参照ゲノムを用いたmRNAシーケンス(NGS)
RNA-seqは、生命科学および作物科学における標準的なツールであり、ゲノムとプロテオームのギャップを埋めるものです。その強みは、新しい転写産物を発見し、その発現量を1つのアッセイで定量化できる点にあります。比較トランスクリプトーム研究に広く用いられており、変異体と野生型を比較したり、特定の条件下での遺伝子発現を明らかにしたりするなど、さまざまな形質や表現型に関連する遺伝子を解明します。BMKCloud mRNA(Reference)アプリは、発現量定量、差次的発現解析(DEG)、および配列構造解析をmRNA-seq(NGS)バイオインフォマティクスパイプラインに統合し、類似ソフトウェアの強みを融合させることで、利便性と使いやすさを実現しています。ユーザーはRNA-seqデータをクラウドにアップロードでき、アプリは包括的なワンストップのバイオインフォマティクス解析ソリューションを提供します。さらに、ユーザーのニーズに合わせてカスタマイズされた操作を提供することで、顧客体験を最優先に考えています。ユーザーはパラメータを設定してパイプラインミッションを自分で送信し、インタラクティブなレポートを確認し、データ/図を表示して、ターゲット遺伝子の選択、機能クラスタリング、図表作成などのデータマイニングを完了できます。


プラットフォーム:イルミナ、MGI
戦略:RNAシーケンス
レイアウト: ペアリング済み、クリーンデータ。
ライブラリの種類:fr-unstranded、fr-firststrand、またはfr-secondstrand
読み取り長さ:150 bp
ファイルの種類:*.fastq、*.fq、*.fastq.gz、または*.fq.gz。システムはファイル名に基づいて.fastqファイルを自動的にペアリングします。例:*_1.fastq と *._2.fastq のペア。
サンプル数:数に制限はありませんサンプル数が増えるにつれて分析時間も長くなります。サンプルが成長する。
推奨データ量:サンプルあたり6G