ゲノムワイド関連解析
ワークフロー
サービスの利点
●豊富な専門知識と出版実績: GWASにおける豊富な経験に基づき、BMKGeneは集団GWAS研究において数百種の生物種プロジェクトを完了し、研究者が100以上の論文を発表するのを支援し、累積インパクトファクターは500に達しました。
● 包括的なバイオインフォマティクス解析ワークフローには、SNPと形質の関連解析が含まれ、候補遺伝子のセットとそれに対応する機能アノテーションが提供されます。
●高度なスキルを持つバイオインフォマティクスチームと短い解析サイクルBMKGeneのチームは、高度なゲノム解析において豊富な経験を有しており、迅速な納期で包括的な解析結果を提供します。
●販売後のサポート：当社はプロジェクト完了後も3ヶ月間のアフターサービスを提供し、お客様をサポートいたします。この期間中は、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、結果に関するあらゆるご質問にお答えする質疑応答セッションを実施いたします。
サービス仕様および要件
| シーケンスの種類 | 推奨人口規模 | シーケンス戦略 | ヌクレオチド要件 |
| 全ゲノムシーケンス | 200サンプル | 10倍 | 濃度：1 ng/µL以上 総量≧30ng 劣化や汚染がほとんどない、または全くない |
| 特定遺伝子座増幅断片（SLAF） | タグの深度: 10倍 タグの数: 400MB未満の場合：WGSが推奨されます < 1GB: 100Kタグ 1GB > 2GB: 300Kタグ 最大50万タグ | 濃度 ≥ 5 ng/µL 総量 ≥ 80 ng ナノドロップ OD260/280=1.6-2.5 アガロースゲル：劣化や汚染がほとんどない、またはごくわずか
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材料選定
さまざまな品種、亜種、在来種／遺伝子バンク／混合系統／野生資源
さまざまな品種、亜種、在来種
異父兄弟姉妹家族／同父兄弟姉妹家族／野生資源
サービスワークフロー
実験計画
サンプル配送
RNA抽出
図書館建設
シーケンス解析
データ分析
アフターサービス
以下の分析が含まれます。
- ゲノムワイド関連解析：LM、LMM、EMMAX、FASTLMMモデル
- 候補遺伝子の機能アノテーション
SNP-形質関連解析 – マンハッタンプロット
SNP-形質関連解析 – QQプロット
BMKGeneのde GWASサービスによってもたらされた進歩を、厳選された出版物コレクションを通してご覧ください。
Lv, L. et al. (2023)「ゲノムワイド関連解析によるマテガイ Sinonovacula constricta のアンモニア耐性の遺伝的基盤に関する知見」養殖業、569、p. 739351。doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351。
Li, X. et al. (2022)「398のアワのマルチオミクス解析により、栽培化、代謝特性、抗炎症効果に関連するゲノム領域が明らかになった」分子植物、15(8)、1367–1383ページ。土井：10.1016/j.molp.2022.07.003。
Li, J. et al. (2022)「干ばつ環境における殻のないオオムギ表現型のゲノムワイド関連マッピング」、植物科学の最前線、13、p. 924892。doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX。
Zhao, X. et al. (2021)「スルホトランスフェラーゼをコードするGmST1は、ダイズモザイクウイルス株G2およびG3に対する抵抗性を付与する」植物、細胞、環境、44(8)、2777–2792ページ。土井: 10.1111/PCE.14066。
