:
•代替スプライシング解析、遺伝子構造最適化、新規遺伝子予測など
•ツール:ストリングタイ, gffcompare, GATKダイヤモンド, InterProScan、 そしてハマー.
5. 差次的発現解析:
•DEGスクリーニング、相関分析、機能豊かさ;
さまざまな可視化結果;
RSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
参照
1. キム・デファン他「グラフベースのゲノムアライメントとHISAT2とHISAT遺伝子型を用いた遺伝子型判定。自然バイオテクノロジー37 (2019): 907 - 915.
2. マッケナ、アーロン他「ゲノム解析ツールキット:次世代DNA解析のためのMapReduceフレームワークシーケンスデータ。ゲノム研究20 9 (2010): 1297-303 .
3. Li, Heng 他「配列アライメント/マップ形式とSAMtools。バイオインフォマティクス25 (2009): 2078 - 2079.
4. ペルシャ、ミハエラら。 「StringTie により、改善されたRNAシーケンスデータからのトランスクリプトームの再構築。自然バイオテクノロジー33 (2015): 290-295.
5. Love, Michael I. et al. 「フォールドチェンジの調整推定とDESeq2を用いたRNA-seqデータの分散分析。ゲノム生物学15 (2014): ページなし
6. エディ、ショーン R.「高速プロファイル HMM 検索」PLoS 計算生物学7 (2011): ページ数なし

見積もりを取得する

ここにメッセージを書いて送信してください

メッセージをお送りください: