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ゲノム全体の関連性分析
ゲノムワイド関連研究 (GWAS) は、特定の形質 (表現型) に関連する遺伝的変異 (遺伝子型) を特定することを目的としています。GWAS 研究では、多数の個人の全ゲノムにわたる遺伝マーカーを調査し、集団レベルでの統計分析によって遺伝子型と表現型の関連を予測します。これは、人間の病気の研究や、動物や植物の複雑な特性に関する機能的遺伝子マイニングに広く応用されています。
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単核 RNA シーケンス
単一細胞捕捉およびハイスループットシークエンシングと組み合わせた個別ライブラリー構築技術の進歩により、細胞ごとの遺伝子発現研究が可能になります。これにより、複雑な細胞集団に対するより深く完全なシステム分析が可能になり、すべての細胞の平均を取ることで不均一性をマスキングすることが大幅に回避されます。
ただし、一部の細胞は単細胞懸濁液にするのに適していないため、組織からの核抽出という他のサンプル前処理方法が必要です。つまり、組織または細胞から核を直接抽出し、単細胞懸濁液を調製して単核懸濁液を調製します。細胞の配列決定。
BMK は、10x Genomics ChromiumTM ベースの単一細胞 RNA シーケンス サービスを提供します。このサービスは、免疫細胞の分化、腫瘍の不均一性、組織発生などの疾患関連の研究で広く使用されています。
空間トランスクリプトームチップ: 10× ゲノミクス
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
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植物/動物の全ゲノム解読
WGS としても知られる全ゲノム再配列決定により、一塩基多型 (SNP)、挿入欠失 (InDel)、構造変異 (SV)、コピー数変異 (CNV) など、ゲノム全体の一般的な変異とまれな変異の両方を明らかにすることができます。 ）。SV は SNP よりも変異ベースの大きな部分を占めており、ゲノムに与える影響が大きく、生物に重大な影響を与えます。ロングリードのリシーケンスにより、タンデムリピート、GC/AT リッチ領域、超可変領域などの複雑な領域を越える染色体交差がはるかに容易になるため、大きなフラグメントや複雑なバリエーションをより正確に識別できます。
プラットフォーム: イルミナ、PacBio、ナノポア
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BMKMANU S1000 空間トランスクリプトーム
細胞の空間的組織化は、免疫浸潤、胚発生などのさまざまな生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たします。空間的位置の情報を保持しながら遺伝子発現プロファイリングを示す空間トランスクリプトームシークエンシングは、トランスクリプトームレベルの組織構造についての優れた洞察を提供します。技術の発展に伴い、超鮮明な組織形態や空間的な分子発現の実際の構造の違いをより高い解像度で研究する必要があります。BMKGENE は、サンプルから生物学的洞察に至るまで、包括的なワンストップの空間トランスクリプトーム シーケンス サービスを提供します。
空間トランスクリプトミクス技術は、異種サンプルの空間内容を含む遺伝子発現プロファイルを解決することにより、多様な研究分野で新たな視点を可能にしました。
空間トランスクリプトームチップ：BMKMANU S1000
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
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10x Genomics Visium 空間トランスクリプトーム
Visium Spatial Gene Expression は、総 mRNA に基づいて組織を分類するための主流の空間トランスクリプトーム シーケンス技術です。トランスクリプトーム全体を形態学的コンテキストとマッピングして、正常な発達、疾患病理学、臨床トランスレーショナル研究に関する新たな洞察を発見します。BMKGENE は、サンプルから生物学的洞察に至るまで、包括的なワンストップの空間トランスクリプトーム シーケンス サービスを提供します。
空間トランスクリプトミクス技術は、異種サンプルの空間内容を含む遺伝子発現プロファイルを解決することにより、多様な研究分野で新たな視点を可能にします.
空間トランスクリプトーム チップ: 10x Genomics Visium
プラットホーム：イルミナ ノヴァシーク 6000
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全長 mRNA シーケンス - ナノポア
RNA シーケンスは、包括的なトランスクリプトーム解析にとって非常に貴重なツールです。間違いなく、従来のショートリードシーケンスはここで数多くの重要な発展を遂げました。それにもかかわらず、全長アイソフォームの同定、定量化、PCR バイアスにおいて制限に遭遇することがよくあります。
ナノポアシーケンシングは、DNA 合成を行わずにヌクレオチドが直接読み取られ、数十キロベースのロングリードを生成するという点で、他のシーケンシングプラットフォームとは異なります。これにより、完全長転写産物を横断する直接読み出しが可能になり、アイソフォームレベルの研究における課題に取り組むことが可能になります。
プラットホーム：ナノポアプロメチオン
図書館：cDNA-PCR
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全長mRNAシーケンシング - PacBio
デノボ全長トランスクリプトームシーケンシング、としても知られています。デノボIso-Seq はリード長において PacBio シーケンサーの利点を活用しており、切断することなく完全長 cDNA 分子の配列決定を可能にします。これにより、転写産物のアセンブリステップで生成されるエラーが完全に回避され、アイソフォームレベルの解像度でユニジーンセットが構築されます。このユニジーン セットは、トランスクリプトーム レベルで「参照ゲノム」として強力な遺伝情報を提供します。さらに、このサービスは次世代シーケンス データと組み合わせることで、アイソフォーム レベルの発現の正確な定量化を可能にします。
プラットフォーム： PacBio Sequel II図書館: SMRT ベル図書館 -
真核生物の mRNA シークエンシング-イルミナ
mRNA シーケンスにより、特定の条件下で細胞から転写されたすべての mRNA のプロファイリングが可能になります。これは、遺伝子発現プロファイル、遺伝子構造、および特定の生物学的プロセスの分子機構を明らかにするための強力な技術です。これまで、mRNA シークエンシングは基礎研究、臨床診断、創薬などで広く採用されてきました。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
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非参照ベースの mRNA シーケンシング - イルミナ
mRNA シーケンスでは、次世代シーケンス技術 (NGS) を採用し、いくつかの特殊な機能が活性化している特定の時期に真核生物からメッセンジャー RNA (mRNA) を捕捉します。スプライシングされた最長の転写産物は「Unigene」と呼ばれ、その後の解析のための参照配列として使用されました。これは、参照なしにその種の分子機構と制御ネットワークを研究するための効果的な手段です。
トランスクリプトームデータのアセンブリとユニジーンの機能アノテーション後
(1)SSR解析、CDS予測、遺伝子構造解析を行います。
(2)各サンプル中の単一遺伝子の発現を定量します。
(3)サンプル（またはグループ）間で発現差のあるユニジーンをユニジーンの発現に基づいて発見します。
(4)発現差のある単一遺伝子のクラスタリング、機能アノテーション、エンリッチメント解析が実行されます。
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ロングノンコーディングシーケンシング - イルミナ
長い非コーディング RNA (lncRNA) は、200 nt を超える長さの RNA 分子の一種であり、コーディング能力が非常に低いことが特徴です。LncRNA は、ノンコーディング RNA の主要なメンバーとして、主に核と血漿に存在します。配列決定技術とバイオインフォマティクスの発展により、多数の新規 lncRNA の同定が可能になり、それらを生物学的機能と関連付けることができます。蓄積された証拠は、lncRNA がエピジェネティックな制御、転写制御、および転写後制御に広く関与していることを示唆しています。
