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製品

原核生物のRNA配列決定

原核生物の RNA シーケンスでは、次世代シーケンス (NGS) を使用して、細胞のトランスクリプトームの変化を分析することで、特定の瞬間における RNA の存在と量を明らかにします。当社の原核生物 RNA シーケンスは、特に参照ゲノムを持つ原核生物を対象としており、トランスクリプトーム プロファイリング、遺伝子構造解析などを提供します。基礎科学研究、医薬品の研究開発などに広く応用されています。

プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム


サービス内容

サービス仕様

プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム、PE150

ライブラリータイプ: 350bp インサート cDNA ライブラリー (ピーク分布に依存)

シーケンス戦略: ペアエンド 150 bp

推奨データ量: 2 Gb 生データ/サンプル

バイオインフォマティクス

(1) シーケンスデータの品質管理: ヌクレオチド分布、塩基品質分布、rRNA 比率評価。

(2)配列アラインメント分析:アラインメント結果の統計、配列決定の飽和度、配列決定のカバレッジ。

(3) 参照ゲノムアノテーション (NR、Swiss-Prot、Pfam、COG、GO、KEGG)。

(4)発現解析:発現分布(2サンプル以上)、サンプル間の発現解析(ベン解析、相関解析、PCA解析)。

(5) 発現差解析(2 つ以上のサンプルを使用)。

(6)遺伝子セット分析:ベン分析、クラスター分析、機能アノテーション分析(COG、GO、KEGG)、機能強化分析(GO、KEGG)、機能強化コードグラフ、Ipath分析。

(7)sRNA解析:sRNA予測、sRNAアノテーション(Blast、sRNAMap、sRNATarBase、SIPHT、Rfam)、sRNA二次構造予測、sRNA標的遺伝子予測;

(8)転写構造解析:オペロン解析、転写開始点および転写終了点予測、UTRアノテーションおよび解析、プロモーター配列予測、SNP/InDel解析(SNP/InDelアノテーション、SNP/InDel領域分布、SNP統計)。

サービスのワークフロー

サンプル納品

サンプル納品

ライブラリの準備

図書館の建設

シーケンス

シーケンス

データ分析

データ分析

アフターサービス

アフターサービス


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