ゲノムワイド関連解析
ワークフロー
サービスの利点
●豊富な専門知識と出版実績: BMKGene は GWAS での経験を積み重ね、集団 GWAS 研究における数百の種のプロジェクトを完了し、研究者が 100 件を超える論文を発表するのを支援し、累積インパクト ファクターが 500 に達しました。
● 包括的なバイオインフォマティクス解析: ワークフローには SNP 特性関連解析が含まれ、候補遺伝子のセットとそれに対応する機能注釈が提供されます。
●高度なスキルを持つバイオインフォマティクスチームと短い分析サイクル: BMKGene のチームは高度なゲノミクス分析の豊富な経験を活かし、迅速な処理時間で包括的な分析を提供します。
●アフターセールスサポート:プロジェクト完了後も、3ヶ月間のアフターサービス期間を設け、お客様のコミットメントを守ります。この期間中は、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングのサポート、そして結果に関するご質問へのQ&Aセッションをご提供いたします。
サービス仕様と要件
| シーケンスの種類 | 推奨人口規模 | シーケンス戦略 | ヌクレオチド要件 |
| 全ゲノム配列解析 | 200サンプル | 10倍 | 濃度: ≥ 1 ng/µL 総量≥ 30ng 劣化や汚染がほとんどないか全くない |
| 特定遺伝子座増幅断片（SLAF） | タグの深さ: 10倍 タグの数: 400 Mb未満: WGSが推奨されます 1Gb未満: 10万タグ 1GB > 2Gb: 30万タグ 最大50万タグ | 濃度 ≥ 5 ng/µL 総量 ≥ 80 ng ナノドロップ OD260/280=1.6-2.5 アガロースゲル: 劣化や汚染はほとんどないか、ほとんどない
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材料の選択
さまざまな品種、亜種、在来種/遺伝子バンク/混合家族/野生資源
さまざまな品種、亜種、在来種
異父兄弟家族／同母兄弟家族／野生資源
サービスワークフロー
実験設計
サンプル配送
RNA抽出
図書館建設
シーケンシング
データ分析
アフターサービス
以下の分析が含まれます。
- ゲノムワイド関連解析：LM、LMM、EMMAX、FASTLMMモデル
- 候補遺伝子の機能アノテーション
SNP-形質関連解析 – マンハッタンプロット
SNP-形質関連解析 – QQプロット
厳選された出版物のコレクションを通じて、BMKGene の de GWAS サービスによって促進された進歩をご覧ください。
Lv, L. et al. (2023)「ゲノムワイド関連研究によるマテガイSinonovacula constrictaのアンモニア耐性の遺伝的基盤に関する知見」養殖業, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022)「398のアワ系統のマルチオミクス解析により、栽培化、代謝特性、抗炎症効果に関連するゲノム領域が明らかになった」分子植物、15(8)、1367–1383ページ。土井：10.1016/j.molp.2022.07.003。
Li, J. et al. (2022)「干ばつ環境における無毛大麦の表現型のゲノムワイド関連マッピング」植物科学の最前線, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021)「硫酸基転移酵素をコードするGmST1は、ダイズモザイクウイルスG2株およびG3株に対する耐性を付与する」植物、細胞、環境、44(8)、2777–2792ページ。土井: 10.1111/PCE.14066。
